Chương 3: KẾT QUẢN NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN
3.3 Kết quả định danh một số chủng nấm men đã phân lập
Sau khi tách chiết DNA tổng số, tôi tiến hành kiểm tra chất lượng DNA bằng phương pháp điện di 0,8%. Do gel agarose có cấu trúc mạng lưới nên sau khi điện di các đoạn DNA có trọng lượng và kích thước khác nhau sẽ di chuyển với tốc độ khác nhau. DNA tổng số có trọng lượng và kích thước lớn nhất nên dưới tá động của dòng điện một chiều, DNA tổng số sẽ di chuyển chậm và ở vị trí cao nhất. Các phân tử RNA sẽ di chuyển nhanh hơn và tạo thành vệt sáng phía dưới vạch DNA tổng số.
Trong cấu trúc của phân tử DNA có các liên kết hydro giữa hai mạch đơn nên trong quá trình nhuộm, các phân tử EtBr sẽ bám vào các liên kết này. Phân tử EtBr có khả năng phát quang dưới ánh sáng của tia tử ngoại (UV). Sau khi nhuộm bản gel trong dung dịch EtBr 1 giờ, băng DNA xuất hiện rõ nét dưới ánh sáng tử ngoại (Hình 3.9).
C M NC 1 2 3 100
500 100
0 ITS4-5
bp
Hình 3.9. Kết quả điện di tách chiết DNA tổng số - Khuếch đại đoạn DNA bằng phản ứng PCR
Chúng tôi đã tiến hành tách chiết DNA tổng số từ chủng nấm men NML01, NML02, NML03 và NML04, NML01(2), NML05 (2) và NML17 sau đó thực hiện phản ứng PCR phân lập đoạn gen ITS1-5,8S-ITS2 với cặp mồi ITS4 và ITS5 (NML01, NML02 và NML03) và cặp mồi ITS1 và ITS4 (NML04), cặp mồi ITS4 – 5 (NML01(2), NML05 (2) và NML17) (ITS4: TCCTCCGCTTATTGATATGC và ITS5:GGAAGGA GAAGTCGTAACAAGG (bảng 3.4). Kết quả điện di kiểm tra sản phẩm PCR trên gel agarose 1% chỉ ra rằng đã thu được một băng DNA duy nhất, rõ nét, có kích thước khoảng gen dao động từ 608 đến 774 bp đối với cặp mồi ITS4-5 theo loài ; 531 bp đối với chủng nấm NML04 với cặp mồi ITS1-4 và 870 bp với cặp mồi ITS4 – 5 đối với chủng (NML01(2), NML05 (2) và NML17). Kết quả điện di được trình bày ở hình 3.10.
Hình 3.10. Kết quả điện di sản phẩm PCR đoạn gen ITS4-5 và ITS1-4: hình A. sản phẩm PCR đoạn ITS4-5: giếng 1. chủng nấm NML01, giếng 2. chủng nấm NML02, giếng 3. chủng nấm NML03; hình B: sản phẩm PCR đoạn ITS1-4 giếng 4. chủng nấm NML04 ; hình C điện di sản phẩm PCR đoạn gen ITS4-5. giếng M. khối thượng thang chuẩn DNA; giếng NC. đối chứng âm không có khuôn mẫu DNA; giếng 1. dòng tế bào nấm men NML01(2); giếng 2. dòng tế bào nấm men NML05(2) và giếng 3. dòng tế bào
nấm men NML17.
NML01 NML02 NML03 NML04
- Giải trình tự gen
Sản phẩm PCR sau đó được gửi sang công ty Macrogen (Hàn Quốc) để giải trình tự. Kết quả trình tự các nucleotide đoạn ITS4-5 của chủng nấm nen NML01, NML02, NML03 và nucleotide đoạn ITS1-4 của chủng nấm men NML04, nucleotide đoạn ITS4- 5 của dòng tế bào NML01(2), NML05(2), NML17 được trình bày ở bảng 3.6.
