Có trường hợp sau một thời gian tu tập thiền định theo một phương pháp nào đó, ta bị rối loạn tâm lý hay rối loạn nhân cách. Nguyên nhân của mỗi trường hợp sẽ khác nhau như sau.
Nóng nảy hơn trước là do ta cảm thấy mình hơn người, nghĩa là tâm kiêu mạn tự hào đã xuất hiện. Hoặc là do ta cho rằng ta biết tu tập còn những người khác thì mê muội không biết tu. Hoặc là do đường lối pháp môn của ta dạy ta tự đề cao chính mình thái quá. Lý thuyết về chân tâm phật tánh cũng góp phần trong việc khiến người tu thấy mình cao siêu quá. Người tu cần phải hướng về mục tiêu Vô ngã một cách xác quyết để tránh bệnh tự tôn này. Tâm niệm xem mình như cỏ rác cát bụi rất hiệu quả trong việc ngăn chận tâm kiêu mạn tự hào xuất hiện (xem Tâm Lý Đạo Đức).
Nóng nảy xuất hiện cũng do ta dụng công dằn ép, không biết thong thả nhẹ nhàng.
Nóng nảy cũng có khi do ta dụng công bằng cách chú ý trên đầu nhiều quá nên chân khí chạy lên, không trụ ở phía dưới. Chân âm mất lực cũng làm cho tâm lý không ổn định.
Thờ ơ với mọi người mọi việc chung quanh cũng là một rối loạn nhân cách. Nếu tu đúng, ta sẽ có thái độ vừa bình thản với mọi biến động cuộc đời vừa ân cần với con người hơn trước. Nhưng nếu tu sai, ta sẽ trở nên thờ ơ không còn quan tâm đến mọi người chung quanh mình. Đó là dấu hiệu lòng từ bi không phát triển mà lại có hướng suy giảm. Nguyên nhân là do ta nhiếp tâm nhanh chóng dễ dàng quá dù trước đó không đi qua căn bản tác ý từ bi nhiều. Thật ra nhiếp tâm dễ dàng quá lại là một bất lợi cho mình và cho người sau vì ta sẽ truyền dạy một pháp môn thiếu sót. Nhiều thiền sư có thành tựu bản thân rất vĩ đại nhưng để lại một giáo pháp đầy nhược điểm là cũng từ nguyên nhân như thế. Muốn chữa căn bệnh này, ta phải quán từ bi rất nhiều.
Nói nhiều cũng là một dạng rối loạn tâm lý. Đáng lẽ càng tu thiền ta càng ít nói những điều vô nghĩa, chỉ nói những điều cần thiết, nhưng vì dụng công sai, ta trở nên nói nhiều hơn trước. Nguyên nhân là ta không thành tựu được định lực nên vỏ não sôi động với các ý nghĩ tuôn trào thúc đẩy miệng nói huyên thuyên. Nguyên nhân nữa là ta chú ý trên đầu nhiều quá nên lực chạy lên não làm não sôi động lên. Người bị bệnh này mở miệng nói đạo lý suốt ngày không chán, nhưng nghe kỹ ta sẽ thấy đầy ý khoe khoang tự phụ. Người này cũng dễ bị nổi sân. Muốn chữa bệnh này, hành giả phải lễ Phật sám hối thật nhiều, sau đó thay đổi cách dụng công sao cho tâm lắng yên và lực trầm xuống dưới.
Hơn thua tự phụ là bệnh nguy hiểm bậc nhất của người tu thiền. Người bị bệnh này hay tranh cãi đúng sai với mọi người, nhất là về đạo lý, thiền ngữ. Đạo lý là con đường để tu, nhưng với người bị bệnh hơn thua thì đạo lý đã trở thành phương tiện tranh tài cao thấp. Họ tìm cách bắt bẻ nhau từng chút sơ hở trong câu nói để dành phần thắng về cho mình. Người bị bệnh này thì tâm khiêm hạ biến mất, lúc nào cũng khinh người, chẳng coi ai ra gì, thậm chí chê bai cả những bậc tôn túc đức độ.
Nhiều giáo phái mới xuất hiện với ý đồ phá hoại đạo Phật cũng truyền cho tín đồ ý niệm chê bai Phật và các bậc tôn túc trong đạo Phật. Chúng ta cần góp sức tiêu diệt những giáo phái nguy hiểm như thế vì phá đạo Phật tức là gây tội ác đệ nhất trên đời không gì hơn. Còn những người bị nhiễm tư tưởng chê bai Phật Pháp như thế là đã mất hết căn lành, sẽ bị đọa vào ác đạo.
Ngưòi bị bệnh tự phụ thì rất khó thoát khỏi vì người đó không hề tự thấy mình sai lầm, cứ nằng nặc cho mình đúng nhất trần gian. Nếu họ không có duyên may để thoát khỏi bệnh tự phụ này thì rất nhiều bất hạnh chờ đợi họ ở mai sau, hoặc là nghèo túng khốn cùng, thất bại liên miên, hoặc là rối loạn tâm thần nặng nề.
Nếu lúc nào biết mình bị bệnh này và muốn thoát ra, ta phải lễ Phật sám hối rất nhiều, đồng thời xem mình như cát bụi cỏ rác, nghĩ rằng còn vô số người trên đời tài đức hơn mình triệu triệu lần. Trong cuộc sống ta phải cẩn thận từng ý nghĩ kiêu mạn lúc nào cũng chực chờ chê bai người khác. Phải luôn luôn tự dìm mình xuống để ý niệm kiêu mạn bị kềm chế. Lâu ngày tâm khiêm hạ được phục hồi thì mới có đường cho công đức trỗi dậy.
