Có thể thấy những tồn tại trên bắt nguồn từ một số nguyên nhân sau đây:
Đội ngũ cán bộ thẩm định đa số còn thiếu kinh nghiệm thực tiễn, chỉ mới nghiên cứu công tác thẩm định tài chính dự án qua tài liệu tự nghiên cứu, tự tham khảo mà không được đào tạo một cách bài bản. Chi nhánh chưa có được một chương trình đào tạo phát triển tổng thể cho đội ngũ cán bộ thẩm định mà mới chỉ dừng lại ở hình thức tập huấn ngắn ngày.
Chất lượng thông tin thu thập chưa cao do các cán bộ thẩm định chủ yếu dùng nguồn thông tin được khách hàng cung cấp trong hồ sơ thẩm định, nhưng trong một số trường hợp nguồn thông tin này không được một công ty kiểm toán có uy tín kiểm toán và xác nhận hoặc xảy ra tình trạng dự án thiếu thông tin do chủ đầu tư không có kiến thức cơ bản về lập dự án.
Hệ thống các văn bản pháp lý vẫn tồn tại nhiều hạn chế, thiếu sót. Cụ thể, nhiều văn bản ban hành cho có hình thức mà nội dung chưa sát với tình hình thực tế, chậm sửa đổi để bắt kịp với những thay đổi của thị trường. Đồng thời, văn bản hướng dẫn triển khai nghiệp vụ còn chung chung, thiếu cụ thể. Hơn thế, còn xảy ra tình trạng chồng chéo, thiếu đồng bộ và nhất quán khiến cán bộ thẩm định khó khăn trong việc tham khảo và vận dụng. Điều này ảnh hưởng không nhỏ tới chất lượng thẩm định của chi nhánh.
Môi trường kinh tế có nhiều biến động lớn trong thời gian gần đây, làm cho giá cả nguyên vật liệu của các dự án tăng nhanh và khó lường trước, dễ dẫn đến những rủi ro bất ngờ.