Đây là những nhà máy GTL có công suất nhỏ hơn 5.000 thùng/ngày và nó được chia làm 2 loại như sau:
(1) Phân xưởng GTL nhỏ
Đây là những hệ thống sản xuất GTL có quy mô là những đơn vị nhỏ thích hợp cho những mỏ khí nhỏ và ở xa. Những đơn vị này cũng được dùng để chuyển hóa khí đốt thành các sản phẩm lỏng thay vì đốt bỏ ở đuốc. Những hệ thống này có công suất từ khoảng 1.000 đến 5.000 thùng/ngày và gồm 2 loại, cố định và di động. Hiện nay, thế hệ mới của công nghệ GTL được thiết kế để có thể di chuyển bằng xe tải lớn từ mỏ này đến mỏ khác tùy thuộc vào kế hoạch sản xuất, ví dụ như hệ thống được phát mình bởi Alchem như hình dưới. Những hệ thống này có thể được thuê trong một thời gian nhất định, đặc biệt là cho những trường hợp trữ lượng không đủ lớn để xây dựng một hệ thống cố định.
Sự phát triển liên tục của các nhà máy GTL đã làm giảm chi phí đầu tư xuống đến mức tối thiểu khi đầu tư của nó không vượt quá mức 22.000 USD /thùng/ngày. Sự phát triển này phản ánh một cách tích cực lên giá của các sản phẩm GTL. Tác nhân chính cho quá trình này là khả năng sử dụng không khí làm tác nhân oxy hóa thay cho oxy trong phân xưởng sản xuất khí tổng hợp, điều này cũng cho phép giảm kích thước của thiệt bị xuống.
(2) GTL nhà máy thí điểm
Một số nhà máy GTL nhỏ được thiết kế để phục vụ nghiên cứu khoa học. Công suất của nhưng nhà máy thí điểm này không vượt quá 1.000 thùng/ngày. Các công ty cũng sử dụng các phân xưởng nhỏ này để thực hiện các chế độ chạy thử thể trình bày các công nghệ GTL của họ, và các quá trình mà họ đạt được trong thực tiễn, đặc biệt là khi có dự định ký hợp đồng với đối tác khác.