Người khai hải quan cần chuẩn bị đầy đủ hồ sơ tài liệu và các giấy tờ có liên quan đến lô hàng để tiến hành tham vấn cùng cơ quan Hải quan.
Công chức hải quan được phân công thực hiện tham vấn đề nghị đại diện doanh nghiệp đến thực hiện tham vấn xuất trình chứng minh thư nhân dân, và giấy ủy quyền đối với trường hợp được ủy quyền trước khi thực hiện tham vấn. Trường hợp người đến tham vấn không đúng thẩm quyền theo giấy mời nhưng không có giấy ủy quyền thì không tổ chức tham vấn.
Công chức hải quan khi thực hiện tham vấn cần giải thích rõ quyền lợi và nghĩa vụ của người khai hải quan trong việc tham vấn để có sự cộng tác thật sự với cơ quan Hải quan nhằm minh bạch trị giá khai báo. Sự giải thích này cần nêu rõ ích lợi của việc tham vấn nhằm chống gian lận qua giá như chống thất thu cho ngân sách, tạo bình đẳng cho doanh nghiệp; thông báo cho doanh nghiệp biết trách nhiệm và quyền hạn của cơ quan Hải quan khi thực hiện tham vấn, đồng thời thông báo xử lý theo pháp luật nếu phát hiện doanh nghiệp cố tình gian lận trốn thuế (thông qua công tác kiểm tra sau thông quan, điều tra chống buôn lậu, sự phối hợp điều tra của Hải quan Việt Nam và Hải quan các nước liên quan, hoặc bị các lực lượng chức năng khác điều tra phát hiện).
Đặt câu hỏi tham vấn và lắng nghe ý kiến trả lời của doanh nghiệp, không nên áp đặt cho doanh nghiệp, chú trọng vào những câu hỏi cần làm rõ nghi vấn, qua đó so sánh để tìm ra các mâu thuẫn trong thông tin của doanh nghiệp (câu trả lời, hồ sơ nhập khẩu và với các thông tin có sẵn của cơ quan Hải quan đã được kiểm chứng). Cần chỉ ra các bất hợp lý trong mức giá khai báo của lô hàng so với các lô hàng giống hệt, tương tự khác hoặc với các thông tin thị trường về giá cả trong và ngoài nước. Chỉ ra các bất hợp lý trong mức giá khai báo nhập khẩu so với các chi phí nguyên vật liệu cơ bản nhập khẩu cấu thành nên sản phẩm.
Trong quá trình tham vấn không nhất thiết phải nêu hết câu hỏi hoặc chỉ gói gọn trong các câu hỏi đã chuẩn bị mà phải căn cứ vào từng lô hàng cụ thể và diễn biến cụ thể trong tham vấn để có xử lý thích hợp.
Lập biên bản tham vấn ghi chép đầy đủ, trung thực việc hỏi đáp trong quá trình tham vấn, các nội dung tham vấn, kết thúc biên bản tham vấn căn cứ nội dung trả lời của doanh nghiệp, các thông tin dữ liệu giá, cơ quan Hải quan nêu rõ “chấp nhận” hoặc “bác bỏ” mức giá khai báo, trích dẫn các văn bản pháp quy, căn cứ cơ
sở bác bỏ hay chấp nhận mức giá khai báo, mức giá dự kiến. Các bên tham gia tham vấn phải cùng ký vào biên bản tham vấn. Trong trường hợp sau khi tham vấn mà người khai hải quan không đồng ý ký vào biên bản tham vấn thì yêu cầu người khai hải quan phải ghi rõ lý do không ký vào biên bản.