Bảng 3.6. Kết quả trình tự các nucleotide của các chủng nấm nen NML01, NML02, NML03 NML04, NML01(2), NML05(2), NML17
ST
T Ký hiệu Trình tự nucleotide (5’→3’)
Kích thước đoạn gen
(bp)
Primer (5’→3’)
1 NML01
TCCTCCGCTTATTGATATGCTTAAGT TCAGCGGGTAGTCCTGACTGATTTG AGGTCTAAAGCTTAAGTTGCTTAAA AGCGCATTAGAAGCACCTCTAACAT TTGAAGAAAACGTCCTCAGCGAAAT AATTATTACGCCGAGTCAAACCGTTT ATTTCAAAAGGGTAGCTCGTGTATTT CAGCTGAGCCGGCTATTACGCCGAC AGACAGCCATAATCCAAGCCCACGC CCATTTCATTACAAAATAGGGGGGT TGAGAGTTTCATGACACTCAAACAG ACATACTCTTCGGAATACCAAAGAG TGCAAGGTGCGTTCAAAGATTCGAT GATTCACTGAATTCTGCAATTCACAT
TACTTATCGCAATTCGCTGCGTTCTT CATCGATGCGAGAGCCAAGAGATCC
GTTGCTGAAAGTTTT
GTTTTTATTTATGCTCAATTAAGAGA CTGTTACATTCTTATACTAATGTGTT AAAATGTGTGTAAAAAGAAGTGTGT GCACAGTGTAAGGAAATGAAAGGGT
CGGACCTCTAAAAAGAGCGTCCTAC AATTCATTAATGATCCTTCCGCAGGT TCACCTACGGAAACCTTGTTACGACT
TCTCCTTCC
608
ITS4:
TCCTCCGC TTATTGAT
ATGC ITS5:GGAA GGAGAAG TCGTAAC
AAGG
ST
T Ký hiệu Trình tự nucleotide (5’→3’)
Kích thước đoạn gen
(bp)
Primer (5’→3’)
2 NML02
TCCTCCGCTTATTGATATGCTTAAGT TCAGCGGGTATTCCTACCTGATTTGA GGTCAAACTTGTTTGGTTGTTGTAAG GCCGGGCCAACAATACCAGAAATAT CCCGCCACACCATTCAACGAGTTGG ATAAACCTAATACATTGCAGAGGTC GACAGCTCTATCTAGTACTACCCATG
CCAATACTTTTCAAGCAAACGCCTA GTCCGACTAATAGTATCACTCAATA CCAAACCCGGGGGTTTGAGAGAGAA
ATGACGCTCAAACAGGCATGCCCTC TGGAATACCAGAGGGCGCAATGTGC GTTCAAAGATTCGATGATTCACGAA AATCTGCAATTCAGATTACTTATCGC ATTTCGCTGCGTTCTTCATCGATGCG AGAACCAAGAGATCCGTTGTTGAAA GTTTTGAAGATTAATTCAAAATTTGA CTAACTGTAAAAATAATTAAATTGT GTTTTGTTAAACCTCTGGCCCAACCT ATCTCTAGGCCAAACCAAAGCAAGA GTTCGGTATCAAAAAGACACTGTGT GTAAGGTTTTTCGCCGCCGCAGTTAA
GCGCTGGCAAAAGAATACTGTAATG ATCCTTCCGCAGGTTCACCTACGGA
AACCTTGTTACGACTTCTCCTTCC
633
ITS4:
TCCTCCGC TTATTGAT
ATGC ITS5:GGAA GGAGAAG TCGTAAC
AAGG
3 NML03
TCCTCCGCTTATTGATATGCTTAAGT TCAGCGGGTAGTCCTACCAATCTGA GGCCGATGAATTGAAAAATCCCTTC CTTTCTTGCGAAAGGCATGGGCGGG GTTCAGAAGCACTCCAACCAGCAAA ACGTCGCGTCCAGCTCTCACCCTTCT CTCCGCTCTCCGAAGTCCTGATATTA TCAAAACCCGGCAGGGAAGAGGGG
774
ITS4:
TCCTCCGC TTATTGAT
ATGC ITS5:GGAA GGAGAAG TCGTAAC
ST
T Ký hiệu Trình tự nucleotide (5’→3’)
Kích thước đoạn gen
(bp)
Primer (5’→3’)
GCGAAAATCGAGCTTTCGTCCGTCTT GCCTATTAAATGGATGCGCTAATGT ATTTCGAGGGAGCCACGGTAAATGG
