Để chuyển đổi nền kinh tế theo hướng tăng trưởng xanh, Việt Nam cũng có những khó khăn, thách thức rất lớn như sau:
* Trình độ phát triển nói chung còn thấp, bị tụt hậu so với nhiều nước sau những năm chiến tranh kéo dài đang để lại những di hại không nhỏ, cần có thời gian và nguồn lực lớn để khắc phục. Nhưng nếu biết cách tổ chức lại một cách có hệ thống và khôn khéo thì Việt Nam hoàn toàn có cơ hội rút ngắn khoảng cách phát triển trong thời gian không dài, bằng cách phi truyền thống;
* Hệ thống pháp luật đang trong thời kỳ chuyển đổi chưa đồng bộ, chưa thật phù hợp với xu thế toàn cầu hóa và hướng tới tăng trưởng xanh. Hệ thống tổ chức, bộ máy quản lý còn chia cắt chưa phù hợp với sự phát triển trong liên kết của đất nước trong hội nhập, cần có những chỉnh sửa rất mạnh mẽ;
* Công nghệ sản xuất cũ, lạc hậu còn phổ biến, năng suất lao động thấp, sức cạnh tranh không cao, hiệu quả sử dụng các nguồn lực thấp; công nghệ sản xuất năng lượng tái tạo chưa phát triển;trình độ phát triển khoa học công nghệ (nhất là R&D và chuyển giao công nghệ) còn thấp;
* Tài nguyên thiên nhiên bị suy thoái nghiêm trọng, một phần bị hủy hoại chính do phương thức tăng trưởng, phương thức tăng trưởng còn nặng theo chiều rộng, sử dụng năng lượng hóa thạch là nguyên liệu đầu vào, trong khi trình độ sử dụng công nghệ mới để giảm tiêu hao vật chất còn thấp. Trong khi đó, đất nước lại kém trong quản lý tài nguyên;
* Nhận thức và năng lực của toàn hệ thống (con người, cơ sở hạ tầng, tài chính và thể chế) còn thấp, làm cho những thói quen cũ trong sản xuất, đời sống và quản lý chậm thay đổi, phải có những chuyển biến mang tính chiến lược hơn.
Đứng trước thời cơ mới, Việt Nam cần phát huy các lợi thế so sánh, lợi thế “động” đang mở ra, khắc phục các yếu kém để phát triển đất nước. Phương thức tăng trưởng xanh là con đường tốt nhất để giúp Việt Nam thu hẹp khoảng cách phát triển trong thời gian tương đối ngắn, nhờ sử dụng hiệu quả nội lực và toàn cầu hóa.