Trước bước phát triển có ý nghĩa chiến lược của cách mạng miền Nam, Bộ Chính trị chủ trương đẩy mạnh hoạt động chi viện chiến trường. Vì thế vị trí, vai trò của Đoàn 559 ngày càng quan trọng, nhiệm vụ của đoàn ngày càng nặng nề. Nhưng địch ngày càng tăng cường lùng sục, đánh phá dọc đường 9 ráo riết hơn. Trong 6 tháng cuối năm 1960, chúng mở 9 cuộc càn quy mô lớn cấp trung đoàn, sư đoàn, có cuộc càn quét kéo dài hơn 3 tháng. Hội nghị ban cán sự Đoàn 559 (1-9-1960) ra nghị quyết “ phải quyết tâm tự lực cánh sinh, tranh thủ sử dụng đi đường cũ, đồng thời tiếp tục soi đường mới để làm đường dự bị” [29,tr.30].
Tháng 11 năm 1960, Bộ Tổng tham mưu quyết định thành lập Đoàn 70, lực lượng nòng cốt là Tiểu đoàn 301. Phương thức vận chuyển được thay đổi cho phù hợp với hoàn cảnh. Tùy theo tình hình thực tế, ta quyết định vận chuyển cả ban ngày lẫn ban đêm, vận chuyển nhỏ lẻ hoặc tổ chức đi ồ ạt từng
chuyến. Để khắc phục tình trạng bị động do chủ trương lánh dân, đoàn nhanh chóng chuyển đổi phương thức hoạt động mới. Từ phòng tránh bị động tiến tới phòng tránh tích cực với phương châm: “ Đánh địch mà đi, đánh địch để vận chuyển”. Công tác bảo vệ đường được chú trọng hơn. Trong khi tuyến giao liên vận tải quân sự từ miền Bắc được mở dọc theo dãy Trường Sơn tiến dần vào phía Nam thì ở Trung Bộ, các con đường giao liên được mở tiếp vào các khu căn cứ Tây Nguyên và từ miền Đông Nam Bộ các đội vũ trang tuyên truyền cũng tiến hành soi đường ra Bắc. Đến cuối năm 1960 đã thiết lập được tuyến giao liên vận tải quân sự Trường Sơn thật sự trở thành cầu nối giữa miền Bắc với căn cứ miền Nam.
Đến thời gian này, mạng đường giao liên vận tải ở các chiến trường từ các chiến khu Dương Minh Châu, U Minh Hạ, chiến khu Đ….có tuyến hàng lang ra tới Phước Long, Quảng Đức và tây nam Buôn Ma Thuột ( Đắc Lắc) nối vào tuyến hành lang của Tây Nguyên (khu 5). Từ đây lại có tuyến hàng lang nối với khu 6. Hành lang của khu 5 cũng đã nối từ 1 số căn cứ ở miền núi các tỉnh miền Trung ra tới tây Thừa- Thiên, tây Quảng Nam.
Nhờ hệ thống hàng lang này và những trục đường mới mở ở nam Quân khu 4 do các lực lượng vũ trang quân khu và lực lượng dân công, giao thông tỉnh Quảng Bình thi công, cùng với sự nỗ lực của Đoàn 559, việc chi viện chiến trường có bước tiến rõ rệt. Trong mùa khô 1960-1961, Đoàn 70 giao cho chiến trường được 30 tấn vũ khí, đảm bảo lương thực cho gần 2000 cán bộ vào chiến trường, có chân hàng dự trữ cho các đợt vận chuyển tiếp, được Chủ tịch Hồ Chí Minh khen ngợi: “ Đoàn 559 bước đầu làm được vậy là giỏi, nhưng cần nghiên cứu tổ chức làm tốt hơn nữa” [28, tr. 41].