CAAAGACCCTCACTACCGATCCGCC AACTCTTCTACAAGAAAAAAGCTGT CGTTCGAAACAATTCGCGGCCCTCA AACAGGCATGCTCCCCAGATTAGAT CTGCCGGGAGCGCAAGGTGCGTTCA AAGATTCGATGATTCACTTCTGCAAT TCACATTACTTATCGCAATTCGCTGC GTTCTTCATCGATGGGAGAACCAAG AGATCCGTTGCCAAAAGTTGTTTTTT AGATTTAGACGACCGCATTACCAGT CGGTTCCATCATAAAAATGAACTTTC
ATTCAAATCCTAGATCATCAAAAGT GTTTGTGTTTGTGTCAACCGTCGCAC AACGCGTTTCCGCACTGTTTGACAGC
TAACCGATGCAACCGTGTTGAAAAT TGGGTAGCTCAAGTTTAGTTAGACA GGTGCGAGCCACACCTCAGAAAAAA GGTTTTCATCGAAATGATCCATCTGC AGGTTCACCTACAGATACCTTGTTAC
GACTTCTCCTTCC
AAGG
4 NML04
TCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGAT CATTACAGAAATAGGAGAAAGGGCG
CTTACTGCGACCCTTTTCTTTCTACA CATGTGTTTTTCTTTTTTTTGAAAACT TTGCTTTGGTGGGCCCACGGCCTGCC AGAGATTAAACTCAACCAAATTTTTT ATTAATTGTCAACTTGATTAACTAAT AGTCAAAACTTTCAACAACGGATCT
CTTGGTTCTTGCATCGATGAAGAAC GCAGCGAAATGCGATAAGTAATATG
531
ITS1:
TCCGTAG GTGAACC TGCGG
ITS4:
TCCTCCGC TTATTGAT
ATGC
ST
T Ký hiệu Trình tự nucleotide (5’→3’)
Kích thước đoạn gen
(bp)
Primer (5’→3’)
AATTGCAGATATTCGTGAATCATCG AATCTTTGAACGCACATTGCGCCCTT TGGTATTCCAAAGGGCATGCCTGTTT GAGCGTCATTTCTCCCTCAAACCTTC GGGTTTGGTGTTGAGCGATACGCTG GGTTTGCTTGAAAGAAAGGCGGAGT ATAAACTAATGGATAGGTTTTTTTCT TCCACTCATTGGTACAAACTCCAAA CATTCTTCCAAATTCGACCTCAAATC
AGGTAGGACTACCCGCTGAACTTAA GCATATCAATAAGCGGAGGA
5 NML01(2)
TCCTCCGCTTATTGATATGCTTAA GTTCAGCGGGTACTCCTACCTGAT TTGAGGTCAAACTTTAAGAACATT GTTCGCCTAGACGCTCTCTTCTTA TCGATAACGTTCCAATACGCTCAG
TATAAAAAAGATTAGCCGCAGTT GGTAAAACCTAAAACGACCGTAC TTGCATTATACCTCAAGCACGCAG
AGAAACCTCTCTTGGGAAAAAAA ACATCCAATGAAAAGGCCAGCAA TTTCAAGTTAACTCCAAAGAGTAT CACTCACTACCAAACAGAATGTTT GAGAAGGAAATGACGCTCAAACA GGCATGCCCCCTGGAATACCAAG GGGCGCAATGTGCGTTCAAAGAT TCGATGATTCACGGAATTCTGCAA
TTCACATTACGTATCGCATTTCGC TGCGTTCTTCATCGATGCGAGAAC CAAGAGATCCGTTGTTGAAAGTTT TTAATATTTTAAAATTTCCAGTTA
ST
T Ký hiệu Trình tự nucleotide (5’→3’)
Kích thước đoạn gen
(bp)
Primer (5’→3’)
CGAAAATTCTTGTTTTTGACAAAA ATTTAATGAATAAATAAAATTGTT TGTGTTTGTTACCTCTGGGCCCCG ATTGCTCGAATGCCCAAAGAAAA AGTTGCAAAGATATGAAAACTCC ACAGTGTGTTGTATTGAAACGGTT TTAATTGTCCTATAACAAAAGCAC AGAAATCTCTCACCGTTTGGAATA GCAAGAAAGAAACTTACAAGCCT AGCAAGACCGCGCACTTAAGCGC AGGCCCGGCTGGACTCTCCATCTC TTGTCTTCTTGCCCAGTAAAAGCT CTCATGCTCTTGCCAAAACAAAA AAATCCATTTTCAAAATTATTAAA
