Thứ nhât, tội phạm xâm phạm TTQLKT nói chung và tội phạm vê in,
phát hành, mua bán trái phép hóa đơn, chứng từ thu nộp NSNN nói riêng trên địa bàn trong thời gian qua cịn diễn biến phức tạp, có chiều hướng gia tăng qua từng năm. Hình phạt đối với hành vi phạm tội in, phát hành, mua bán trái phép hóa đơn, chứng từ chưa đủ sức răn đe trong khi lợi nhuận từ việc phạm
tội đem lại quá lớn. Các hành vi phạm tội diễn ra cơng khai, nhiều đối tượng cịn sử dụng mạng xã hội, mạng Internet làm công cụ thực hiện hành vi phạm tội mua, bán hóa đơn, chứng từ thu nộp NSNN trái phép đặc biệt là hóa đơn GTGT. Trong thời gian vừa qua, trên địa bàn thành phố chưa xử lý hình sự được bất kỳ pháp nhân nào về tội in, phát hành, mua bán trái phép hóa đơn, chứng từ thu nộp NSNN.
Thứ hai, các quy định của pháp luật liên quan đến tội in, phát hành,
mua bán trái phép hóa đơn, chứng từ thu nộp NSNN chưa hoàn thiện, việc áp dụng pháp luật đặc biệt là PLHS trong việc xử lý tội in, phát hành, mua bán trái phép hóa đơn, chứng từ thu nộp NSNN chưa thống nhất. Mặt khác, Nghị định số 123/2020/NĐ-CP, quy định về thời điểm bắt buộc sử dụng hóa đơn điện tử được điều chỉnh lại so với các quy định trước đó. Tuy nhiên, trong Nghị định này, Chính Phù cũng nêu rõ quan điểm khuyến khích các đơn vị kinh doanh đáp ứng đầy đủ điều kiện về cơ sở hạ tầng, công nghệ thơng tin nhanh chóng chuyển đổi, áp dụng hóa đơn điện tử trước thời hạn quy định càng sớm càng tốt. Với việc khuyến khích, tiến tới là bắt buộc các doanh nghiệp sử dụng hóa đơn điện tử như vậy đã làm cho quy định về tội vi phạm quy định in, phát hành, mua bán trái phép hóa đơn, chứng từ thu nộp NSNN khơng cịn phù họp với thực tiễn, không đáp ứng được yêu càu công tác đấu tranh phòng chống loại tội phạm này. Việc này gây khó khăn cho các cơ quan có thẩm quyền trong thực tiễn định tội danh và quyết định hình phạt cũng như hoạt động đấu tranh phịng chống loại tội phạm này.
Thứ ba, hoạt động phôi hợp giữa các lực lượng chức năng có thâm
quyền chưa hiệu quả, nhiều vụ phát hiện muộn, các đối tượng có thời gian xóa chứng cứ. Sự phối hợp giữa các lực lượng chức năng, lực lượng cảnh sát kinh tế, cảnh sát điều tra, hải quan, quản lý thị trường, thanh tra thuế,... trong hoạt động thanh tra, kiểm tra, giám sát hoạt động kinh doanh và hoàn thiện nghĩa vụ về thuế của các doanh nghiệp chưa thường xuyên, chưa phát hiện và xử lý kịp thời, từ sớm các hành vi in, phát hành, mua bán trái phép hóa đơn, chứng từ thu nộp NSNN. Điều này dẫn tới việc nhiều vụ án các đối tượng phạm tội có thời gian tấu tán tài sản, xóa chứng cứ, gây khó khăn cho hoạt động áp dụng pháp luật. Việc phát hiện các hành vi phạm tội chỉ xảy ra khi các doanh nghiệp này đã thực hiện hành vi phạm tội trong một thời gian dài, làm thất thoát nghiêm trọng cho NSNN, làm ảnh hưởng xấu đến TTQLKT, ô nhiễm môi trường kinh doanh lành mạnh trên địa bàn thủ đô.
Thứ tư, tồn tại nhiều doanh nghiệp “ma” trên thị trường chưa bị phát
hiện và xử lý, gây thiệt hại cho NSNN. Việc thành lập doanh nghiệp hiện nay rất dễ dàng, nhiều cá nhân, tổ chức lợi dụng việc này đề thành lập các doanh nghiệp khơng vì mục đích kinh doanh lành mạnh mà thành lập doanh nghiệp vì mục đích in, phát hành, mua bán trái phép hóa đơn, chứng từ thu nộp NSNN, đặc biệt là việc mua bán hóa đơn thuế GTGT. Xuất phát từ nhu cầu thị trường, đáp ứng nhu cầu về mua hóa đơn của một số doanh nghiệp để hợp thức hóa các loại chi phí, hồn thuế GTGT, giảm số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp vào NSNN, trong thời gian gần đây, rất nhiều doanh nghiệp “ma” đã được thành lập chỉ nhằm cung cấp hóa đơn, chứng từ. Thậm chí, nhiều đối tượng đã thành lập cả một đường dây chuyên cung cấp mua bán trái phép các loại hóa đơn, chứng từ cung cấp cho các doanh nghiệp có nhu cầu để kinh doanh các mặt hàng, dịch vụ có yêu cầu; hợp thức hóa hàng hóa đầu vào,
hàng nhập lậu; tăng giá trị hàng hóa đâu vào, giảm thu nhập doanh nghiệp; hồn thuế GTGT;... từ đó gây thiệt hại, thất thu cho NSNN.