3.2.4.1 Năng lực quản lý của Ban còn hạn chế
Hiện nay rất nhiều công trình đang được đầu tư xây dựng nhưng đòi hỏi cao về chất lượng. Tránh tình trạng công trình xây lâu chưa hoàn thành, hoặc hoàn thành xong nhưng chỉ sử dụng 1-2 năm thì công trình xuống cấp gây thất thoát nhiều tiền của nhà nước. Để công trình đạt chuẩn về kỹ thuật đòi hỏi công tác quản lý công trình trong quá trình thực hiện đầu tư được thực hiện chặt chẽ. Tuy nhiên hàng năm rất nhiều công trình xây dựng trên địa bàn được phê duyệt mà lực lượng quản lý còn mỏng, kinh nghiệm của lớp cán bộ trẻ còn yếu đã gây nhiều khó khăn trong công tác quản lý.
3.2.4.2 Sự cạnh tranh trong hoạt động quản lý dự án
Đất nước ta đang chuyển biến mạnh mẽ để kiến thiết đất nước đặc biệt trong ngành xây dựng, nhiều tổ chức, đơn vị quản lý dự án đầu tư xây dựng công trình có năng lực tốt, giàu kinh nghiệm thực tế đang cạnh tranh nhau khốc liệt. Ngoài các đơn vị trong nước, nước ta mở cửa cho những đơn vị tư vấn quản lý dự án nước ngoài vào xây dựng.
Trong môi trường cạnh tranh này, phương thức quản lý dự án, chất lượng công tác quản lý dự án là yếu tố quan trọng góp phần quyết định thành công của Ban quản lý dự án. Muốn đảm bảo đúng tiến độ, chất lượng, chi phí của dự án thì Ban quản lý dự án cần có phương thức quản lý dự án đúng đắn, và chuyên nghiệp, có chiến lược nâng cao năng lực quản lý của mình để tồn tại và phát triển tốt trong tình hình hiện nay.
3.2.4.3 Pháp luật về quản lý dự án đầu tư xây dựng còn có những bất cập
Hàng năm hay cứ 2-3 năm có bổ sung thêm một nghị định hoặc quyết định về quản lý dự án khiến chính sách về quản lý dự án đầu tư còn chồng chéo, thiếu đồng bộ, thủ tục đầu tư bằng nguồn vốn ngân sách còn phức tạp, sự phối hợp giữa các cơ quan không đồng bộ và thiếu chặt chẽ. Thông tư nghị định áp dụng cho công tác quản lý dự án đầu tư xây dựng được ban hành ra nhưng lại thiếu hướng dẫn áp dụng làm gây khó khăn cho nhà đầu tư xây dựng cũng như quản lý dự án.
3.2.4.4 Đơn giá của thị trường xây dựng hay biến động
Các dự án xây dựng có những đặc điểm như: quy mô lớn, kết cấu phức tạp, công trình trải dài trên một vùng lãnh thổ rộng lớn, thời gian thực hiện dự án dài, chu kỳ xây dựng dài, các dự án công trình thường là lộ thiện nên chịu nhiều anh hưởng của yếu tố tự nhiên thiên nhiên về tiến độ xây dựng, kinh tế xã hội, đặc biệt là yếu tố giá cả. Do tác động của nên kinh tế thị trường nên giá cả vật liệu, nhân công, máy thi công tăng lên làm Tổng mức đầu tư tăng lên đáng kể. Nhiều công trình tạm ngừng thi công, hoặc bỏ hoang gây thất thoát nhiều ngân sách nhà nước.
3.2.4.5 Nguồn ngân sách đầu tư của Tỉnh còn hạn hẹp
Nguồn vốn thực hiện đầu tư xây dựng các dựg địa bàn Tỉnh chủ yếu là nguồn vốn ngân sách nhà nước đầu tư để xây dựng. Việc phân bổ nguồn vốn hàng năm cho dự án đê kè bảo vệ bờ hiện nay còn gặp nhiều khó khăn do nguồn vốn ngân sách còn hạn hẹp. Vốn ngân sách hàng năm bố chí cho Sở Nông nghiệp và phát triển nông thôn Bắc Giang có hạn, mặt khác nguồn vốn đó được chi phí đầu tư cho nhiều công việc khác nhau, và việc đầu tư xây dựng tu bổ các công trình thủy lợi trên địa bàn Tỉnh chỉ là một phần nhỏ.
Chính vì do nguồn vốn đầu tư xây dựng công trình thủy lợi còn hạn chế dẫn đến việc phân bổ nguồn vốn hàng năm cho các dự án thường không đảm bảo cho chi phí
động gây khó khăn lớn choviệc hoàn thành các công trình xây dựng theo đúng hạn định đề ra.