Công cuộc đổi mới do Đảng lãnh đạo đã thu được nhiều kết quả, tình hình chính trị ổn định, kinh tế phục hồi và phát triển, đời sống nhân dân được cải thiện rõ rệt. Cùng với sự phát triển của đất nước, ngành Hải quan đã thực hiện đại hóa, thủ tục Hải quan điện tử đắc lực phục vụ cho sự nghiệp mới, tạo thuận lợi cho đầu tư và phát triển.
Chi cục Hải quan Quản lý hàng Đầu tư - Gia công là đơn vị trực thuộc Cục Hải quan Hà Nội thực hiện nhiệm vụ quản lý nhà nước về Hải quan đối với hàng hóa nhập đầu tư, hàng gia công, hàng nguyên liệu để sản xuất hàng xuất khẩu, hàng nhập kinh doanh. Nhiệm vụ của ngành Hải quan là bảo vệ an ninh kinh tế của đất nước góp phần ổn định kinh tế và an sinh xã hội.
Luật đầu tư gia đời là cơ sở pháp lý quan trọng để thu hút đầu tư nước ngoài, tạo nguồn vốn để phát triển cho nên công tác Hải quan cũng phải thay đổi để có thể phù hợp với sự quản lý của nhà nước. Thủ đô Hà Nội là trung tâm chính trị, kinh tế của cả nước, là địa phương thu hút đầu tư lớn của cả nước, là khu vực thu hút đầu tư lớn của cả nước do đó Chi cục Hải quan quản lý hàng Đầu tư - Gia công Hà Nội đã được thành lập.
Nhận rõ trọng trách và nhiệm vụ quan trọng của Tổng cục Hải quan giao cho Cục Hải quan thành phố Hà Nội nên khi mới thành lập, lãnh đạo Cục đã lựa chọn những cán bộ, công chức có phẩm chất tốt, có kinh nghiệm và năng lực lãnh đạo, quản lý và thực thi tốt nhiệm vụ được giao. Khi mới thành lập năm 1998, do cớ sở vật chất của Cục chật hẹp nên trụ sở làm việc của Chi cục phải thuê tại phố Nguyễn Bỉnh Khiêm sau đó chuyển tới phố Nguyễn Huy Tự. Năm 2006 được chuyển tới địa điểm khang trang tại 938 Bạch Đằng - Hai Bà Trưng – Hà Nôi để đáp ứng hiện đại hóa Hải quan và thực hiện thủ tục Hải quan điện tử. Trong quá trình phát triển cán bộ, công chức Chi cục Hải quan quản lý hàng Đầu tư - Gia công đã được rèn luyện và không ngừng nâng cao
trình độ về mọi mặt. Chi cục Hải quan quản lý hàng Đầu tư – Gia công tự hào là nơi đào tạo, bồi dưỡng nguồn cán bộ lãnh đạo cho Tổng cục và Cục Hải quan thành phố Hà Nội.