Về cơ bản, quá trình truy cứu trách nhiệm hình sự một pháp nhân trải qua các giai đoạn tố tụng: khởi tố; điều tra; truy tố; xét xử; thi hành án (tương tự như quá trình truy cứu trách nhiệm hình sự cá nhân nhưng có một số quy định riêng biệt đảm bảo phù hợp với tính đặc thù của pháp nhân)[33-tr.17]. Thủ tục tố tụng đối với pháp nhân bị tố giác, báo tin về tội phạm, kiến nghị khởi tố, bị điều tra, truy tố, xét xử được tiến hành theo Chương XXIX Bộ luật Tố tụng hình sự năm 2015 và các quy định có liên quan khác khơng trái với quy định của chương này.
Giai đoạn khởi tố vụ án hình sự
Khởi tố vụ án hình sự được thực hiện dựa trên các nguồn thông tin về tội phạm như: tố giác, tin báo, kiến nghị khởi tố hoặc cơ quan có thẩm quyền tiến hành tố tụng trực tiếp phát hiện dấu hiệu tội phạm. Trong thời hạn và theo trình tự pháp luật quy định về giải quyết tố giác, tin báo về tội phạm, kiến nghị khởi tố cơ quan điều tra kiểm tra, xác minh, làm rõ thông tin và ra một trong ba quyết định sau: quyết định khởi tố vụ án hình sự; quyết định không khởi tố vụ án hình sự; quyết định tạm đình chỉ việc giải quyết tố giác, tin báo về tội phạm, kiến nghị khởi tố. Nhưng không phải mọi trường hợp Cơ quan Điều tra ln là cơ quan có thẩm quyền duy nhất ra quyết định khởi tố vụ án hình sự khi xác định có dấu hiệu tội phạm do pháp nhân thực hiện. Tùy vào thời điểm phát hiện tội phạm, chủ thể trực tiếp phát hiện dấu hiệu phạm tội hoặc điều kiện do pháp luật quy định mà cơ quan khởi tố vụ án cịn có thể là Cơ quan được giao nhiệm vụ tiến hành một số hoạt động điều tra hoặc Viện kiểm sát hoặc Tòa án (Hội đồng xét xử).
Giai đoạn điều tra chính thức mở ra khi có quyết định khởi tố vụ án hình sự, Quyết định khởi tố vụ án hình sự là cơ sở, nền tảng để các cơ quan có thẩm quyền tiến hành tố tụng tiến hành các hoạt động điều tra, biện pháp nghiệp vụ nhằm thu thập chứng cứ chứng minh tội phạm. Trong quá trình điều tra, khi đã thu thập đủ căn cứ xác định pháp nhân đã thực hiện hành vi tội phạm thì Cơ quan Điều tra hoặc Viện kiểm sát ra quyết định khởi tố bị can đối với pháp nhân tùy từng trường hợp pháp luật quy định. Quyết định khởi tố bị can đối với pháp nhân ghi rõ thời gian, địa điểm ra quyết định; họ tên, chức vụ người ra quyết định; tên và địa chỉ của pháp nhân theo quyết định thành lập của cơ quan có thẩm quyền; tội danh, điều khoản của Bộ luật Hình sự đã áp dụng; thời gian, địa điểm phạm tội và những tình tiết khác của tội phạm. Quyết định khởi tố bị can là cá nhân phải ghi rõ tên họ, ngày, tháng, năm sinh, quốc tịch, dân tộc, tơn giáo, giới tính, chỗ ở, nghề nghiệp của bị can, thì do pháp nhân là thực thể pháp lý, sự tồn tại của pháp nhân được pháp luật công nhận bằng quyết định thành lập nên quyết định khởi tố bị can đối với pháp nhân phải ghi nhận tên và địa chỉ của pháp nhân theo quyết định thành lập của cơ quan có thẩm quyền. Cơ quan Điều tra, Cơ quan được giao nhiệm vụ tiến hành một số hoạt động điều tra ra quyết định tạm đình chỉ điều tra khi trưng cầu giám định, yêu cầu định giá tài sản, yêu cầu nước ngồi tương trợ tư pháp nhưng có kết quả mà đã hết thời hạn điều tra. Bên cạnh các trường hợp tạm đình chỉ điều tra, Cơ quan Điều tra có thể ra quyết định đình chỉ điều tra khi thuộc một trong các trường hợp sau: khơng có sự việc phạm tội; hành vi của pháp nhân không cấu thành tội phạm; hành vi phạm tội của pháp nhân đã có bản án hoặc quyết định đình chỉ vụ án có hiệu lực pháp luật; hết thời hạn điều tra mà không chứng minh được pháp nhân thực hiện tội phạm; hết thời hiệu truy cứu trách nhiệm hình sự. Những trường hợp đình chỉ điều tra đối với pháp nhân tại Điều 443 Bộ luật Tố tụng hình sự năm 2015 là sự ghi nhận tương tự như vụ án với cá nhân bị truy cứu trách nhiệm hình sự nhưng với quy mơ hạn chế hơn. Pháp luật quy định nhiều trường hợp để đình chỉ điều tra vụ án đối với cá nhân hơn so với pháp nhân bị truy cứu trách nhiệm hình sự. Khi kết thúc
điều tra, Cơ quan Điều tra ra bản kết luận điều tra và đề nghị Viện kiểm sát cùng cấp truy tố bị can ra trước Tòa án.
