So với các hoạt động sản xuất quản lý của các lĩnh vực và doanh nghiệp sản xuất nói chung, doanh nghiệp khai thác và quản lý khai thác công trình thủy lợi có những nét đặc thù ảnh hưởng đến công tác xây dựng và áp dụng định mức kinh tế kỹ thuật, cụ thể:
1. Công tác quản lý khai thác hệ thống thuỷ nông vừa mang tính kinh tế vừa mang tính xã hội
Doanh nghiệp thuỷ nông là doanh nghiệp Nhà nước sản xuất và cung ứng sản phẩm, dịch vụ công ích nhưng tính chất hoạt động lại phức tạp, vừa mang tính kinh tế vừa mang tính xã hội. Khi các đơn vị sản xuất lấy nước từ công trình thuỷ nông phục vụ cho mục đích sản xuất kinh doanh thì hoạt động của nó đơn thuần mang tính kinh tế, nhưng khi cung cấp nước, tiêu thoát nước phục vụ sản xuất nông nghiệp, dân sinh kinh tế - xã hội thì hoạt động của doanh nghiệp thủy nông gần như hoàn toàn vì mục tiêu xã hội.
2. Hoạt động sản xuất ảnh hưởng nhiều bởi yếu tố khí hậu, thời tiết
Do hoạt động thuỷ nông phụ thuộc nhiều vào điều kiện thời tiết, điều kiện tự nhiên, kinh tế xã hội, nên việc xây dựng kế hoạch hoạt động, kế hoạch tài chính, nhân lực, kế hoạch tu sửa công trình,… không ổn định và thường xuyên phải thay đổi bổ sung. Do đó công tác triển khai thực hiện kế hoạch hàng năm, hàng vụ luôn bị động và chỉ mang tính định hướng, không sát với thực tế nên gặp nhiều khó khăn trong quá trình chỉ đạo và thực hiện nhiệm vụ sản xuất. Vì vậy khi xây dựng định mức KTKT cho công tác quản lý vận hành hệ thống công trình cần thiết phải xét và đề cập đến các điều kiện thời tiết khác nhau, như thời tiết bình thường, thời tiết bất thường như hạn hán, mưa lũ ...
3. Lao động trong công tác quản lý thuỷ nông được bố trí dàn trải trên địa bàn rộng
Do địa bàn sản xuất rộng, phục vụ nhiều đối tượng, theo các yêu cầu về số lượng và chất lượng dịch vụ khác nhau, nên tổ chức quản lý sản xuất ở các hệ thống thủy nông hết sức phức tạp, khác với các lĩnh vực sản xuất khác, công nhân sản xuất được bố trí dàn trải trên địa bàn rộng theo hệ thống công trình và hệ thống kênh mương nên việc sắp xếp lao động, theo dõi giám sát đánh giá kết quả đánh giá chất lượng và số lượng công việc của từng nhiệm vụ, từng chức năng gặp nhiều khó khăn.
4. Hoạt động sản xuất mang tính thời vụ theo sản xuất nông nghiệp
Hoạt động sản xuất ở các hệ thống thuỷ nông mang tính thời vụ theo sản xuất nông nghiệp. Vào các vụ tưới tiêu (Chống hạn, chống úng,…), công nhân thuỷ nông phải làm việc liên tục 3 ca một ngày mà vẫn không đủ lao động. Nhưng vào thời điểm nông nhàn, lại xảy ra hiện tượng dư thừa lao động. Vì vậy, công tác tổ chức quản lý, sắp xếp, điều phối lao động cần được thực hiện một cách phù hợp và có hiệu quả.
5. Mỗi hệ thống công trình có những điều kiện đặc thù riêng
Mỗi hệ thống công trình đều có những điều kiện đặc thù riêng như về loại hình công trình, đặc điểm, quy mô hệ thống công trình, đặc điểm về điều kiện tự nhiên, kinh tế xã hội khu vực công trình … Với mỗi loại công trình cần có cách tiếp cận, phương pháp tính toán cụ thể. Vì vậy không thể xây dựng một định mức KTKT rồi áp dụng chung cho tất cả các loại hình công trình, các vùng miền khác nhau.