Ngày 31-1-1961, Bộ Chính trị ra Nghị quyết về nhiệm vụ quân sự 5 năm (1961- 1965) và phương hướng, nhiệm vụ trước mắt của cách mạng miền Nam. Trong đó có nhiệm vụ: “ Mở rộng hành lang vận chuyển Bắc- Nam, cả
đường bộ và đường biển…nâng dần quy mô và khối lượng tiếp tế vận chuyển phương tiện vũ khí, cung cấp tài chính từ miền Bắc vào miền Nam” [29, tr .14]. Để thống nhất lực lượng cũng như hoạt động giao liên vận tải vào chiến trường trên cùng tuyến hàng lang, tháng 4 năm 1961, tuyến giao liên Thống Nhất sáp nhập vào Đoàn 559. Trước tình hình địch đánh phá ngày càng ác liệt, nhiều khu vực dọc đường 9 bị biến thành vùng trắng, vùng trống; tuyến đường gùi phía đông gặp nhiều khó khăn, có thời gian phải ngừng hoạt động, hiệu suất vận chuyển thấp, Trung ương Đảng nhân dân cách mạng Lào nhất trí với đề nghị của ta mở tuyến đường vận chuyển trên đất bạn, đồng thời cũng đề nghị ta dùng đường đó vận chuyển một số nhu cầu thiết yếu của bạn tới Nam Lào, cùng bạn mở rộng vùng giải phóng ở khu vực này. Quân ủy Trung ương giao cho Quân khu 4 phối hợp với bạn mở chiến dịch Thà Khống (từ 11-4 đến 3-5-1961), giải phóng sáu huyện nam, bắc đường 9, một vùng đất rộng lớn, đông dân dọc hai trục giao thông chiến lược 12 và 9 thuộc Nam Lào, tạo thuận lợi cho ta lật cánh đường vận chuyển chiến lược sang Tây Trường Sơn. Ngày 14-6-1961, Đoàn 559 chính thức bước vào hoạt động trên tuyến Tây Trường sơn. Đến đây ta có được một hành lang rộng 50km kề sát với hai huyện Tuyên Hóa, Bố Trạch của Quảng Bình và thông suốt tới căn cứ kháng chiến Khu 5 ở tây Quảng Nam.
Trên các chiến trường miền Nam, Trung ương Cục điều hơn 500 nam, nữ thanh niên lên đặt các trạm giao liên, mở đường, đưa đón cán bộ, bộ đội qua lại. Khu ủy và Bộ Tư lệnh Quân khu 5 cũng kịp thời điều chỉnh các tuyến hành lang lên Tây Nguyên vào Nam Bộ. Toàn bộ lực lượng hành lang chuyển sang cho quân đội phụ trách, tổ chức thành các đoàn hành lang (tương đương cấp tiểu đoàn). Ở vùng rừng núi hiểm trở, các đoàn hành lang lấy phương thức gùi bộ là chủ yếu. Lực lượng mở đường vận tải giao liên trên tuyến hành lang chiến dịch cũng phải chịu đựng muôn vàn khó khăn gian khổ, thiếu thốn,
kiên trì đưa từng gùi hàng, đón từng chiến sĩ vào từng chiến trường, tự sản xuất để nuôi bản thân và đóng góp nuôi dưỡng cán bộ, bộ đội qua tuyến.
Tháng 6 năm 1961, Quân khu 4 tổ chức mở đường 129 nối đường 12 với đường 9 dài 180km để bảo đảm cho vận tải cơ giới. Nhân dân nhiều bản làng của nước bạn Lào tự nguyện dời nhà, bỏ nương rẫy đã từng nuôi sống họ bao đời để bảo đảm con đường đi qua gần nhất, dễ đi nhất. Nhân dân còn sẵn lòng chia sẻ cùng bộ đội từng lon gạo, bắp ngô, củ sắn cuối cùng khi bộ đội thiếu đói. “ Sau hai tháng nỗ lực phấn đấu, đường 129 làm xong với tính chất đường quân sự làm gấp, mặt đòng rộng 4m, phục vụ cho Đoàn 245 vận tải ô tô của Tổng cục Hậu cần đưa 500 tấn hàng vào đến bắc đường số 9” [28, tr.
