Thứ nhất, nhận thức xã hội về phát triển kinh tế du lịch sinh thái của một
bộ phận cán bộ và cư dân của tỉnh chưa đầy đủ.
Nhận thức về bảo vệ, khai thác tài nguyên và môi trường du lịch, quản lý phát triển du lịch sinh thái của những người làm công tác du lịch cũng như cộng đồng dân cư chưa được đầy đủ và đúng mức. Bên cạnh việc khai thác tài nguyên phục vụ kinh tế du lịch sinh thái là nhiều hoạt động của các ngành kinh tế khác như nuôi trồng thủy sản, công nghiệp đặc biệt là công nghiệp chế biến vật liệu xây dựng... dẫn đến tình trạng tài nguyên môi trường bị đe doạ xuống cấp gây ảnh hưởng nghiêm trọng đến môi sinh, đến các vùng cảnh quan có giá trị cho phát triển du lịch sinh thái; hệ thống cơ chế, chính sách, văn bản pháp luật chưa thực sự tạo được môi trường thuận lợi để huy động mọi nguồn lực thúc đẩy kinh tế du lịch sinh thái phát triển.
Thứ hai, nguồn nhân lực phục vụ du lịch sinh thái chưa có kinh nghiệm,
còn thiếu và yếu về chuyên môn và thái độ phục vụ.
Tỉ lệ lao động được đào tạo đúng chuyên môn du lịch ở Ninh Bình hiện nay còn thấp, đội ngũ lao động do Sở Văn hóa, Thể thao và Du lịch quản lý phần lớn chưa được đào tạo bải bản, chủ yếu mới qua các khóa đào tạo ngắn hạn, trung cấp từ đó làm cho năng lực chuyên môn bị hạn chế. Hầu hết họ chưa phân biệt được các loại hình du lịch, đặc biệt là kiến thức về du lịch sinh thái. Cư dân địa phương tham gia làm hướng dẫn viên du lịch chiếm số lượng còn quá ít, chưa đáp ứng được yêu cầu của phát triển kinh tế du lịch sinh thái bởi họ không được đào tạo bài bản kiến thức về du lịch họ chỉ làm việc này qua sự suy ngẫm và trải nghiệm thực tế cuộc sống hàng ngày trên mảnh đất nơi họ sinh ra.
Thứ ba, sản phẩm du lịch sinh thái chưa đa dạng, phong phú và thiếu hấp
dẫn để thu hút khách.
Thực tiễn cho thấy các khoản chi tiêu của du khách chủ yếu tập trung vào dịch vụ lưu trú và ăn uống. Điều đó chứng tỏ Ninh Bình còn thiếu các chương trình du lịch sinh thái hấp dẫn. Mặc dù tài nguyên du lịch của Ninh Bình phong phú và đa dạng nhưng chưa xây dựng thành các sản phẩm du lịch sinh thái đặc sắc có sức cạnh tranh cao, tầm cỡ quốc gia và quốc tế, còn nhiều tài nguyên du lịch chưa được đưa vào khai thác; hàng lưu niệm còn đơn điệu, chưa tạo được ấn tượng đối với du khách, thiếu sản phẩm đặc trưng của quê hương Ninh Bình; các hoạt động kinh doanh lữ hành và vận chuyển khách chưa được quan tâm đúng mức.
Thứ tư, việc đầu tư cơ sở vật chất kỹ thuật phục vụ phát triển kinh tế du
lịch sinh thái chưa hoàn chỉnh.
Hệ thống cơ sở lưu trú còn yếu kém, quy mô còn nhỏ, chất lượng khách sạn nhà nghỉ còn thấp chưa có khách sạn 3 sao trở lên nên phần nào bị hạn chế về chất lượng phục vụ chưa đáp ứng được nhu cầu đa dạng của du khách; các phương tiện vận chuyển chất lượng chưa cao, các khu vui chơi giải trí còn rất nghèo nàn, hệ thống nhà hàng chưa đạt theo quy chuẩn, việc quản lý chất lượng phục vụ, giá cả cũng như vấn đề vệ sinh an toàn thực phẩm cũng là một vấn đề cần được quan tâm xem xét. Đây là một nguyên nhân gây cản trở đối với sự phát triển kinh tế du lịch sinh thái của tỉnh. Ninh Bình hiện đang gặp khó khăn về mặt bằng trong xây dựng phát triển hệ thống các cơ sở vật chất kỹ thuật du lịch nói chung, khách sạn tiêu chuẩn 3 sao trở lên nói riêng và các khu vui chơi giải trí tầm cỡ. Tình trạng này càng trở nên khó khăn đối với khu vực nội đô thành phố, thị xã và tại một số trọng điểm du lịch như Tam Cốc – Bích Động, Hoa Lư, Vân Long.
Thứ năm, công tác quảng bá, tiếp thị du lịch sinh thái chưa được chú trọng.
Du khách đến với Ninh Bình còn thiếu thông tin về du lịch; các nguồn thông tin chính thức phát hành ở tỉnh chưa nhiều; chưa phong phú đa dạng về
hình thức và còn nghèo nàn về nội dung; các chương trình quảng cáo, giới thiệu các sản phẩm du lịch sinh thái của tỉnh còn thiếu, chưa có nội dung hấp dẫn du khách; việc giáo dục cho cộng đồng địa phương về du lịch nhất là dân cư ở những điểm và khu du lịch sinh thái còn nhiều hạn chế, mới chỉ quan tâm đến lợi ích trước mắt mà chưa tính đến lợi ích lâu dài.