NHNo&PTNT huyện Lộc Bình đƣợc thành lập theo quyết định QĐ/102 – NH của Tổng giám đốc NHNo&PTNT Việt Nam ký ngày 15 tháng 11 năm 1988.
Ban đầu, hoạt động của Ngân hàng còn gặp nhiều khó khăn, do thiếu thốn về cơ sở vật chất cũng nhƣ sự non yếu của cán bộ nhân viên. Tuy nhiên, Chi nhánh đã nhanh chóng tăng cƣờng công tác cán bộ, tăng cƣờng đội ngũ nhân viên trẻ, có năng lực. Đề ra các mục tiêu kinh doanh và các giải pháp thực hiện phù hợp nên hoạt động kinh doanh của NHNo&PTNT huyện Lộc Bình không ngừng phát triển và hiệu quả. Thông qua đầu tƣ vốn cho phát triển nông nghiệp nông thôn NHNo&PTNT huyện Lộc Bình đã góp phần xóa đói giảm nghèo, giúp kinh tế nông thôn ngày càng phát triển, nâng cao mức sống cho nông dân… Để tạo điều kiện thuận lợi cho khách hàng và tăng qui mô hoạt động, đến nay NHNo&PTNT huyện Lộc Bình đã thành lập 4 phòng giao dịch: Phòng giao dịch Ký Phú, phòng giao dịch Cù Vân, phòng giao dịch Phú Xuyên, phòng giao dịch Hà Thƣợng là những nơi tập trung đông dân cƣ.
Tháng 5/2009, Chi nhánh NHNo&PTNT huyện Lộc Bình thực hiện đề án cải cách hành chính theo cơ chế một cửa của Tổng Giám Đốc NHNo&PTNT NHNo&PTNT Việt Nam. Đến nay, các phòng giao dịch đã thực hiện quy định cải cách hành chính của ngành, tạo điều kiện thuận lợi cho khách hàng đến giao dịch.
Kể từ khi chuyển đổi mô hình quản lý mới cho đến nay, hoạt động kinh doanh của Chi nhánh NHNo&PTNT huyện Lộc Bình không ngừng phát triển. Với định hƣớng rõ ràng “Ổn định – An toàn – Hiệu quả và Phát triển”, Chi nhánh đã không ngừng phát triển cả về quy mô, tốc độ tăng trƣởng, địa bàn hoạt động, cũng nhƣ cơ cấu, mạng lƣới, tổ chức bộ máy.