TTTCTTTAATGATCCCTCCGCAGG TTCACCTACGGAAACCTTGTTACG
ACTTCTCCTTCC
6 NML05(2)
TCCTCCGCTTATTGATATGCTTAA GTTCAGCGGGTACTCCTACCTGAT TTGAGGTCAAACTTTAAGAACATT GTTCGCCTAGACGCTCTCTTCTTA TCGATAACGTTCCAATACGCTCAG
TATAAAAAAGATTAGCCGCAGTT GGTAAAACCTAAAACGACCGTAC TTGCATTATACCTCAAGCACGCAG
AGAAACCTCTCTTTGGAAAAAAA ACATCCAATGAAAAGGCCAGCAA TTTCAAGTTAACTCCAAAGAGTAT CACTCACTACCAAACAGAATGTTT GAGAAGGAAATGACGCTCAAACA GGCATGCCCCCTGGAATACCAAG
ST
T Ký hiệu Trình tự nucleotide (5’→3’)
Kích thước đoạn gen
(bp)
Primer (5’→3’)
GGGCGCAATGTGCGTTCAAAGAT TCGATGATTCACGGAATTCTGCAA
TTCACATTACGTATCGCATTTCGC TGCGTTCTTCATCGATGCGAGAAC CAAGAGATCCGTTGTTGAAAGTTT TTAATATTTTAAAATTTCCAGTTA CGAAAATTCTTGTTTTTGACAAAA ATTTAATGAATAAATAAAATTGTT TGTGTTTGTTACCTCTGGGCCCCG ATTGCTCGAATGCCCAAAGAAAA AGTTGCAAAGATATGAAAACTCC ACAGTGTGTTGTATTGAAACGGTT TTAATTGTCCTATAACAAAAGCAC AGAAATCTCTCACCGTTTGGAATA GCAAGAAAGAAACTTACAAGCCT AGCAAGACCGCGCACTTAAGCGC AGGCCCGGCTGGACTCTCCATCTC TTGTCTTCTTGCCCAGTAAAAGCT CTCATGCTCTTGCCAAAACAAAA AAATCCATTTTCAAAATTATTAAA
TTTCTTTAATGATCCCTCCGCAGG TTCACCTACGGAAACCTTGTTACG
ACTTCTCCTTCC
7 NML17
TCCTCCGCTTATTGATATGCTTAA GTTCAGCGGGTACTCCTACCTGAT TTGAGGTCAAACTTTAAGAACATT GTTCGCCTAGACGCTCTCTTCTTA TCGATAACGTTCCAATACGCTCAG
TATAAAAAAGATTAGCCGCAGTT GGTAAAACCTAAAACGACCGTAC TTGCATTATACCTCAAGCACGCAG
ST
T Ký hiệu Trình tự nucleotide (5’→3’)
Kích thước đoạn gen
(bp)
Primer (5’→3’)
AGAAACCTCTCTTTGGAAAAAAA ACATCCAATGAAAAGGCCAGCAA TTTCAAGTTAACTCCAAAGAGTAT CACTCACTACCAAACAGAATGTTT GAGAAGGAAATGACGCTCAAACA GGCATGCCCCCTGGAATACCAAG GGGCGCAATGTGCGTTCAAAGAT TCGATGATTCACGGAATTCTGCAA
TTCACATTACGTATCGCATTTCGC TGCGTTCTTCATCGATGCGAGAAC CAAGAGATCCGTTGTTGAAAGTTT TTAATATTTTAAAATTTCCAGTTA CGAAAATTCTTGTTTTTGACAAAA ATTTAATGAATAAATAAAATTGTT TGTGTTTGTTACCTCTGGGCCCCG ATTGCTCGAATGCCCAAAGAAAA AGTTGCAAAGATATGAAAACTCC ACAGTGTGTTGTATTGAAACGGTT TTAATTGTCCTATAACAAAAGCAC AGAAATCTCTCACCGTTTGGAATA GCAAGAAAGAAACTTACAAGCCT AGCAAGACCGCGCACTTAAGCGC AGGCCCGGCTGGACTCTCCATCTC TTGTCTTCTTGCCCAGTAAAAGCT CTCATGCTCTTGCCAAAACAAAA AAATCCATTTTCAAAATTATTAAA
TTTCTTTAATGATCCCTCCGCAGG TTCACCTACGGAAACCTTGTTACG
ACTTCTCCTTCC
-
- Định danh loài mới và xây dựng cây phả hệ
