Tính chọn lọc của thuốc trừ cỏ tức là khi phun trên ruộng có cả lúa và cỏ thì thuốc chỉ diệt cỏ mà không hại lúa. Ở nước ta hiện nay hầu hết các loại thuốc diệt cỏ được sử dụng đều có tính chọn lọc.
Tính chọn lọc theo 3 cơ chế: + Chọn lọc sinh lý:
Khi phun lên ruộng cả cây lúa và cây cỏ đều hấp thu thuốc. Nhưng đối với cây lúa thì không bị hại. Vì trong cây lúa hình thành các chất phân giải hoặc cô lập các thuốc trừ cỏ khi xâm nhập vào. Còn trong cây cỏ thì thuốc phân giải chậm và vận chuyển trong cây cỏ, nhất là tới các điểm sinh trưởng làm cây cỏ bị hại và chết.
Ví dụ: Khi dùng Propamin trong ruộng lúa, năng lực đề kháng của cây lúa cao hơn nhiều so với Cỏ lồng vực (Echinochloa crus-galli L.). Trong thân cây lúa có một loại enzym phân giải Propamin. Trong thân Cỏ lồng vực tuy có enzym đó nhưng tính
chuyển hóa của enzym trong cây cỏ và cây lúa khác nhau, enzym trong Cỏ lồng vực không phân giải được Propamin.
+ Chọn lọc không gian:
Rễ lúa thường sâu hơn rễ cỏ. Thuốc phun lên ruộng thường tập trung ở tầng trên mặt đất, khoảng 1 - 2 cm. Nên khả năng tiếp xúc của hột cỏ và rễ cỏ sẽ cao hơn so với tiếp xúc với rễ cây.
Hình 12: Chọn lọc không gian của thuốc diệt cỏ
+ Chọn lọc hình thái:
Đối với lúa lá đứng thẳng, mặt lá nhỏ, trên lá có tầng cutin, tầng sáp và tổ chức phân sinh được mặt lá bảo vệ khó tiếp xúc với thuốc. Còn đối với một số loài cỏ có lớp sáp trên mặt lá ít, phiến lá rộng hoặc mọc xòe ra nên lượng thuốc xâm nhập nhiều hơn và dễ bị hại.
Hình 13: Chọn lọc hình thái của thuốc diệt cỏ
Tuy nhiên khả năng chọn lọc cũng khác nhau giữa các loại thuốc. Một số thuốc có tính chọn lọc cao không gây hại gì cho lúa, một số thuốc chọn lọc ảnh hưởng đến lúa trong thời gian ngắn sau đó hồi phục lại. Khả năng chọn lọc này cũng có tính tương đối nghĩa là nếu sử dụng quáliều hướng dẫn hoặc không đảm bảo theo yêu cầu cần thiết của từng loại thuốc cũng có thể làm hại lúa.
Một số thuốc trừ cỏ không có tính chọn lọc như chất Glyphosate trong các thuốc Lyphoxim, Round up, Viphosate... diệt hầu hết các loài cây kể cả lúa. Vì vậy chỉ phun những loại thuốc này cho ruộng lúa trước khi gieo cấy.