Thiền bệnh sẽ xuất hiện khi ta dụng công sai lầm, hoặc dụng công thiếu sót. Có khi cũng cùng một cách dụng công, nhưng người này thì phát bệnh mà người khác thì không. Lý do là do thể tạng mỗi người mỗi khác, căn cơ phước lực mỗi người mỗi khác. Giống như việc ăn uống, cùng ăn thức nóng cay, hay độc hại, nhưng có người phát bệnh, có người lại thấy sảng khoái. Giống như những công việc trên đời, có người làm điều sai quấy liền bị bêu riếu nguyền rủa, có người cũng làm giống như vậy nhưng chẳng nghe ai nói gì.
Cũng vậy, hầu hết các pháp môn đều ưu điểm ở mặt này mà khuyết điểm ở mặt khác, không một pháp môn nào tuyệt đối đầy đủ các ưu điểm, dù rằng các bậc tông sư luôn luôn đề cao sự ưu việt hoàn hảo của pháp môn mà mình đang truyền bá. Ngày nay, với tinh thần khách quan nghiên cứu, chúng ta không nên bị hấp dẫn bởi những lời tự xưng tụng từ các pháp môn như thế. Đã có rất nhiều bậc tông sư dám chê cả lời Phật dạy để đề cao pháp môn của mình. Đây là một hiện tượng đáng buồn trong đạo Phật.
Tuy vậy, dù pháp môn còn khuyết điểm, nhưng cũng vẫn có những người thực hành có kết quả tốt đẹp làm tăng thêm uy tín cho pháp môn đó. Và ngược lại, cũng có những người thực hành bị phát bệnh.
Khi chúng ta đi theo con đường từ căn bản thấp nhất của việc Điều thân, xây dựng đạo đức, gây tạo công đức thì ưu điểm là không bị những dạng thiền bệnh, nhưng phải chấp nhận mất thời gian.
1. Nhức đầu
Nhức đầu có nhiều nguyên nhân.
Thứ nhất, có thể trong khi đang tập trung ngồi thiền, ta lại bị lôi cuốn bởi một đề tài nào đó và cứ trôi theo suy nghĩ không dứt. Cố ý duy trì sự suy nghĩ trong khi ngồi thiền là một tội nặng, vì thế cơn nhức đầu xuất hiện. Để chữa tình trạng này, ta phải niệm Phật sám hối rồi dứt khoát với tất cả mọi vấn đề, dù vấn đề đó có quan trọng đến mức độ nào đi chăng nữa. Phải thấy thế gian như giấc mộng để không xem bất cứ điều gì là quá quan trọng. Chỉ có việc giữ tâm thanh tịnh nhằm đạt đến Vô ngã mới là việc chính yếu. Với lập trường như vậy, ta dần dần thoát khỏi sự lôi cuốn của vọng tưởng để chữa được cơn nhức đầu.
Thứ hai, có thể ta sử dụng một pháp môn mà chú ý trên đầu quá nhiều khiến cho Âm lực bị hao tổn, lực chạy lên đầu sinh ra căng thẳng. Cũng có người thực hành pháp môn với tính chất chú ý trên đầu thường xuyên nhưng không bị nhức đầu chỉ bởi vì người này có Chân âm bẩm sinh rất mạnh, lực phía dưới không bao giờ hao tổn dù cho có chú ý trên đầu rất nhiều. Để chữa nhức đầu trong trường hợp này, ta phải thay đổi pháp môn nào mà sự chú ý hướng xuống dưới, như Điều thân, an trú tâm tại một điểm Đan điền, lòng bàn tay… Nhất là chú ý giữ thân mềm mại bất động giúp ích rất nhiều cho bộ não được khỏe mạnh.
Thứ ba, có thể ta thực hành phép quán tưởng nào đó không chính xác. Hoặc là ta quán các pháp Vô thường, hư ảo, rỗng không… nhưng không thâm nhập thành công, chỉ dừng lại ở mức độ suy nghĩ nên biến thành loạn động nhức đầu. Để chữa cho trường hợp này, ta phải tạm chuyển qua phép tu theo dõi hơi thở, để tâm ở dưới bụng. Sau đó mới nghiên cứu lại cách quán tưởng Bát nhã. Hơn nữa, phép quán Bát nhã nhìn mọi thứ trên đời là hư ảo chỉ thích hợp cho người quá có phước, quá thành công, được nhiều diễm phước trong cuộc sống chứ không thích hợp cho người thiếu phước. Người thiếu phước gặp nhiều nghịch cảnh thì phải chiêm nghiệm luật Nhân quả để sám hối chứ không được xem đời như không.
Thứ tư, cơn nhức đầu có thể do ta vừa mới có ý nghĩ sai lầm về Phật, về giáo lý, hay về một vị tôn túc khả kính nào đó. Nghĩa là cơn nhức đầu này do ta bị tổn phước bởi ý nghĩ càn quấy. Ta phải truy tìm lại những ý nghĩ trong thời gian qua và nhanh chóng sám hối thì sẽ hết. Thứ năm, đôi khi cơn nhức đầu không phải do thiền bệnh mà do bệnh thực thể như viêm xoang, cảm gió, cao huyết áp… Những cơn bệnh đó vẫn có khả năng làm giảm sút sự nhiếp tâm của ta. Có khi ta ngồi thiền mà ngẩng đầu cao lên trên cũng bị nhức đầu.