Trình tự nucleotide đoạn ITS4-5 của chủng nấm nen NML01, NML02, NML03 và nucleotide đoạn ITS1-4 của chủng nấm men NML04 được so sánh với dữ liệu được công bố trên ngân hàng gen GenBank.
Sự tương quan di truyền của chủng nấm NML01 với một số chủng nấm men Cystobasidium sp. được trình bày trên hình 3.11. Kết quả cho thấy chủng nấm NML01 nằm cùng nhánh với chủng nấm men thuộc chi Cystobasidium và có tỷ lệ tương đồng cao đối với loài Cystobasidium calyptogenae (mã số: EU669878.1) và loài Cystobasidium sp. 'cassiicola' (mã số: EU871502.1). Tuy nhiên, mức độ trùng lặp nucleotide của hai loài này có sự khác biệt nhau, cao nhất là loài Cystobasidium calyptogenae với 96 % (mã số: EU669878.1) và 90% đối với loài Cystobasidium sp.
'cassiicola' (mã số: EU871502.1) (bảng 3.7). Như vậy, chủng nấm men mà tôi phân lập được thuộc chi Cystobasidium và loài Cystobasidium calyptogenae. Do đó, chúng tôi đặt tên cho chủng nấm men này là Cystobasidium calyptogenae NML01.
Tương tự, đối với chủng nấm NML02 nằm cùng nhánh với chi Pichia, Tricholoma và Meyerozyma (hình 3.12). Tuy nhiên, tỷ lệ trùng lặp nucleotide và tỷ lệ tương đồng nucleotide giữa các chi này có sự khác biệt nhau. Trong đó, loài Meyerozyma guilliermondii và loài Pichia guilliermondii cùng cho một giá trị và chiếm tỷ lệ cao nhất 100% (đối với tỷ lệ trùng lặp nucleotide) và 99% (đối với độ tương đồng nucleotide) (bảng 3.8). Tuy nhiên, căn cứ vào cây thể hiện mối quan hệ di truyền thì chủng nấm NML02 nằm cùng loài nấm men Pichia guilliermondii thuộc chi Pichia với mã số AY939792.1 và EF190233.1. Do vậy, chủng nấm NML02 được chúng tôi đặt tên là Pichia guilliermondii NML02.
Đối với chủng nấm NML03 nằm cùng nhánh với chi Dirkmeia và có độ trùng lặp nucleotide và độ tương đồng nucleotide cao so với loài Dirkmeia churashimaensis.
Do đó, chủng nấm men NML03 được tôi đặt tên là Dirkmeia churashimaensis NML03 (hình 3.13 và bảng 3.9)
Chủng nấm NML04 có sự tương quan di truyền với chi nấm Candida sp. và có mức độ trùng lặp nucleotide và độ tương đồng nucleotide cao (từ 98 đến 100%) với loài Candida metapsilosis (hình 3.14 và bảng 3.10). Do đó chủng nấm NML04 được chúng tôi đặt tên là Candida metapsilosis NML04.
