Ngân hàng Đầu tư và Phát triển Việt Nam đã được Chính phủ Việt Nam và Hiệp hội phát triển quốc tế IDA thuộc nhóm Ngân hàng Thế giới xem xét và chọn làm ngân hàng bán buôn để quản lý và sử dụng Quỹ phát triển nông thôn và tiếp nhận dự án Tài chính nông thôn (TCNT) từ Ngân hàng Nhà nước (theo quyết định số 285/QĐ- TTg ngày 18/04/2002 của Thủ tướng Chính phủ và Quyết định số 617/QĐ-NHNN ngày 14/06/2002 của Ngân hàng Nhà nước Việt Nam).
Sau khi tiếp nhận quyết định trên, ngày 02/07/2002, Hội đồng quản trị Ngân hàng Đầu tư và Phát triển Việt Nam đã ra Quyết định số 39/QĐ-HĐQT về việc thành lập Sở Giao dịch III để thực hiện chức năng của một NH bán buôn.
Ngày 15/07/2002, Sở Giao dịch III chính thức được ra đời và là một đại diện pháp nhân của Ngân hàng Đầu tư và Phát triển Việt Nam, có tổ chức và hoạt động như một Sở Giao dịch III - Ngân hàng Đầu tư và Phát triển Việt Nam, hạch toán nội bộ trong hệ thống và có con dấu riêng.
Là một trong các đơn vị thành viên lớn nhất của Ngân hàng Đầu tư và Phát triển Việt Nam . Sở Giao dịch III luôn cung cấp tất cả các dịch vụ của ngân hàng đến mọi đối tượng khách hàng, là đầu mối quản lý các nguồn vốn ưu đãi của các tổ chức tài chính quốc tế trong hệ thống Ngân hàng Đầu tư và Phát triển Việt Nam, được World Bank đánh giá là Ngân hàng chuyên nghiệp hàng đầu tại Việt Nam trong việc giải ngân ngồn vốn dự án TCNT, hoạt động ngân hàng dựa trên cơ sở nền tảng công nghệ hiện đại.
Hiện nay, Sở Giao dịch III đã khẳng định được vị thế của mình trong nền kinh tế thị trường, đứng vững và phát triển trong cơ chế mới, chủ động mở rộng mạng lưới giao dịch, đa dạng hoá các dịch vụ kinh doanh tiền tệ. Mặt khác, Sở Giao dịch III còn thường xuyên tăng cường huy động vốn và sử dụng vốn, thay đổi cơ cấu đầu tư phục vụ phát triển kinh tế hàng hoá nhiều thành phần theo định hướng công nghiệp hoá - hiện đại hoá.