50]. Từ nam đường số 9 trở vào, Đoàn 559 vận chuyển bằng voi, ngựa. Bốn xe ô tô thu của địch trong chiến dịch Thà Khống cũng được sử dụng vận chuyển từng đoạn kết hợp với vận chuyển bằng đường sông.
Chuyển đường hành quân và vận tải chiến lược từ Đông sang Tây Trường Sơn là một chủ trương đúng đắn, tạo điều kiện cho Đoàn 559 xây dựng, phát triển lực lượng, đi vào thế hoạt động ổn định, lâu dài. Nhưng Mỹ- Ngụy tiếp tục mở nhiều cuộc càn quét, đẩy mạnh hoạt động biệt kích, gây cơ sở tề điệp trong vùng giải phóng của Lào nhằm phá hoại và ngăn chặn tuyến vận chuyển.
Đứng trước âm mưu và thủ đoạn mới của địch, Đoàn 559 một mặt tăng cường lực lượng, phối hợp với chính quyền và nhân dân để xây dựng địa bàn, bảo về tuyến đường; mặt khác, ngày 23-10-1961, Bộ Quốc phòng ra quyết định số 96/QP phát triển Đoàn 559 tương đương với cấp sư đoàn trực thuộc Tổng cục Hậu cần, không chỉ phát triển về số lượng mà đã có bước phát triển quan trọng về chất lượng. Các chiến sĩ Trường Sơn vừa là người lính vận tải, vừa là chiến sĩ bộ binh, công binh, vừa công tác, vừa chiến đấu.
Bằng những nỗ lực to lớn, đến cuối năm 1961, Đoàn 559 đã có 1 tuyến
đường nội địa, chủ yếu dùng đưa đón cán bộ đi lẻ vào chiến trường, ba tuyến đường bên phía Tây Trường Sơn và tuyến đường 129.
Bước vào năm 1962, nhiệm vụ của Đoàn 559 tăng gấp đôi năm 1961.
Cuối tháng 5-1962, Đoàn trưởng Võ Bẩm vinh dự được gặp Chủ tịch Hồ Chí Minh trong buổi báo cáo với Quân ủy Trung ương về tình hình công tác của Đoàn 559. Bác đã nghe đồng chí Võ Bẩm báo cáo tỉ mỉ toàn bộ hệ thống đường đã xây dựng từ Đông sang Tây Trường Sơn, từ đường giao liên, đường gùi thồ, đường cơ giới, từ đường trục chính đến các đường nhánh đi vào miền Nam. Người rất phấn khởi trước kết quả hoạt động của Đoàn và khen: “ Việc mở đường như vậy là tốt, phải tiếp tục phát huy, phải mở thêm nhiều đường hơn nữa để đảm bảo vận chuyển lớn, tiến tới vận chuyển cơ giới mới đáp ứng được yêu cầu của cách mạng Việt Nam” [5, tr. 66]. Người rất quan tâm tới đời sống và điều kiện làm việc của anh em. Bác đã rưng rưng nước mắt khi nghe kể về tinh thần cách mạng và đức tính hy sinh, chịu đựng gian khổ của nhân dân dọc tuyến đường. Bác căn dặn: “ Các chú làm được như vậy là tốt. Chú chuyển lời khen của Bác đến anh em. Cố gắng giữ gìn, bảo vệ sức khỏe cho anh em, động viên anh em làm được chừng nào tốt chừng nấy. Chú về làm việc với đơn vị, rồi báo cáo những anh em xuất sắc để Bác khen. Các chú phải có kế hoạch giúp đông bào địa phương, trước mắt là vải và muối”. Sau đó ít lâu, Bác viết thư cho Đoàn 559 căn dặn: “ Do yêu cầu thống nhất nước nhà cho nên miền Bắc và Trung ương phải giúp đỡ miền Nam ngày càng lớn. 559 là co đường quân sự chiến lược. Nghe tình hình các đồng chí cán bộ, chiến sĩ lao động quên mình, đạt kết quả tốt, Bác rất phấn khởi. Bác gửi lời khen các cán bộ và chiến sĩ. Từ đây trở đi yêu cầu còn lớn hơn, phải nổ lực và cố gắng nhiều hơn. Chắc các chú cũng sẵn sàng đáp ứng yêu cầu đó” [5, tr. 66].
