Trong quá trình sản xuất kinh doanh xuất nhập khẩu, công ty hoạt động có hiệu quả nhờ sự chỉ đạo của UBND thành phố, Sở Tài chính, Sở Thương mại. Từ đó thuận lợi về việc xin ý kiến cũng như giải quyết các văn bản, được uốn nắn kịp thời, tạo mọi điều kiện cho công ty hoàn thành chỉ tiêu, kế hoạch Nhà nước giao.
Cơ chế điều hành xuất nhập khẩu của Bộ Thương Mại có đổi mới mặt hàng chế biến nông sản thực phẩm xuất khẩu hạn ngạch và mặt hàng tiêu dùng nhập khẩu, chỉ cấp văn bản cho chỉ tiêu kim ngạch 6 tháng, 1 năm, từ bỏ cấp hạn ngạch chuyến. Từ đó tạo điều kiện thuận lợi cho doanh nghiệp không gặp khó khăn về thời gian và giảm chi phí đi lại, chủ động kịp thời trong lĩnh vực xuất nhập khẩu.
Công ty nông sản thực phẩm xuất khẩu Cần Thơ đứng vững trên cơ chế thị trường là nhờ sự nỗ lực nội tại của Ban giám đốc kết hợp với chi bộ và Đảng ủy sắp xếp lại bộ máy như mở rộng chế biến các mặt hàng nông sản, giày da … Từ đó bố trí phân công lại cán bộ, công nhân viên nhằm tăng năng suất lao động và giảm chi phí.
Để sản xuất kinh doanh có hiệu quả và giảm giá thành để có sức cạnh tranh với thị trường, ban giám đốc có định mức khâu chi phí như: cán bộ công nhân viên đi công tác, vận chuyển hàng hóa, bốc dỡ hàng, khoán doanh số, lợi nhuận cho từng xí nghiệp, chi nhánh. Từ đó mỗi đơn vị sản xuất kinh doanh đều có hiệu quả về nộp cho công ty. Đồng thời kinh doanh xuất nhập khẩu từng thương vụ có phương án cụ thể về hiệu quả từng hợp đồng. Ban giám đốc luôn có cân đối giữa các khoản chi phí và hiệu quả lợi nhuận từng tháng, từng quý, từng năm, trên cơ sở đó giám sát khâu nào mất cân đối kịp thời uốn nắn ngay.
Là một doanh nghiệp hoạt động đã khá lâu và công ty hoạt động ngày càng có hiệu quả nên công ty cũng có được uy tín trên thị trường.
Công ty đang từng bước chuẩn bị cho việc cổ phần hoá doanh nghiệp và sẽ chuyển sang hình thức công ty cổ phần trong năm 2009 này. Đây là điều kiện thuận lợi cho công ty để nâng cao nguồn vốn chủ sở hữu của mình giúp công ty tăng quy mô sản xuất kinh doanh và như thế lợi nhuận của công ty cũng sẽ có cơ hội tăng trong những năm tới.