Theo Quyết định thành lập thì hầu hết các VPĐK hiện nay đều có đầy đủ chức năng, nhiệm vụ theo hướng dẫn tại Thông tư số 38/2004/TTLT/BNV- BTNMT; tuy nhiên trên thực tế, chức năng, nhiệm vụ của các VPĐK ở địa phương vẫn còn nhiều bất cập:
* Phần lớn các VPĐK các cấp sau khi thành lập đều đã đi vào hoạt động nhưng còn lúng túng, chưa triển khai thực hiện hết các nhiệm vụ được giao; chủ yếu mới thực hiện việc tiếp nhận và giải quyết thủ tục cấp Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất cho các đối tượng thuộc thẩm quyền và thực hiện thống kê, kiểm kê đất đai; * Nhiều địa phương VPĐK cấp tỉnh còn có sự chồng chéo hoặc chưa phân định rõ chức năng, nhiệm vụ với các đơn vị khác của Sở gây nên khó khăn, lúng túng, chậm trễ và những bất cập trong triển khai thực hiện như:
- Chồng chéo với Trung tâm thông tin Tài nguyên và Môi trường trong việc quản lý, lưu trữ hồ sơ địa chính;
- Chồng chéo chức năng với các phòng chuyên môn của Sở trong việc tiếp nhận, giải quyết thủ tục hành chính về đất đai;
Một số tỉnh còn giao cho VPĐK một số nhiệm vụ khác như: Định giá đất khi thi hành án, tham gia thực hiện bồi thường giải phóng mặt bằng, lập quy hoạch kế hoạch sử dụng đất, dịch vụ tư vấn (như Nam Định, Tiền Giang, Hậu Giang, Kiên Giang).
* Nhiều VPĐK cấp huyện được thành lập nhưng chưa phân định rõ hoặc còn chồng chéo chức năng, nhiệm vụ với Phòng Tài nguyên và Môi trường. Nhiều địa phương Lãnh đạo Phòng TN&MT coi VPĐK như bộ máy giúp việc của Phòng để thực hiện tất cả các công việc quản lý nhà nước về đất đai;
* Một số VPĐK các cấp chưa thực hiện đúng chức năng xác nhận, chỉnh lý biến động trên Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất: có địa phương VPĐK cấp tỉnh làm thủ tục để Lãnh đạo Sở ký xác nhận; có địa phương VPĐK cấp tỉnh hoặc cấp huyện xác nhận cả những trường hợp thuộc thẩm quyền xác nhận của Sở hoặc Phòng TN&MT (trường hợp chuyển mục đích sử dụng đất); nguyên nhân có sự lẫn lộn này một phần do quy định phân cấp chính lý Giấy chứng nhận tại Điều 57 của Nghị định số 181/2004/NĐ-CP hiện nay chưa hợp lý.