Tiếp đó, Trung đoàn 70 khẩn trương mở gấp một tuyến đường mới ở Tây Trường Sơn. Bộ đội công binh Sư đoàn 325 khẩn trương sửa chữa sân
bay Thà Khống phục vụ cho việc tiếp tế bằng đường hàng không. Trung đoàn không quân vận tải 919, đơn vị không quân đầu tiên của quân đội ta với sự giúp đỡ của không quân Liên Xô đã hạ cánh ở sân bay Sê Pôn hoặc thả dù xuống Mường Phìn hàng chục tấn hàng, thực hiện tốt đợt tiếp nhận vận chuyển hàng đột xuất cho chiến trường. Sau đó Cục Không quân còn tiếp tục thả hàng xuống san bay Thà Khống. Đoàn 559 tổ chức nghiên cứu đường vận chuyển cho ô tô từ Sê Pôn tới Mường Noòng. “ Trong năm 1962, nhờ những cố gắng đáng kể của cán bộ, chiến sĩ Đoàn 559, tuyến đường vận tải chiến lược đã có thêm hai đường dự bị, kết hợp vận chuyển đường bộ với đường sông đã bảo đảm đưa được gần 1 vạn người vào chiến trường, vận chuyển được 625 tấn hàng, 336 tấn gạo, muối cho Trị- Thiên và khu 5, tập kết được 622 tấn hàng ở tổng kho Sê Pôn, đạt 140% kế hoạch, một thắng lợi to lớn chưa từng có tính đến thời gian đó ” [29, tr. 19].
Năm 1963, Mỹ- Ngụy tăng cường các cuộc hành quân chà xát dài ngày trên tuyến đường gây cho ta nhiều khó khăn. Nghị quyết của Đoàn 559 năm 1963 chỉ rõ phương hướng khắc phục: “ Giữ vững và củng cố những hàng lang hiện có, giữ các đường luôn kín đáo và mới. Đông thời xây dựng các hành lang dự bị, tối thiểu cũng có một đường chính, hai đường dự bị mới đảm bảo được liên tục và lâu dài. Do đó, công tác hành lang phải gắn liền với công tác dân vận, địch vận và công tác nắm địch, gắn liền với Đảng bộ địa phương…” [29, tr.19].
Trong khi đó, ở phía Đông Trường Sơn địch tổ chức 9 cuộc càn quét, nhân dân phải chạy tránh địch. Một số cơ sở của ta bị địch khống chế. Tuyến đường phía Đông không hoạt động được. Cả mùa khô, Trung đoàn 71 chỉ vận chuyển được trên 4 tấn hàng. Đối phó với địch, các lực lượng của ta giữ vững cơ sở quần chúng, tổ chức nắm tình hình địch, các lực lượng địa phương tổ chức chống càn. Trung đoàn 71 vừa củng cố trục đường đã có của mình, xây
dựng đường giao liên có trục chính và trục dự bị để tiện xử lý các tình huống.
Để phá thế uy hiếp của địch đối với tuyến vận tải quân sự chiến lược của ta, Đảng ta, Đảng nhân dân cách mạng Lào chủ trương mở chiến dịch 128 giải phóng toàn bộ vùng cao nguyên Trung Lào có biên giới chung với Việt Nam dài trên 700km. Thắng lợi của chiến dịch 128 đã tạo điều kiện cho ta chuyển toàn bộ đường vận tải sang hướng tây trên đất nước.
Nhằm hỗ trợ cho Đoàn 559 trong công tác mở đường, Quân ủy Trung ương thành lập Đoàn 763 chuyên mở đường Trường Sơn ở hướng Hạ Lào về miền Nam và đông bắc Campuchia, tức tuyến đường C4. Sau này, để thống nhất sự lãnh đạo và chỉ huy, Đoàn 763 được sáp nhập vào Bộ Tư lệnh 559.