Chọn 02 chủng nấm mem NML02 (Pichia guilliermondii), NML04 (Candida metapsilosis) bổ sung vào quá trình lên men sản xuất rượu men lá.
Phân tích trình tự sản phẩm PCR trên thu được đoạn gen có kích thước 864 bp đối với cả 3 dòng tế bào nấm men phân lập được (bảng 3.7). So sánh trình tự
nucleotide thu được của dòng tế bào nấm với trình tự nucleotide được công bố trên ngân hàng gen thế giới chúng tôi nhận thấy có sự tương đồng với tỷ lệ trên 99% và độ trùng lặp nucleotide cao giữa trình tự gen của các dòng tế bào nấm men phân lập được với trình tự gen của các dòng nấm men thuộc loài Sacchromyces cerevisiace (bảng 3.8). Chúng tôi đặt tên các dòng tế bào nấm men này lần lượt là Sacchromyces cerevisiace NML01, Sacchromyces cerevisiace NML05 và Sacchromyces cerevisiace NML17. Cây phân loại được trình bày trong hình 3.15.
Bảng 3.7. Kết quả so sánh trình tự nucleotide đoạn gen ITS4-5 của chủng nấm NML01 phân lập được và trình tự nucleotide đoạn gen ITS4-5 công bố trên ngân hàng
GenBank.
STT Mã số GenBank
Tỷ lệ trùng lặp nucleotide
(%)
Tỷ lệ tương đồng trình tự
nucleotide (%)
Loài Chi
1 EU669878.1 96 100 Cystobasidium
calyptogenae Cystobasidium
2 FJ515190.1 96 99 Cystobasidium
calyptogenae Cystobasidium
3 FJ357789.1 96 99 Fungal sp.
4 FJ515209.1 93 99 Cystobasidium
calyptogenae Cystobasidium
5 AB025997.1 94 99 Cystobasidium
minutum Cystobasidium
6 EU871502.1 90 100 Cystobasidium
sp. 'cassiicola' Cystobasidium
7 KY103134.1 99 96 Cystobasidium
laryngis Cystobasidium
8 JQ665423.1 100 95 Cystobasidium
slooffiae Cystobasidium
9 HQ670684.1 96 96 Rhodotorula sp. Rhodotorula
10 FJ515210.1 95 96 Cystobasidium
benthicum Cystobasidium
11 KY103131.1 96 96 Cystobasidium
laryngis Cystobasidium
12 AF190014.2 96 96 Cystobasidium
larynges Cystobasidium
Bảng 3.8. Kết quả so sánh trình tự nucleotide đoạn gen ITS4-5 của chủng nấm NML02 phân lập được và trình tự nucleotide đoạn gen ITS4-5 công bố
trên ngân hàng GenBank
STT Mã số GenBank
Tỷ lệ trùng lặp nucleotide
(%)
Tỷ lệ tương đồng trình tự
nucleotide (%)
Loài Chi
1 KT282394.1 100 99 Meyerozyma
guilliermondii Meyerozyma
2 AY939792.1 96 99 Pichia
guilliermondii Pichia
3 EF190233.1 96 99 Pichia
guilliermondii Pichia
4 KJ937005.1 96 99 Tricholoma
matsutake Tricholoma
5 EF192233.1 96 99 Pichia
guilliermondii Pichia
6 EF532299.1 98 98 Pichia
guilliermondii Pichia
7 EF375704.1 97 99 Pichia
guilliermondii Pichia
8 EF643576.1 97 99 Pichia
guilliermondii Pichia
9 KJ754141.1 100 99 Meyerozyma
guilliermondii Meyerozyma
10 KJ451705.1 100 99 Meyerozyma
guilliermondii Meyerozyma
11 DQ680842.1 100 99 Pichia
guilliermondii Pichia
12 EF643595.1 98 99 Pichia
guilliermondii Pichia
13 EF222224.1 100 98 Pichia
guilliermondii Pichia
14 KP131683.1 100 98 Candida
carpophila Candida
15 KF746417.1 100 98 Candida albicans Candida
16 GU248264.1 100 98 Pichia caribbica Pichia
17 EF222226.1 97 99 Pichia
guilliermondii Pichia
18 EF197814.1 98 99 Pichia
guilliermondii Pichia
19 KP132415.1 100 98 Meyerozyma
caribbica Meyerozyma Bảng 3.9. Kết quả so sánh trình tự nucleotide đoạn gen ITS4-5 của chủng nấm NML03 phân lập được và trình tự nucleotide đoạn gen ITS4-5 công bố trên ngân hàng
GenBank.
