Có nhiều trường hợp phát sinh sai lệch về diện tích giữa thực tế với diện tích trên bản đồ và tờ khai thuế cũng như sai khác so với sổ sách của địa phương. Khi đó phải kiểm tra, rà soát tìm ra nguyên nhân và thực hiện điều chỉnh mất
nhiều thời gian. Đó cũng là nguyên nhân làm chậm tiến độ của công tác BT. Việc xác minh nguồn gốc, quá trình sử dụng đất của các hộ dân UBND các phường chưa đáp ứng kịp yêu cầu về nội dung và tiến độ đề ra do quá trình quản lý và lưu trữ hồ sơ qua các thời kỳ không đầy đủ, độ chính xác thấp nên gặp rất nhiều khó khăn. Ví dụ tại dự án xây dựng đường Văn Cao – Hồ Tây gặp phải vướng mắc không hợp tác của 79 hộ tại Bộ Tư Lệnh Công bình. Do UBND phường Thụy Khuê không có hồ sơ quản lý nên chưa đủ điều kiện để xác nhận nguồn gốc đất cũng như thẩm định phương án. UBND quận đã báo cáo UBND Thành phố, Chính phủ để chỉ đạo Bộ quốc phòng phối hợp tổ chức thực hiện.
Phường nào công tác quản lý đất đai tốt như đã hoàn chỉnh bản đồ địa chính có chất lượng, làm rõ nguồn gốc đất, ban hành công khai hạn mức diện tích đất ở và đất canh tác thì khâu đo đạc, xác định tính pháp lý của đất để áp giá bồi thường hoặc hỗ trợ, di chuyển tái định cư thường thuận lợi hơn. Trái lại, những phường chưa tiến hành tốt những việc thuộc nội dung quản lý đất đai thường xuyên sẽ gặp không ít khó khăn trong việc xác định nguồn gốc đất, chủ sở hữu hợp pháp, diện tích, ranh giới của khu đất giữa thực địa và hồ sơ giải thửa do mất nhiều thời gian để đối chiếu, xác minh.
Mặt khác, mặc dù đã nhận được thông báo về chủ trương thu hồi đất và yêu cầu giữ nguyên hiện trạng đất nằm trong chỉ giới giải phóng mặt bằng, nhưng một số hộ dân vẫn tự ý trồng cây, cơi nới các công trình khiến việc thống kê, kiểm đếm, BT GPMB gặp không ít khó khăn.