Giai đoạn truy tố
Về cơ bản, Viện kiểm sát cấp nào thực hành quyền công tố và kiểm sát điều tra thì Viện kiểm sát cấp đó quyết định việc truy tố; thẩm quyền truy tố của Viện kiểm sát được xác định theo thẩm quyền xét xử của Tòa án đối với vụ án mà pháp nhân bị đề nghị truy tố[2-Điều 239]. Tùy thuộc vào tính chất mức độ, phân loại tội phạm mà thời gian của giai đoạn truy tố là khác nhau. Bên cạnh các trường hợp tạm đình chỉ vụ án trong Chương quy định thủ tục của giai đoạn truy tố, Viện kiểm sát có thể ra quyết định đình chỉ vụ án đối với bị can, bị cáo là pháp nhân trong giai đoạn truy tố khi phát hiện có một trong các trường hợp tương tự với các trường hợp đình chỉ điều tra thuộc Khoản 2, Điều 443 Bộ luật Tố tụng hình sự năm 2015. Bản cáo trạng được Viện kiểm sát thực hiện khi quyết định truy tố bị can là pháp nhân ra trước Tòa án, đồng thời chuyển hồ sơ vụ án và bản cáo trạng đến Tòa án. Viện kiểm sát có quyền ra quyết định áp dụng, thay đổi hủy bỏ biện pháp cưỡng chế với pháp nhân theo quy định pháp luật trong giai đoạn này.
Giai đoạn xét xử
Khi nhận được hồ sơ vụ án và bản cáo trạng của Viện kiểm sát, Tòa án kiểm tra lại toàn bộ hệ thống chứng cứ, tài liệu, đồ vật làm cơ sở để giải quyết vụ án. Về nguyên tắc, thẩm quyền xét xử sơ thẩm của Toà án được phân cấp dựa vào loại tội phạm: ít nghiêm trọng, nghiêm trọng, rất nghiêm trọng và đặc biệt nghiêm trọng. Trong một số trường hợp, tội phạm được pháp luật quy định cụ thể thuộc hoặc không thuộc thẩm quyền xét xử của một cấp tòa án nhất định[2-Điều 268]. Theo quy định của Bộ luật Hình sự năm 2015, hình phạt đối với pháp nhân chỉ dừng lại ở việc phạt tiền, đình chỉ hoạt động, hoặc cấm thực hiện một số hoạt động kinh doanh. Vậy, với pháp nhân thương mại bị truy cứu trách nhiệm hình sự thì mọi tội phạm chỉ ở mức ít nghiêm trọng và thuộc thẩm quyền xét xử của tòa án nhân dân cấp huyện và tòa án quân sự cấp khu vực, trừ khi pháp luật có quy định khác. Về thẩm quyền theo lãnh thổ, Tòa án nơi pháp nhân thực hiện tội phạm có thẩm quyền
xét xử vụ án hình sự về các tội phạm mà pháp nhân đó bị Viện kiểm sát truy tố. Trường hợp tội phạm được thực hiện ở nhiều nơi khác nhau thì Tịa án có thẩm quyền xét xử là Tòa án nơi pháp nhân đó có trụ sở chính hoặc nơi có chi nhánh của pháp nhân đó bị truy tố thực hiện hành vi phạm tội. Trong giai đoạn này, thẩm phán chủ tọa phiên tịa có quyền ra quyết định áp dụng, thay đổi, hủy bỏ đối với các biện pháp cưỡng chế đối với pháp nhân. Căn cứ vào phân loại tội phạm mà cơ quan có thẩm quyền tiến hành tố tụng xác định thời hạn của giai đoạn xét xử. Tùy vào từng trường hợp cụ thể, trong thời hạn luật định, thẩm phán chủ tọa phiên tòa sẽ ra quyết định đưa vụ án ra xét xử, trả hồ sơ để yêu cầu điều tra bổ sung, tạm đình chỉ hoặc đình chỉ vụ án theo quy định pháp luật. Điều 444 Bộ luật Tố tụng hình sự năm 2015 không quy định các trường hợp tạm đình vụ án mà pháp nhân bị truy cứu trách nhiệm hình sự. Bên cạnh các trường hợp tạm đình chỉ được ghi nhận trong Chương quy định về thủ tục tố tụng của giai đoạn xét xử, Tịa án có thể ra quyết định đình chỉ vụ án với bị can, bị cáo là pháp nhân trong giai đoạn xét xử khi phát hiện có một trong các trường hợp quy định giống với trường hợp đình chỉ điều tra và đình chỉ vụ án trong giai đoạn truy tố. Người đại diện theo pháp luật của pháp nhân sẽ có mặt tại phiên tòa và thực hiện các hoạt động tố tụng thay cho pháp nhân. Đối với cá nhân phạm tội, nhiều bị cáo trong cùng một vụ án thì mỗi bị cáo có thể bị cách ly khi tham gia phần xét hỏi nhằm đảm bảo tính chính xác của lời khai bị cáo. Còn với bị cáo là pháp nhân thương mại, việc tố tụng tại tịa được thực hiện thơng qua người đại diện theo pháp luật, việc xét hỏi sẽ đặt ra đối với người đại diện theo pháp luật của pháp nhân thay vì là chính pháp nhân đó. Nhưng dù có đại diện cho pháp nhân bị truy cứu trách nhiệm hình sự thì bản chất tư cách của pháp nhân và người đại diện là khác nhau. Vì vậy cơ quan tiến hành tố tụng ở đây khó có thể cách ly người đại diện theo pháp luật của pháp nhân nếu có nhiều bị cáo trong cùng một vụ án hình sự. Bởi lẽ, chỉ bị cáo mới bị hỏi riêng theo quyết định của chủ tọa phiên tòa, còn người đại diện theo pháp luật chỉ tham gia tố tụng thay cho bị cáo là pháp nhân bị truy cứu trách nhiệm hình sự. Sau khi thực hiện trình tự, thủ tục tại phiên toà, Hội
đồng xét xử ra bản án, quyết định về việc pháp nhân có hay khơng hành vi phạm tội? và chế tài mà pháp nhân phải chịu.
Người đại diện theo pháp luật của pháp nhân có thể kháng cáo, yêu cầu xét xử phúc thẩm. Trình tự, thủ tục xét xử phúc thẩm, tái thẩm, giám đốc thẩm đối với pháp nhân tương đồng với cá nhân bị truy cứu trách nhiệm hình sự và các hoạt động tố tụng được thực hiện thông qua người đại diện theo pháp luật của pháp nhân đó.
Giai đoạn thi hành án
Bởi đặc thù về hình phạt đối với pháp nhân nên thủ trưởng cơ quan thi hành án dân sự có thẩm quyền ra quyết định thi hành hình phạt tiền đối với pháp nhân. Trình tự, thủ tục thi hành hình phạt tiền được thực hiện theo Luật Thi hành án dân sự 2008 (sửa đổi, bổ sung năm 2014). Đối với những hình phạt đình chỉ hoạt động có thời hạn, đình chỉ hoạt động vĩnh viễn, cấm huy động vốn, cấm kinh doanh, cấm hoạt động trong một số lĩnh vực nhất định thì sẽ do các cơ quan nhà nước quản lý chuyên ngành có thẩm quyền thi hành. Hiện nay chưa có văn bản hướng dẫn nên chưa xác định được cụ thể cơ quan nào có thẩm quyền thi hành những hình phạt này trong bản án, quyết định của Tòa án.