1. Nhân tố pháp lý, chính sách
Các quy định, nghị định, luật ảnh hưởng trực tiếp tới công tác quản lý dự án. Tuy nhiên các văn bản quy định giữa trung ương và địa phương còn chưa thống nhất, các quy định giữa các ngành cũng xảy ra sự chồng chéo dẫn đến khó khăn trong việc áp dụng các quy định vào trong công tác quản lý. Các thông tư, nghị định ra đời bổ sung chỉnh sửa cho các văn bản luật trước khiến công tác quản lý gặp nhiều khó khăn..
2. Nhân tố con người
Hiện nay việc đào tạo kiến thức trong các trường đại học còn xa với khi áp dụng vào thực tế. Nhiều sinh viên ra trường gần như học lại, những người làm công tác quản lý năng lực còn yếu kém. Việc quản lý dự án yếu kém bởi các nhân tố sau: Yếu kém của Ban quản lý dự án và công tác quản lý dự án; tổ chức quản lý và giám sát yếu kém; khả năng tài chính của Chủ đầu tư; khả năng tài chính của nhà thầu...
3. Yếu tố khoa học công nghệ
Việc áp dụng khoa học công nghệ vào trong xây dựng công trình là một trong những giải pháp quan trọng nhằm đảm bảo chất lượng, tiến độ công trình, làm giảm chi phí, nhân lực lao động trong thi công. Giúp con người sử dụng máy móc thiết bị vật liệu mới một cách nhẹ nhàng và chính xác cao, giảm được thời gian, nhân lực, chi phí.
Ngày nay việc áp dụng khoa học công nghệ vào trong công tác xây dựng ngày càng được áp dụng rộng rãi, việc sử dụng vật liệu mới có tính hiệu quả cao giảm chi phí giá thành nhân công là sự lựa chọn hàng đầu của các nhà xây dựng. Khoa học công nghệ, máy mọc thiết bị áp dụng vào xây dựng nhằm đẩy nhanh tiến độ thi công nâng cao chất lượng xây dựng công trình và làm ảnh hưởng không nhỏ đến chi phí xây dựng công trình.
4. Nhân tố thị trường
Sự biến động về giá cả, tiền lương, vật tư vật liệu thiết bị làm ảnh hưởng không nhỏ đến tổng mức đầu tư xây dựng công trình. Sự thay đổi về giá cả làm cho tiến độ cung cấp vật liệu, thi công ảnh hưởng đến tiến độ của công trình và gây khó khăn cho công tác quản lý chi phí trong thời gian xây dựng.
5. Nhân tố đặc điểm và điều kiện thi công công trình xây dựng
Thi công các công trình thuỷ lợi thường chịu ảnh hưởng rất nhiều bởi điều kiện thời tiết. Mùa mưa thường nghỉ và công trình được thi công vào mùa khô. Các công trình thuỷ lợi thường được xây dựng ở những nơi có địa hình phức tạp, vận chuyển thiết bị, vật tư nhân công khó khăn.... Ảnh hưởng lớn đến việc quản lý chất lượng cũng như tiến độ công trình. Mặt khác điều này làm gia tăng chi phí ảnh hưởng đến công tác quản lý chi phí.