Tại đầm phá TG - CH đã xác định được 373 loài thực vật thuỷ sinh. Trong đó có 357 loài thuộc 6 Ngành tảo phù du gồm Bacillariophyta 241 loài, Dynophyta 72 loài, Chlorophycophyta 14 loài, Cyanophyta 19 loài và Euglenophyta 2 loài [61]. Thực vật có hoa thuộc Ngành Ngọc Lan (Magnoliophyta) có 6 loài, trong đó có 3 chi (genus) cho khối lượng lớn là Vallisneria, Najas, Halophila.
Hệ sinh thái cỏ biển diện tích khoảng 1.000 ha phân bố tại Cồn Dài, Ba Cồn, Vinh Giang và Lộc Bình có vai trò quan trọng tạo nguồn thức ăn, nơi cư trú, bãi đẻ cho nhiều loài thủy sản [51]. Trong đầm phá còn có 73 loài vi tảo sống đáy [65].
Hệ động vật nổi (Zooplankton) đã xác định được 34 loài gồm: 28 loài giáp xác chân chèo (Copepoda), 5 loài giáp xác râu ngành (Cladocera) và một loài trùng bánh xe (Rotatoria) [47].
Động vật đáy (Zoobenthos) đã phát hiện được 26 loài, trong đó thân mềm 9 loài, giun nhiều tơ (Polychaeta) 6 loài, giáp xác bơi nghiêng (Amphipoda) 9 loài, ấu trùng côn trùng, Tanaidaceae và giáp xác chân đều (Isopoda) mỗi nhóm 1 loài [48].
Tổng lớp cá (Pisces) đã xác định được 171 loài, thuộc 100 giống của 62 họ trong 17 bộ khác nhau. Trong đó, bộ cá Vược (Perciformes) có 30 họ với 97 loài, là
bộ có thành phần loài ưu thế nhất. Tiếp theo thuộc các bộ cá Đối (Mugiliformes) 14 loài, bộ cá Trích (Clupeiformes) 10 loài, bộ cá Chép (Cypriniformes), bộ cá Chình (Anguilliformes) mỗi bộ có 10 loài. Những bộ còn lại có số loài không nhiều.
Như vậy, cơ sở thức ăn trong hệ đầm phá TG - CH khá phong phú và đa dạng. Trong đó thực vật không chỉ là nguồn thức ăn quan trọng cho các loài động vật khác mà còn tham gia vào quá trình điều tiết oxy, tạo điều kiện cho các loài động vật hô hấp, dinh dưỡng. Động vật không xương sống thuỷ sinh ngoài giá trị về mặt thức ăn cho nhiều loài động vật khác, còn có giá trị về mặt thực phẩm như trìa, nghêu và các loại tôm, cua, ghẹ [69],...