Từ thế kỷ XV, XVI đã có những ghi chép, mô tả dưới dạng địa lý tài nguyên của Dương Vân An trong Ô châu cận lục khi nói về cá và muối ở Diêm Trường, huyện Tư Vinh (nay là huyện Phú Vang). Ông đã mô tả: Cá Sấu thì sẵn ở các vụng Hưng Bình, Hòa Lâm huyện Tư Vinh; cá và muối là kho vô tận [1].
Thời kỳ 1945-1975 các nghiên cứu về vùng biển và đầm phá tỉnh Thừa Thiên Huế bị hạn chế do cả nước phải đương đầu với cuộc chiến tranh chống Pháp và Mỹ. Trong thời gian này chỉ có một số ít công trình quan trọng được công bố của Sơn Hồng Đức như: “Thủy học miền Trị Thiên” (1972) và “Việt Nam hình thể các đồng bằng” (1975) [29].
Sau năm 1975, các cuộc điều tra cơ bản, điều tra định hướng, nghiên cứu hợp lý về sử dụng tài nguyên, nguồn lợi sinh vật, bảo tồn cảnh quan và quản lý tổng hợp vùng biển, đầm phá tỉnh Thừa Thiên Huếđược đẩy mạnh và phát triển. Đầu tiên là kết quả của các đoàn điều tra nghiên cứu vềđầm phá của khoa Sinh vật thuộc trường Đại học Tổng hợp Hà Nội (nay là trường ĐHKH tự nhiên thuộc ĐHQG Hà Nội) vào năm 1976. Các năm 1978 - 2003 có những nghiên cứu của khoa Sinh học - Đại học Tổng hợp Huế (nay là trường ĐH Khoa Học Huế) với các đề tài cấp Bộ, cấp Tỉnh về điều tra nguồn lợi, định hướng quy hoạch phát triển nghề khai thác và nuôi trồng thủy sản ởđầm phá. Đó là các công trình của Mai Văn Phô, Nguyễn Phước Minh Ngọc, Tôn Thất pháp (1977) về điều tra Tảo silic ở phá Tam Giang tỉnh Thừa Thiên Huế [66]. Sau đó là công trình về nguồn lợi thủy sản các đầm phá phía Nam sông Hương và những vấn đề về khai thác hợp lý nguồn lợi đó của Vũ Trung Tạng và Đặng Thị Sy (1978). Các hội nghị chuyên đề về cá ở các Viện nghiên cứu, các trường Đại học và các sở Thuỷ sản trong toàn quốc. Tiếp theo là hàng loạt các công trình nghiên cứu của Phạm Văn Miên, Võ Văn Phú (1981) [42]; Tôn Thất Pháp và Nguyễn Phước
Minh Ngọc (1982) về Phytoplankton ở các đầm phá nước lợ phía nam tỉnh Thừa Thiên Huế [60]. Nguyễn Mộng (1991) [48], (1998) vềđặc điểm sinh sản của Trìa mỡ (Meretrix meretrix) ở đầm phá TG - CH [50]. Tôn Thất Pháp (1991) [61], (1993) [63], (1996) [59], (1999) [64]; Tôn Thất Pháp và Đoàn Suy Nghĩ (1991) [62]. Trương Văn Lung (1991): Nghiên cứu nâng cao chất lượng rau câu Chỉ vàng [38], (1998) [40]; Trương Văn Lung, Ông Văn Dũng (1994) [39]; Trương Văn Lung, Võ Thị Mai Hương (2000) nghiên cứu sựđa dạng sinh thái của một số loài Rong kinh tế ở vùng đầm phá ven biển tỉnh Thừa Thiên Huế [41]. Võ Văn Phú (1995) [69], (1997) [73], (1998) [74], (2000) về tình hình khai thác thủy sản ởđầm Lăng Cô tỉnh Thừa Thiên Huế [77], (2005) [80]. Lê Văn Miên (1996) [43], (1998) [44], (2001) [45], (2001) nghiên cứu hệ thống ao vây ở đầm phá Thừa Thiên Huế” [46]. Nguyễn Thị Thu (2001): Nguồn giống tôm, cua, cá trong thảm cỏ biển đầm Lăng Cô (Thừa Thiên Huế). Nguyễn Duy Chinh, Võ Văn Phú (1998) sinh trưởng của cá Rô phi vằn đơn tính (Oreochromis nilocicus L) [11]; Võ Văn Phú Nguyễn Văn Hợp, Nguyễn Mộng, Nguyễn Đắc Tạo (2001) về biến động độ mặn và thành phần loài sinh vật ở hệ đầm phá TG - CH sau lũ lịch sử 1999 [79],...
Đặc biệt, hội thảo quốc gia về đầm phá Thừa Thiên Huế (2005) tổ chức tại thành phố Huế đã thống kê những kết quả, thành tựu, xem xét những bài toán còn dang dở về các vấn đề liên quan đến đầm phá đểđịnh hướng cho tương lai [52].