Đăng ký kinh doanh là việc người đại diện theo pháp luật của hợp tác xã tiến hành nộp hồ sơ và các giấy tờ cần thiết liên quan đến việc thành lập và hoạt động của hợp tác xã hoặc ủy quyền cho người đại diện của mình nộp hồ sơ tại cơ quan đăng ký kinh doanh có thẩm quyền. Để từ đó hợp tác xã được cơng nhận và đi vào hoạt động hợp pháp cũng như hưởng những chính sách ưu đãi dành cho loại hình hợp tác xã. Việc đăng ký kinh doanh được thực hiện sau khi tiến hành xong hội nghị thành lập hợp tác xã.
Nơi đăng ký kinh doanh: Theo Luật Hợp tác xã năm 2003 thì nơi đăng ký kinh
doanh của hợp tác xã được quy định tại Điều 14 là cơ quan đăng ký kinh doanh cấp tỉnh hoặc cấp huyện nơi hợp tác xã dự định đặt trụ sở chính, tùy theo điều kiện cụ thể của hợp tác xã. Còn theo dự thảo Luật Hợp tác xã ngày 03/5/2012 thì hợp tác xã đăng ký kinh doanh tại cơ quan đăng ký kinh doanh cấp huyện nơi hợp tác xã dự định đặt trụ sở.43 Quy định này chỉ rõ cơ quan đăng ký kinh doanh của hợp tác xã. Tuy nhiên, khi ban hành Luật Hợp tác xã năm 2012 thì nơi đăng ký kinh doanh hợp tác xã không được chỉ rõ mà được quy định tại Khoản 5 Điều 23 như sau: “Chính phủ quy định cơ quan
nhà nước có thẩm quyền cấp giấy chứng nhận đăng ký, trình tự, thủ tục cấp và nội dung của giấy chứng nhận đăng ký.” Như vậy, cơ quan tiến hành đăng ký kinh doanh sẽ được
chính phủ quy định. Theo quy định tại Điều 3 Nghị định 87/2005/NĐ-CP ngày 11 tháng 7 năm 2005 thì cơ quan đăng ký kinh doanh hiện nay gồm hai nơi. Thứ nhất là Phòng Đăng ký kinh doanh thuộc sở Kế hoạch và Đầu tư là cơ quan đăng ký kinh doạnh ở cấp tỉnh, còn ở cấp huyện và Phịng Tài chính-Kế hoạch thuộc Ủy ban nhân dân cấp huyện.