2. Thân bệnh
Đau lưng có thể do ta ngồi bị cong lưng. Ngược lại nếu ta ngồi ưỡn lưng quá thì ngực sẽ bị đau. Ta ngồi ưỡn ngực quá khiến cho ngực bị đau và não bộ cũng căng thẳng. Ngược lại, ta ngồi cong lưng thì lưng bị đau và đầu óc yếu đuối dần. Vì vậy ta phải chọn độ thẳng của lưng một cách vừa phải thích hợp, bên ngoài nhìn vào thấy đẹp và tự ta cảm thấy đúng mức. Chân yếu có thể do ta đứng lên đi vội khi xả thiền. Phải đợi một lúc cho chân thật sự bình thường mới được đứng lên đi. Xoa bóp chân sau khi xả thiền cũng là một động thái cần thiết. Ta phải biết một số huyệt đạo quan trọng ở vùng chân như túc tam lý, dũng tuyền, tam âm giao… để dạy ấn mỗi khi xả thiền cũng rất hay.
Hơi thở nghẹt tức là do ta cố ý điều khiển hơi thở đi lên đi xuống. Trong cái điều khiển đó ta có hơi ép một chút, hơi dùng lực một chút. Hoặc ai tưởng hơi thở đi sâu trong thịt cũng sẽ bị nghẹn tức. Để chữa bệnh này, ta phải buông lỏng toàn thân, biết rõ hơi thở nhưng không can thiệp điều khiển, để hơi thở ra vào tự nhiên. Biết rõ nhưng không can thiệp là yếu chỉ then chốt trong công phu tu tập hơi thở. Nếu ta an trú nhẹ nhàng tại một điểm Đan điền cũng giúp hơi thở khai thông. Ngoài ra, vừa thở vừa vọng tưởng nhiều quá cũng khiến cho hơi thở bị nghẹn tức khó chịu.
Kiệt sức có thể do ta phải ráng ngồi lâu quá sức mình cho đủ giờ quy định trong đại chúng. Khi chưa đủ sức định, việc ráng ngồi cho lâu kèm với việc chịu đựng cái đau của đôi chân làm hao sức khỏe rất nhiều. Ta cần chịu đau để rèn luyện ý chí, nhưng không được chịu đau kéo dài quá, chỉ vừa chừng thích hợp với trình độ của ta mà thôi. Sau này khi phước đã đủ, sức định đã có, tự nhiên thời gian ngồi thiền sẽ được lâu một cách tự nhiên.
Hôn trầm có hai nguyên nhân. Hoặc là ta bị thiếu ngủ, bây giờ ngồi thiền tâm yên lắng lập tức giấc ngủ ập đến liền để bù lại. Nguyên nhân thứ hai là do nghiệp chướng quá khứ đang phá phách khiến tâm ta cứ u mê chìm lặng; ngồi thiền thì buồn ngủ, xả thiền thì tỉnh rụi. Nếu là nguyên nhân thứ nhất, thiếu ngủ, thì ta phải cho phép chợp mắt một chút rồi sẽ ngồi thiền sau sẽ tỉnh táo bình thường.
Nếu là nguyên nhân thứ hai thì ta phải dùng ý chí chiến đấu với cơn buồn ngủ chứ không được chìu theo. Ngoài ra ta còn phải lễ Phật sám hối rất nhiều, đồng thời gây tạo nhiều công đức để giải nghiệp.
Còn ai đã phá được triền cái trạo cử thì không còn bị hôn trầm nữa.
Ngứa ngáy ở vùng da mặt hoặc dưới thân giống như có con kiến con muỗi đang chọc ngoáy là do sự kích ứng thần kinh nhè nhẹ. Khi bắt đầu tu tập nhiếp tâm, ta đã có sự dằn co giữa thói quen suy nghĩ và ước muốn chấm dứt suy nghĩ. Sự dằn co đó khiến cho thần kinh da bị kích ứng nhẹ và tạo nên cảm giác ngứa. Sau một thời gian dụng công, cảm giác ngứa đó sẽ tự hết. Còn một nguyên nhân khác nữa là những tư tưởng xấu còn tồn tại cũng được báo hiệu bằng cảm giác ngứa ở da.
Hai chân run khi đang ngồi thiền có hai nguyên nhân. Một là do gân chân còn cứng quá, chưa mềm mại, nên khi siết vào tư thế kiết già chân run lên bần bật. Hoặc là do ngồi thiền mà tâm căng thẳng quá khiến não bộ phát ra những tín hiệu truyền vào chân làm run giả tạo. Vì vậy,
nếu vì lý do gân chân cứng thì một thời gian sau sẽ tự hết khi chân đã mềm. Nếu vì lý do căng thẳng thì phải nhanh chóng buông xả toàn thân, buông xả toàn tâm thì sẽ hết.