Thấy gì cũng như không lại là một bệnh xuất phát từ giáo lý Bát nhã bị hiểu sai. Nhiều bài kinh Bát Nhã dành cho hàng Bồ tát vô lượng công đức đã dạy Bồ tát phải xem tất cả thế gian như huyễn như mộng. Như đoạn cuối kinh Kim Cang cũng có bài kệ nổi tiếng nêu lên quan điểm xem tất cả pháp hữu vi như mộng, huyễn, bọt nước, bóng trong gương, như sương chóng tan, điện sét chóng biến mất. Người đọc lập tức quên hết bao nhiêu đạo lý phía trước mà chỉ biết có đoạn cuối để rồi từ đây xem gì cũng không, bỏ qua luôn nguyên lý Nghiệp báo vô cùng quan trọng. Thấy gì cũng không đưa đến một tai hại là xem thường nhiều điều đáng lẽ phải được trân trọng nâng niu. Có những điều thuộc về Đạo đức mà ta phải xem trọng, nhưng người hiểu sai Bát nhã là xem thường tất cả.
Hơn nữa, khi bị nghịch cảnh khốn khó, ta chỉ nên quán Nghiệp duyên để thấy lỗi quá khứ của mình. Sau khi nhận lỗi về mình, ta sẽ cảm thấy tâm hồn yên tĩnh vững vàng hơn, và may mắn cũng sẽ đến dễ dàng hơn. Chỉ khi nào ta đã thành tựu vô lượng công đức thì mới nên quán tất cả pháp là không để không chấp giữ tự hào. Khi còn quá thiếu phước mà cứ xem mọi thứ là không thì phước càng tổn thêm vì ta đã vô tình xem thường những điều lẽ ra phải tôn trọng. Động dục cũng được ghi nhận đã xảy ra ở một số người đang tinh tấn nhập thất. Nguyên nhân cũng là do chú ý phía trên đầu nhiều quá. Tuy cảm giác động dục nằm ở dưới bộ phận sinh dục nhưng thật ra cơ chế kiểm soát cảm giác tình dục lại nằm ở trên não. Khi ta chú ý phía trên, hoặc khi ta khởi ý niệm kiêu mạn thầm kín, lập tức vùng não kiểm soát hoạt động tình dục khởi động. Để chữa bệnh này, ta cần tác ý khiêm hạ, lễ Phật sám hối. Sau đó ta để tâm xuống Đan điền, nếu cần nhìn thẳng vào cảm giác đó một cách quyết tâm thách thức. Vài lần đối diện nhìn thẳng vào cảm giác động dục thì cảm giác đó sẽ tan. Bệnh này rất khó chữa nơi người nào kiêu mạn nhiều quá. Người càng kiêu mạn càng dễ bị tham dục chi phối mặc dù bên ngoài làm ra vẻ tài giỏi am hiểu đạo lý.
Điên loạn là bệnh của thiền hay được nghe nhắc tới đến nổi nhiều người vì sợ hãi mà không dám bước vào tu thiền. Điên chỉ xuất hiện khi phước đã tổn quá nặng. Về mặt sinh lý thì điên chỉ xuất hiện khi bộ não bị hư hại. Sở dĩ bộ não bị hư hại vì lực từ phía dưới xông lên phá nát. Nhưng thật ra lực từ phía dưới xông lên chỉ làm đầu óc căng thẳng chứ không làm điên loạn. Chỉ khi nào lực từ dưới xông lên gặp được ý niệm tự cao kiêu mạn chờ sẵn thì sẽ tạo thành vụ nổ vỡ tan bộ não, và làm người này trở nên điên loạn thật sự. Hầu như khi đã bị điên thì kiếp này xem như bỏ, dù có chữa lành cũng khó thể tu tiến. Người này chỉ còn tạo phước, sám hối để chờ đợi tái sinh một kiếp sau có một bộ não mới và tu tập trở lại.
Người bị điên cũng không thể tự cứu mình nữa, chỉ nhờ người thân tạo phước hồi hướng, rồi đem đến bệnh viện chuyên khoa tâm thần để được bác sĩ sử dụng liệu pháp chuyên môn xử lý phần nào.
Nhiều người siêng học và học giỏi rồi điên, giống như người tinh tấn tu thiền, tu giỏi rồi điên đều có cùng cơ cấu là tập trung lên đầu nhiều quá, đồng thời ý niệm tự cao tồn tại khá nhiều. Những người tu hành mà hay xem thường các vị Thánh, thậm chí xem mình ngang bằng với Phật, xem ai cũng dưới mình, tự cho mình cao siêu phi phàm… đều đã gieo xong nhân điên loạn, chỉ còn chờ ngày quả báo hiện ra. Đó cũng là địa ngục hiện kiếp.
Thời đại ngày nay người mắc bệnh tâm thần khá nhiều chỉ vì nền văn hóa khiêm cung lễ độ đang bị thay thế bởi lối sống kiêu căng tự phụ vô lễ. Lớp trẻ không còn bị bắt buộc phải kính trọng người lớn, lại còn được nuông chìu để trở nên hung dữ ngang bướng vô lễ. Đó là nguyên nhân tạo thành bệnh lý rối loạn tâm thần dày đặc trên thế giới hiện nay. Cha mẹ thương con phải biết dạy con lễ độ cung kính mọi người, phải dạy con tôn kính Tam Bảo. Đó chính là phương pháp giữ bộ não cho con trẻ khỏe mạnh lâu bền về sau.