Những tác động tiêu cực của nền kinh tế thị trường khi Việt Nam gia nhập WTO mà Yên Bái phải đối mặt như: suy thoái đạo đức, lối sống, thuần phong mỹ tục, phân hoá giàu nghèo ngày càng sâu sắc, tệ nạn ô nhiễm môi trường, phá sản, thất nghiệp…
Quy mô dân số tương đối lớn và vẫn tiếp tục tăng hàng năm, chất lượng dân số thấp là một thách thức lớn đối với sự phát triển bền vững của tỉnh. Cơ cấu dân số trẻ, số lao động trong độ tuổi hàng năm liên tục tăng lên là sức ép với vấn đề giải quyết việc làm. Tỷ lệ hộ nghèo còn cao, nhất là ở vùng cao và vùng đặc biệt khó khăn. Người dân chưa có ý thức tự vươn lên thốt nghèo và làm giàu, tư tưởng trông chờ và ỷ lại vào Nhà nước còn nặng nề và phổ biến.
Chất lượng giáo dục cịn nhiều hạn chế. Cơng tác phổ cập giáo dục ở vùng cao cịn gặp nhiều khó khăn. Trình độ dân trí khơng đồng đều, tỷ lệ lao động qua đào tạo còn thấp, chất lượng lao động còn nhiều hạn chế, chưa đáp ứng yêu cầu cơng nghiệp hố, hiện đại hố, là thách thức lớn trong điều kiện Việt Nam gia nhập WTO.
Hiệ nay còn thiếu các trung tâm khám chữa bệnh chất lượng cao trong khi nhu cầu khám chữa của người dân ngày một tăng cao. Công tác xã hội hoá các lĩnh vực văn hoá xã hội chưa phát triển mạnh. Việc thực hiện phương châm Nhà nước và nhân dân cùng làm, huy động nhân dân đóng góp vốn đầu tư xây dựng các cơng trình ở vùng cao, vùng đặc biệt khó khăn thường đạt rất thấp so với kế hoạch đề ra (chủ yếu bằng ngày công lao động).