mẫu bệnh phẩm âm tính với virus SARS-CoV-2;
- Tiến hành tách chiết và chạy phản ứng Real time RT- PCR như một mẫu bệnh bệnh phẩm bình thường theo các quy trình ở Sơ đồ 2.2 và 2.3. Lặp lại 3 lần đối với mỗi loại sinh phẩm.
Để khảo sát sự thay đổi về số chu kỳ nhiệt (Ct) khi gộp nhiều mẫu xét nghiệm lại với nhau, chúng tơi tiến hành gộp mẫu theo hình thức gộp dung dịch với các cách gộp sau:
+ Mẫu dương tính ban đầu: Hút 200µl mẫu bệnh phẩm dương tính với virus SARS- CoV-2 cho vào ống nghiệm chứa 2800 µl môi trường; trộn đều; tiến hành các kỹ thuật tách chiết và chạy phản ứng Realtime RT-PCR. Thử nghiệm này được lặp lại 3 lần với 3 mẫu dương tính khác nhau đối với mỗi loại sinh phẩm.
+ Gộp 5 mẫu (gồm 1 mẫu dương tính và 4 mẫu âm tính): Hút 200µl mẫu dương tính ban đầu cho vào ống nghiệm chứa 800µl mẫu bệnh phẩm âm tính; trộn đều; tiến hành các kỹ thuật tách chiết và chạy phản ứng Realtime RT-PCR. Thử nghiệm này được lặp lại 3 lần với 3 mẫu dương tính khác nhau đối với mỗi loại sinh phẩm.
+ Gộp 10 mẫu (gồm 1 mẫu dương tính và 9 mẫu âm tính): Hút 200µl mẫu dương tính ban đầu cho vào ống nghiệm chứa 1800µl mẫu bệnh phẩm âm tính; trộn đều; tiến hành các kỹ thuật tách chiết và chạy phản ứng Realtime RT-PCR . Thử nghiệm này được lặp lại 3 lần với 3 mẫu dương tính khác nhau đối với mỗi loại sinh phẩm.
+ Gộp 15 mẫu (gồm 1 mẫu dương tính và 14 mẫu âm tính): Hút 200µl mẫu dương tính ban đầu cho vào ống nghiệm chứa 2800µl mẫu bệnh phẩm âm tính; trộn đều; tiến hành các kỹ thuật tách chiết và chạy phản ứng Realtime RT-PCR. Thử nghiệm này được lặp lại 3 lần với 3 mẫu dương tính khác nhau đối với mỗi loại sinh phẩm.
2.3.5. Phương pháp xử lý số liệu
Dùng các phần mềm xử lý số liệu như Excel, SPSS, để xử lý kết quả thu được. Để so sánh tìm sự khác biệt giữa 2 bộ kit, paired sample t-test được sử dụng.
Số liệu thí nghiệm là kết quả trung bình cộng của ít nhất 3 lần lặp lại. Kết quả thí nghiệm được xử lý để thu giá trị trung bình và giá trị độ lệch chuẩn trên phần mềm Excel.
Giá trị hệ số biến thiên CV được tính tốn dựa trên cơng thức dưới đây:
𝐶𝑉% = 𝑆𝐷
𝑋̅ × 100% (2.1)
Trong đó,
SD: giá trị độ lệch chuẩn
Giá trị hệ số biến thiên điều chỉnh được tính tốn dựa trên cơng thức dưới đây:
𝐴𝑑𝑗. 𝐶𝑉% = 𝐶𝑉% × (1 + 1
CHƯƠNG 3: KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN
3.1. Đánh giá quy trình thực hiện, thời gian tiến hành, chi phí và một số chỉ số khác của 2 bộ kit số khác của 2 bộ kit
Từ 2 quy trình xét nghiệm của 2 bộ kít, chúng tơi tiến hành so sánh, đánh giá 2 bộ kít thơng qua các chỉ số: phương pháp tách chiết RNA, vùng gen phát hiện, đối chứng, thời gian thực hiện, chi phí v.v… cho một xét nghiệm theo như nội dung trong bảng 3.1. Các chỉ tiêu của 2 bộ kít cũng đồng thời được so sánh với các yêu cầu kỹ thuật của Tổ
chức y tế thế giới (WHO) đề ra dành cho một bộ kit xét nghiệm SARS-CoV-2 [64].
Bảng 3.1: Bảng so sánh chỉ số của các bộ kít xét nghiệm chuẩn đốn SARS-CoV-2
Các chỉ
tiêu Bộ kít Việt Á Bộ kít Sao Thái Dương
Yêu cầu kỹ thuật của WHO dành cho kit phát hiện Sars-CoV- 2 bằng nucleic acid Phương pháp tách chiết RNA Phương pháp tách chiết hữu cơ Phương pháp ly tâm, sử dụng màng lọc Tùy chọn