Bên cạnh những thành tựu đạt được vẫn cịn tồn tại khơng ít hạn chế làm cản trở việc thúc đấy xuất khẩu thủy sản của Việt Nam sang thị trường Nga:
Thứ nhất, tuy kim ngạch xuất khẩu thủy sản của Việt Nam vào Nga tăng trưởng cho thấy triển vọng cao trong những năm vừa qua, nhưng hàng thủy sản hàng năm của Việt Nam vẫn chiếm thị phần nhỏ trên thị trường này. Bên cạnh đó Nga là thị trường rộng lớn có số đơn đặt hàng nhiều trong khi các doanh nghiệp Việt Nam có quy mơ nhỏ bé hạn chế về tài chính, năng suất lao động cịn thấp, nguồn nguyên liệu đầu vào cho sản xuất khơng ổn định. Chính điều đó làm lỡ nhiều đơn đặt hàng từ phía Nga.
Thứ hai, cơng nghệ chế biến thủy sản của chúng ta vẫn còn chưa đáp ứng đủ cho nên thủy sản Việt Nam xuất khẩu vào Nga chủ yếu vẫn là hàng thô, sơ chế, những mặt hàng chế biến sâu và giá trị gia tăng cịn ít cho nên chưa vận dụng những ưu đãi về thuế mà hiệp định khung đem lại. Cơ cấu mặt hàng xuất khẩu chưa đa dạng chủ yếu tập trung vào một số mặt hàng: cá tra, cá basa, cá khơ, nhũn thể…. Mẫu mã cịn đơn điệu chưa hấp dẫn khách hàng. Chất lượng hàng thủy sản chưa cao nên trước những đòi hỏi ngày càng khắt khe về số lượng và vệ sinh an tồn thực phẩm chỉ có doanh nghiệp áp dụng hiệu quả tiêu chuẩn HACCP mới được phép xuất khẩu sang Nga. Càng khó khăn hơn khi đầu năm 2014 Liên minh hải quan Nga đã cấm vận 7 doanh nghiệp thủy sản của Việt Nam vì lý do chất lượng sản phẩm.
Thứ ba, sức cạnh tranh của hàng thủy sản xuất khẩu còn thấp. Mặc dù lệnh cấm vận của Liên minh hải quan giúp Việt Nam loại bỏ được đối thủ từ Châu Âu, tuy nhiên hàng thủy sản của Việt Nam có sức cạnh tranh trên thi trường Nga nhưng vẫn thấp so với đối thủ nặng ký như: Thái Lan, Trung Quốc, Ấn Độ… có thể thấy điều này qua thị phần của ta còn nhỏ so với các nước này. Sức cạnh tranh hàng thủy sản tăng nhưng khơng ổn định, tốc độ tăng cịn chậm. Điểm yếu nhất của sức cạnh tranh hàng thủy sản của Việt Nam là khả năng đáp ứng yêu cầu về chất lượng và vệ sinh an toàn thực phẩm chưa cao.
Thứ tư, hoạt động thâm nhập thị trường của doanh nghiệp Việt Nam cịn thụ động phụ thuộc nhiều vào phía đối tác Nga, Công nghệ chế biến thủy sản của Việt Nam dù đã được chú ý đầu tư, nâng cấp song vẫn lạc hậu.
Thứ năm, các doanh nghiệp thủy sản Việt Nam chưa chú trọng và coi thị trường Nga là thị trường tiềm năng cho mãi đến khi lệnh cấm vận của Liên minh hải quan được ban hành. Các doanh nghiệp rất thiếu kinh nghiệm và hiện vẫn đang phải tự mò mẫm trong thị trường tiềm năng lớn này.
Thứ sáu, Thị trường Nga vốn dĩ không mấy xa lạ với nhiều doanh nhân Việt. Nhưng các doanh nghiệp xuất khẩu Việt Nam hầu như khơng có đầu mối giao dịch
thương mại tập trung, ổn định tại Nga nên còn bị hạn chế trong việc theo dõi, nắm bắt nhu cầu của người tiêu dùng để kịp thời có điều chỉnh và chiến lược phù hợp.