Quan hệ giữa quyền quản lý nhà nước với quyền sở hữu của Nhà nước về cỏc nguồn lực và việc sử dụng quyền sở hữu này trong sản xuất kinh doanh ở cỏc DNNN đến nay vẫn chưa giải quyết hợp lý và triệt để do cũn "vướng mắc về cơ chế, chớnh sỏch". Như Bỏo cỏo tại Hội nghị Tổng kết 10 năm (2001 - 2011) về sắp xếp, đổi mới, phỏt triển và nõng cao hiệu quả DNNN ở Đà Nẵng, thỡ cơ chế, chớnh sỏch về quản lý cỏc doanh nghiệp cũn thiếu, chưa
đồng bộ (về quản lý sử dụng vốn, tài sản, về quyền của chủ sở hữu, người đại diện sở hữu), việc tỏch bạch chức năng quản lý nhà nước, giỏm sỏt hiệu quả hoạt động và chức năng kinh doanh vốn nhà nước chưa rừ ràng [103, tr.4]. Chớnh hạn chế này làm suy yếu sở hữu nhà nước, năng lực sản xuất chưa cao và hiệu quả kinh tế cũn thấp, chưa tương xứng với sự đầu tư của Nhà nước.
Trong cỏc DNNN trung ương, quỏ trỡnh đổi mới, sắp xếp lại, trọng tõm là đẩy mạnh cổ phần hoỏ theo chủ trương, chớnh sỏch của Đảng và Nhà nước tiến hành cũn chậm, thiếu kiờn quyết. Đến nay, vẫn cũn một số doanh nghiệp hoạt động trong một số ngành, lĩnh vực mà Nhà nước khụng cần chi phối. Việc huy động cỏc nhà đầu tư cú cổ đụng lớn, mang tớnh chiến lược để hỡnh thành cỏc doanh nghiệp cổ phần nhằm mở rộng quy mụ sản xuất kinh doanh trong điều kiện cạnh tranh và hội nhập kinh tế quốc tế cũn hạn chế.
Trong cỏc DNNN địa phương, quỏ trỡnh thực hiện chuyển đổi hỡnh thức sở hữu thụng qua cổ phần hoỏ chưa giải quyết triệt để. Đú là việc xỏc định tài sản chưa theo đỳng cỏc nguyờn tắc thị trường và xử lý vấn đề tồn đọng về tài chớnh, cụng nợ cũn khú khăn, phức tạp…làm phõn tỏn, thất thoỏt tài sản của Nhà nước. Vai trũ cổ đụng của người lao động cũn rất hạn chế, nờn khụng phỏt huy quyền làm chủtrong tổ chức quản lý sản xuất. Một số doanh nghiệp sau khi cổ phần hoỏ đó nảy sinh hiện tượng tư nhõn hoỏ do cỏc cổ đụng lớn hoặc một nhúm nhỏ cú tiềm lực tài chớnh mạnh lần lượt thõu túm cổ phiếu để kiểm soỏt, sau đú bỏn cỏc tài sản cú khả năng sinh lời cao để thu lợi.
Trỡnhđộ tổ chức quản lý sản xuất của đội ngũ lónh đạo, quản lý doanh nghiệp cũn hạn chế, yếu kộm. Một bộ phận cỏn bộ quản lý khụng đủ năng lực quản lý theo cơ chế mới, cũn cú tõm lý dựa vào nhà nước. Mặt khỏc, do cơ chế quản lý kinh tế của Nhà nước với tư cỏch là chủ sở hữu cũn bất cập và vai trũ lónh đạo phỏt triển kinh tế của cỏc tổ chức đảng ở cỏc doanh nghiệp cũn yếu, dẫn đến hiện tượng thiếu trỏch nhiệm, lóng phớ, tham nhũng cũn diễn ra.
Việc thực hiện quan hệ phõn phối trong kinh tế nhà nước, DNNN chưa thật sự do quy luật của thị trường quyết định, vẫn chưa phản ỏnh đỳng
theo kết quả lao động và hiệu quả kinh tế. Trong cỏc DNNN, cơ chế quản lý tiền lương và thu nhập ngoài lương, tiờu chớ trả lương và đỏnh giỏ kết quả lao động đó xuất hiện những bất ổn, diễn ra nhiều hệ quả tiờu cực. Tỡnh trạng trả lương cũn mang tớnh bỡnh quõn, chủ yếu căn cứ vào thời gian lao động là chưa phản ỏnh đỳng thực chất năng suất lao động và hiệu quả kinh tế. Trong thực hiện quan hệ phõn phối giữa cỏc đối tượng đó cú sự bất bỡnh đẳng, khi tiền lương, thu nhập của một bộ phận cỏn bộ lónh đạo, quản lý trong cỏc doanh nghiệp quỏ cao so với năng lực, trỡnh độ của họ và hiệu quả sản xuất của doanh nghiệp mà họ đang quản lý và so với người lao động đang làm việc trong doanh nghiệp. Mặt khỏc, việc đổi mới DNNN thụng qua sỏp nhập, hợp nhất, giải thể, giao, bỏn, khoỏn, cho thuờ, cổ phần hoỏ dẫn tới một bộ phận người lao động thiếu việc, mất việc làm, thu nhập bị giảm. Một bộ phận do khụng cú trỡnh độ, tay nghề, sức khoẻ để làm cụng việc mới, trong khi cơ chế bảo vệ người lao động chưa thực hiện cú hiệu quả. Mặc dự Đảng bộ đó cú chủ trương, chớnh quyền và bản thõn cỏc doanh nghiệp đó cú nhiều giải phỏp khắc phục, tuy nhiờn, đến nay vẫn chưa giải quyết kịp thời và triệt để làm lóng phớ sức sản xuất, khụng khai thỏc hết sức lao động, ảnh hưởng đến đời sống của người lao động và gõy ra tiờu cực về mặt xó hội.
Như vậy, việc xõy dựng QHSX trong kinh tế nhà nước vẫn cũn bất cập cả về sở hữu, tổ chức quản lý sản xuất và phõn phối, vỡ vậy, chưa tạo động lực thỳc đẩy mạnh mẽ LLSX phỏt triển trong quỏ trỡnh CNH, HĐH, làm cho kinh tế nhà nước chưa thật sự giữ vai trũ chủ đạo trong nền kinh tế.