Nhờ kết hợp công tác mở đường với củng cố các tuyến đường cũ, kết hợp chiến đấu mở rộng hàng lang vận chuyển với chiến đấu bảo vệ đường nên đến hết năm 1963, “Đoàn 559 đã vận chuyển chi viện cho miền Nam được 463 tấn hàng, chủ yếu là vũ khí, 1600 tấn lương thực cho các đoàn quân vào chiến trường, đưa được hơn một ngàn thương binh từ chiến trường ra miền Bắc điều trị” [29, tr. 20]. Ngoài ra, Bộ còn giao cho Đoàn 559 tiếp nhận một phần hành lang Bắc Sơn gồm 7 trạm. Từ đây, tuyến vận tải quân sự ngày càng tiến sâu xuống Hạ Lào và nở rộng về phía tây Trị- Thiên, tây Quảng Nam và Khu 5.
Nhằm chủ động kịp thời đối phó với chiến tranh ngăn chăn của địch trên tuyến 559, từ sau Hội nghị Chính trị đặc biệt (3-1964), Trung ương Đảng chủ trương: “ Hơn bao giờ hết, hậu phương phải dồn sức cho miền Nam, chuẩn bị phương thức vận tải cơ giới” [10, tr. 21]. Thực tiễn cho thấy, chỉ có phát triển phương thức vận tải cơ giới, Đoàn 559 mới thực hiện được kế hoạch trên giao năm 1964 gấp 3 lần năm 1963. Công tác mở đường cấp bách hơn bao giờ hết. Vì vậy, Bộ Tổng tham mưu chỉ thị cho Cục công binh tổ chức khảo sát các tuyến đường từ Nà Phào đến Sê Pôn và Mường Noòng đến sông Bạc. Bộ đã tăng cường cho Đoàn 559 Trung đoàn công binh 98 làm
nhiệm vụ mở đường cơ giới từ đường 9 (Bản Đông) vào Mường Noòng và tiếp đó vào Bạc. Sau khi đoạn ô tô Bản Keng- Mường Noòng khôi phục xong, ta mở tiếp đoạn ô tô vào Bạc nối vào trạm gùi của Tây Nguyên. Mở đường đi Đắc Min qua Chà Vằn để chi viện cho các tỉnh miền nam Khu 5, mở đường sông để vận chuyển từ Bạc đi Pắc Ca Don, kết hợp vận chuyển bằng gùi bánh và xe đạp thồ. Bộ đội công binh phải làm cả mùa mưa cho kịp tiến độ thi công.
Từ tháng 10- 1964, máy bay Mỹ đánh phá một số vị trí trên tuyến hành lang Trương Sơn. Do đường mới mở lại bị mưa lũ và địch phá hoại nên sụt lở lớn, bộ đội khắc phục không xuể. Có thời điểm đường tắc, toàn tuyến bị thiếu đói trầm trọng nhưng nhờ được nhân dân tỉnh Hà Ven Oọc(Lào) thu gom được hơn 30 tấn lương thực cung cấp cho Đoàn 559 nên đã kịp thời giải quyết khó khăn.
Cho tới cuối năm 1964, bộ đội trên tuyến 559 cùng các đơn vị vũ trang, thanh niên xung phong và giao thông Quân khu 4 đã xây dựng được tuyến hàng lang vận tải gồm nhiều trục đường gùi thồ và một trục đường cơ giới ở Tây Trường Sơn.
Năm 1964, Đoàn 559 đã chuyển giao cho Trị- Thiên, Khu 5, Bắc Tây Nguyên gần 2000 tấn vũ khí, lương thực. Đường giao liên đi Nam Bộ, Khu 6 và Tây Nguyên lâu nay phải đi vòng lối A Túc qua Tây Quảng Nam. Thấy tình hình Lào đang thuận lợi nên Quân ủy Trung ương cho mở đường ngắn hơn qua sông Bạc, Chà Văn xuống Tà Xẻng nối với đường CO2 của Tây Nguyên. Tháng 8- 1964 bắt đầu sử dụng con đường này cho khách về Nam Bộ và Khu 6.