Quan hệ giữa thanh tra, giám sát ngân hàng và các tổ chức tín dụng có ảnh hưởng khơng nhỏ đến chất lượng thanh tra. Sự cộng tác của các tổ chức tín dụng với thanh tra, giám sát ngân hàng là yếu tố then chốt giúp công tác thanh tra được thực hiện một cách nhanh chóng, thuận lợi và đạt được chất lượng cao. Trong quá trình thanh tra, các tổ chức tín dụng có trách nhiệm chấp hành quyết định thanh tra, cung cấp hồ sơ tài liệu liên quan theo yêu cầu của thanh tra ngân hàng, tạo điều kiện về phương tiện làm việc cho đoàn thanh tra, trao đổi những vấn đề cần thiết phát sinh…Các tổ chức tín dụng phải nghiêm túc tiếp nhận và tiếp thu các kết luận, kiến nghị của đoàn thanh tra. Nếu có vướng mắc thì tổ chức tín dụng và thanh tra cần trao đổi thẳng thắn và có văn bản phản hồi kịp thời về những vấn đề chưa thống nhất theo thẩm quyền đến cơ quan thanh tra, giám sát ngân hàng.
Một yếu tố quan trọng khác ảnh hưởng không nhỏ đến chất lượng thanh tra, giám sát chính là tổ chức kiểm sốt, kiểm tốn nội bộ của các tổ chức tín dụng. Thông qua cơ chế phối hợp, thanh tra, giám sát ngân hàng có thể sử dụng kết quả và kiến nghị mà tổ chức kiểm sốt, kiểm tốn nội bộ của tổ chức tín dụng cung cấp, từ đó thanh tra, giám sát ngân hàng sẽ gián tiếp chấn chỉnh, giám sát hoạt động của tổ chức tín dụng đó. Năng lực tự quản trị, chất lượng của hệ thống kiểm tra kiểm soát, kiểm toán nội bộ của tổ chức tín dụng đã góp phần cùng thanh tra, giám sát ngân hàng đạt được mục tiêu của mình vì tổ chức kiểm sốt, kiểm tốn nội bộ cũng chính là tổ chức thanh tra nội bộ của tổ chức tín dụng. Nếu tổ chức kiểm sốt, kiểm toán nội bộ làm tốt chức năng và nhiệm vụ của mình thì nó cũng góp phần khơng nhỏ vào sự phát triển an tồn, lành mạnh, ổn định của tổ chức tín dụng vì mục tiêu này cũng giống với mục tiêu của thanh tra, giám sát ngân hàng.