DNA tổng số của các chủng sau khi đƣợc tách chiết ở trên đƣợc chúng tôi sử dụng làm khuôn cho phản ứng PCR với cặp mồi 341f và 907r. Kết quả thu đƣợc sau khi điện di nhƣ hình 3.8.
Hình 3.8. Hình ảnh điện di sản phẩm nhân đoạn gen 16S rRNA của các chủng vi khuẩn
Số hóa bởi Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/
Từ kết quả sản phẩm nhân đoạn gen mã hóa 16S rRNA, chúng tôi thấy sản phẩm PCR 3 chủng có kích thƣớc khoảng 500 bp. Điều này hoàn toàn phù hợp với các tính toán lý thuyết. Sản phẩm PCR của 3 chủng này đƣợc tinh sạch và gửi đọc trình tự trên máy xác định trình tự tự động.
Sau khi phân tích và xử lý số liệu, trình tự đoạn gen mã hóa 16S rRNA của các chủng đƣợc chúng tôi sử dụng để so sánh mức độ tƣơng đồng với các chủng khác trên ngân hàng gen NCBI. Từ đó chúng tôi xây dựng cây phát sinh chủng loại của các chủng nhƣ hình 3.9.
(Thước đo thể hiện 2 nucleotide khác nhau trên 100 nuclotide so sánh)
Hình 3.9. Cây phát sinh chủng loại của 3 chủng ĐGP2, ĐGP4 và ĐGP8
Quan sát hình 3.9 chúng tôi nhận thấy, chủng ĐGP2 có mối quan hệ với các chủng thuộc chi Ochorobactrum và có độ tƣơng đồng 99% với các chủng
Ochorobactrum daejeonense MJ11 và Ochorobactrum intermedium CCUG 24694T, do đó đƣợc định danh là Ochorobactrum sp. DGP2, đăng ký trên ngân hàng gen NCBI với mã số KJ700308. Chủng ĐGP4 và ĐGP8 có quan hệ gần gũi với các chủng thuộc chi Pseudomonas. Chủng ĐGP4 có độ tƣơng đồng 99% với các chủng Pseudomonas putida và Pseudomonas mendocina còn chủng ĐGP8 có độ