Bên cạnh những thành tựu nêu trên, đất nước ta vẫn đang đứng trước nhiều khó khăn, thách thức, Văn kiện Đại hội lần thứ XII của Đảng đánh giá: “Bốn nguy cơ mà Đảng ta đã chỉ ra vẫn tồn tại, nhất là nguy cơ tụt hậu xa hơn về kinh tế so với các nước trong khu vực và trên thế giới, nguy cơ “diễn biến hịa bình” của các thế lực thù địch nhằm chống phá nước ta; tình trạng suy thối về tư tưởng chính trị, đạo đức, lối sống, những biểu hiện “tự diễn biến”, “tự chuyển hóa” trong một bộ phận cán bộ, đảng viên, công chức, viên chức, và tệ quan lieu, tham nhũng, lãng phí diễn biến phức tạp; khoảng cách giàu - nghèo, phân hóa xã hội ngày càng tăng, đạo đức xã hội có mặt xuống cấp
đáng lo ngại, làm giảm lòng tin của cán bộ, đảng viên và nhân dân vào Đảng và Nhà nước. Bảo vệ chủ quyền biển, đảo đứng trước nhiều khó khăn, thách thức lớn. Tình hình chính trị - xã hội ở một số địa bàn còn tiềm ẩn nguy cơ mất ổn định” [21, tr. 74-75].
Trên lĩnh vực kiểm tra, giám sát, Văn kiện Đại hội lần thứ XII của Đảng nhấn mạnh: “Chất lượng, hiệu quả công tác kiểm tra, giám sát và xử lý tổ chức đảng và đảng viên vi phạm chưa cao, chưa đủ sức góp phần ngăn chặn, đẩy lùi tham nhũng, lãng phí, tiêu cực trong nội bộ Đảng. Nhiều khuyết điểm, sai phạm của tổ chức đảng, đảng viên chậm được phát hiện, kiểm tra, xử lý, hoặc xử lý kéo dài, nên kỷ cương, kỷ luật ở một số nơi chưa nghiêm; chưa phát huy đầy đủ vai trò, trách nhiệm của các tổ chức trong hệ thống chính trị và của nhân dân trong công tác kiểm tra, giám sát ” [21, tr.195-196].
Cuộc vận động xây dựng, chỉnh đốn Đảng đã đạt được những kết quả quan trọng, song vẫn còn những vấn đề bức xúc, phức tạp cần phải giải quyết. Việc thực hiện “Đẩy mạnh học tập và làm theo tư tưởng, đạo đức, phong
cách Hồ Chí Minh” tuy đã đạt được những kết quả ban đầu, song ở một số nơi
triển khai, thực hiện cịn mang tính hình thức chưa thực sự đi vào chiều sâu, từ đó ảnh hưởng nhất định đến việc rèn luyện, tu dưỡng phẩm chất, đạo đức của một bộ phận cán bộ, đảng viên. Tình trạng suy thối về tư tưởng chính trị, phẩm chất đạo đức, lối sống, tham nhũng, lãng phí, quan liêu, những tiêu cực và tệ nạn xã hội trong một bộ phận không nhỏ cán bộ, đảng viên chưa được ngăn chặn, đẩy lùi mà còn diễn biến tinh vi, phức tạp, cùng với sự phân hóa giàu nghèo và sự yếu kém trong quản lý, điều hành của nhiều cấp, nhiều ngành, đã làm giảm sút lòng tin của nhân dân đối với Đảng và Nhà nước.
Các thế lực thù địch tiếp tục chống phá trên tất cả các mặt hoạt động của Đảng và Nhà nước ta, trọng tâm là nhằm vào đội ngũ cán bộ, đảng viên, nhất là đội ngũ cán bộ chủ chốt các cấp.
bộ ủy ban kiểm tra 2 cấp đã được nâng lên, song nhìn chung cịn nhiều bất cập trước yêu cầu, nhiệm vụ mới. Một số tổ chức đảng chưa nắm vững các quy định, hướng dẫn về công tác kiểm tra, giám sát, chưa thực sự quan tâm đến công tác xây dựng Đảng.