STT Mã số GenBank
Tỷ lệ trùng lặp nucleotide
(%)
Tỷ lệ tương đồng trình tự
nucleotide (%)
Loài Chi
1 MF062257.1 100 98 Dirkmeia
churashimaensis Dirkmeia
2 KP757563.1 95 99 Fungal sp.
3 KU564518.1 89 100 Dirkmeia
churashimaensis Dirkmeia
Bảng 3.10. Kết quả so sánh trình tự nucleotide đoạn gen ITS1-4 của chủng nấm NML04 phân lập được và trình tự nucleotide đoạn gen ITS1-4 công bố trên ngân hàng
GenBank.
STT Mã số GenBank
Tỷ lệ trùng lặp nucleotide
(%)
Tỷ lệ tương đồng trình tự nucleotide
(%)
Loài Chi
1 JX111995.1 100 99 Candida
metapsilosis Candida
2 AY391844.1 100 99 Candida
metapsilosis Candida
3 KP131736.1 99 99 Candida
metapsilosis Candida
4 EU557369.1 100 99 Candida
metapsilosis Candida
5 KX394415.1 100 99 Candida
metapsilosis Candida
6 EU484054.1 100 99 Candida
metapsilosis Candida
7 KX421284.1 100 98 Candida
metapsilosis Candida
8 KU665251.1 100 98 Candida
metapsilosis Candida
9 KU665250.1 100 98 Candida
metapsilosis Candida
Bảng 3.11 Kết quả so sánh trình tự nucleotide đoạn gen ITS4-5 của các dòng tế bào nấm men NML01(2), NML05(2), NML17 và trình tự nucleotide đoạn gen ITS4-5 công
bố trên ngân hàng GenBank.
STT Mã số GenBank
Tỷ lệ trùng lặp nucleotide
(%)
Tỷ lệ tương đồng trình tự nucleotide
(%)
Loài Chi
1 CP006454.1 99 99,77 Saccharomyces
cerevisiae YJM681 Saccharomyces
2 CP009950.1 99 99,65
Saccharomyces cerevisiae strain
NCIM3107
Saccharomyces
3 KY630581.1 100 99,31
Saccharomyces cerevisiae strain
GITA14
Saccharomyces
4 MK267684.1 100 99,31
Saccharomyces cerevisiae isolate
E21567
Saccharomyces
5 CP011558.1 99 99,53
Saccharomyces cerevisiae strain
ySR127
Saccharomyces
6 CP011821.1 99 99,53
Saccharomyces cerevisiae strain
NCIM3186
Saccharomyces
7 NR_132207.1 99 99,53 Saccharomyces
cerevisiae S288C Saccharomyces
35S
Hình 3.11. Cây phả hệ di truyền của chủng NML01 so với một số chủng nấm men đăng kí trên ngân hàng GenBank
Hình 3.12. Cây phả hệ di truyền của chủng nấm men NML02 so với một số chủng nấm men đăng kí trên ngân hàng GenBank
Hình 3.13. Cây phả hệ di truyền của chủng nấm men NML03 so với một số chủng nấm men đăng kí trên ngân hàng GenBank
Hình 3.14. Cây phả hệ di truyền của chủng nấm men NML04 so với một số chủng nấm men đăng kí trên ngân hàng GenBank
Hình 3.15. Cây thể hiện mối quan hệ di truyền được xây dựng theo thuật toán Neighbor-Joining method (Saitou N. and Nei M. (1987) với độ lặp lại 1000 lần trên
phần mềm Mega 7.0