Công ty được hình thành và phát triển đến nay gần 40 năm. Tiền thân của Công ty là 2 Trung đoàn quân đội làm nhiệm vụ xây dựng kinh tế gắn với giữ vững quốc phòng, an ninh trên Cao nguyên sau ngày Miền Nam được giải phóng. Đó là Trung đoàn bộ binh
758 và Trung đoàn khai hoang cơ giới 755 trực thuộc Sư đoàn 333, Quân khu 5.
Năm 1982 Trung đoàn 758 được chuyển thành Nông trường 717, Trung đoàn 755 chuyển thành Xí nghiệp khai hoang cơ giới 721 thuộc Xí nghiệp liên hợp 333 - Bộ nông nghiệp công nghiệp thực phẩm, là các đơn vị hạch toán phụ thuộc Xí nghiệp liên hiệp 333.
Năm 2000, theo quyết định số 368 TCT/QĐ ngày 23/8/2000 của HĐQT Tổng Công ty cà phê Việt Nam sáp nhập Nông trường 717 vào Nông trường 721 và đổi tên thành Công ty cà phê 721. Năm 2006 công ty thực hiện phương án sắp xếp đổi mới theo Quyết định 3063 ngày 18/10/2006 của Bộ NN&PTNT về cơ cấu lại doanh nghiệp nhà nước Công ty cà phê 721.
Năm 2010 Công ty cà phê 721 chuyển đổi thành Công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên cà phê 721, đơn vị thành viên của Tổng công ty cà phê Việt nam theo Quyết định số 1005/QĐ-BNN-ĐMDN ngày 29/4/2010 của Bộ Nông nghiệp và phát triển nông thôn.
Trải qua 38 năm hình thành và phát triển, các đơn vị tiền thân quân đội năm xưa và công ty ngày nay đã góp phần quan trọng trong việc giữ gìn sự ổn định về an ninh quốc phòng trên mảnh đất Tây nguyên sau ngày Miền nam được giải phóng. Đi đầu mở đất, xây dựng kết cấu hạ tầng kinh tế - xã hội làm cơ sở cho việc phân bố lại lao động và dân cư, xây dựng chính quyền nhân dân và vùng nông thôn mới trên mảnh đất Tây nguyên.
Đồng thời trực tiếp tổ chức sản xuất kinh doanh tạo nên một vùng chuyên canh cây cà phê và lúa nước, tạo ra một khối lượng sản phẩm xã hội to lớn, góp phần tăng nguồn thu ngân sách nhà nước và giải quyết công ăn việc làm cho hàng ngàn lao động. Tạo nên diện mạo và bộ mặt cảnh quan nông thôn mới trên mảnh đất Tây nguyên. Trong thực hiện nhiệm vụ đổi mới hôm nay, Công ty cũng đã cơ bản giải quyết được các vấn đề về lao động, đất đai, tài chính, ổn định hoạt động và tạo ra các nguồn lực phục vụ cho đổi mới và phát triển theo xu hướng hội nhập kinh tế quốc tế.