* Ưu điểm:
Mạng lưới quản lý từ tỉnh đến thành phố có mối quan hệ tương hỗ với nhau trong công tác quản lý và bảo vệ nguồn lợi thủy sản, với thứ tự là từ Sở NN & PTNN đến phòng kinh tế Nha Trang; Chi cục Khai thác và BVNLTS kế đến là trạm BVNLTS Nha Trang tạo nên một khối các mắt xích có sự lien kết với nhau trong quản lý.
Các cơ quan phòng ban có sự gắn kết với nhau trong công việc, công việc của phòng ban này muốn thực hiện tốt phải có sự hỗ trợ của các phòng ban khác.
Văn bản ở trên ban xuống đều được thông qua tất cả các cấp, ngành tạo nên sự đồng bộ, nhất quán trong chỉ đạo và thi hành. Nếu có sự sai sót, hay thiếu tính khả thi thì trong khi thông qua nhiều cấp có thể kịp thời chỉnh sửa để tránh gây ra những sai lầm đáng tiếc.
* Hạn chế:
Các văn bản vì thông qua nhiều cấp nên tạo nên sự chậm trễ khi đến với người thi hành.
Các cấp dưới khi có đề xuất hay muốn ban hành một quy định, quyết định nào đó cũng cần chờ một thời gian dài để cấp trên thông qua mới đưa ra quyết định, vì vậy làm lỡ việc của cấp dưới. Có khi được thông qua rồi nhưng hạn chế một điều khoản trong đề xuất của cấp dưới làm công việc gặp nhiều khó khăn khi thực hiện. Điển hình như đánh bắt cá bằng mìn vẫn xảy ra tại khu vực Hòn Mun, Hòn Nọc… ( Khu bảo tồn vịnh Nha Trang), tuy nhiên đội bảo vệ trong khu bảo tồn biển không có thẩm quyền kiểm tra, xử phạt. Nếu thấy sai phạm, nhân viên của đội chỉ có thể lập biên bản và báo cáo cho UBND tỉnh, Thanh tra Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn và Chi cục bảo vệ nguồn lợi thủy sản Khánh Hòa…
Khi người dân có những thắc nắc, khiếu nại cần được các cơ quan có thẩm quyền giải quyết thì phải thông qua nhiều cấp. Công việc của cấp phường vẫn phải chờ sự chỉ đạo của thành phố làm mất thời gian của người dân, có khi lại không được giải quyết.
Việc thực thi các văn bản pháp luật vẫn chưa tốt như kế hoach đề ra. Để thực hiện tốt chỉ thị 01/CP-TTg thì Sở NN & PTNT đã ra quyết định giảm thiểu từ 70- 80% các vụ vi phạm nghề cấm như đánh mìn, xiết điện, hóa chất nhưng cho đến nay số vụ vi phạm mới giảm dược khoảng 50 – 60% so với trước. Nghị định của Chính phủ nghiêm cấm tất cả các hoạt động đánh bắt trong vùng lõi của vịnh Nha Trang, nhưng Quyết định ra ngày 11/3/2002 của UBND tỉnh Khánh Hòa thì lại cho phép hai đầm đăng tại Hòn Mun và Hòn Nọc được phép tồn tại và hoạt động hợp pháp. Lẽ ra, tỉnh Khánh Hòa phải điều chỉnh theo Nghị định của Chính phủ cho phù hợp, nhưng đến nay vẫn chưa thấy sự thay đổi nào.