Trường Đại học Tài nguyên và Môi trường Hà Nội là trường Đại học trực thuộc Bộ Tài nguyên và Môi trường, chịu sự quản lý về chuyên môn của Bộ Giáo dục và Đào tạo.
Cơ cấu tổ chức, bộ máy của Trường hiện nay được hình thành theo Quy chế tổ chức và hoạt động của Trường do Bộ Tài nguyên và Môi trường ban hành. Cơ cấu tổ chức đó gồm:
- Hội đồng trường; - Ban Giám hiệu;
- Các phòng chức năng quản lý gồm: + Phịng Tổ chức – Hành chính + Phịng Kế hoạch - Tài chính
+ Phịng Khoa học công nghệ và Hợp tác quốc tế + Phòng Đào tạo
+ Phòng Khảo thí – Đảm bảo chất lượng giáo dục + Phịng Cơng tác sinh viên
+ Phòng Thanh tra giáo dục và Pháp chế + Phòng Quản trị thiết bị
- Các khoa và bộ môn trực thuộc gồm: + Khoa Môi trường
+ Khoa Khí tượng, Thủy văn + Khoa Quản lý Đất đai + Khoa Công nghệ Thông tin
+ Khoa Trắc địa, Bản đồ và Thông tin địa lý + Khoa Địa chất
+ Khoa Kinh tế Tài nguyên và Môi trường + Khoa Tài nguyên nước
+ Khoa Khoa học biển và Hải đảo + Khoa khoa học Đại cương + Khoa Lý luận Chính trị
+ Bộ mơn Biến đổi khí hậu và Phát triển bền vững + Bộ môn Giáo dục Thể chất và Giáo dục Quốc phòng + Bộ môn Ngoại ngữ
- Các trung tâm trực thuộc:
+ Viện Nghiên cứu tài nguyên và Biến đổi khí hậu + Trung tâm Tư vấn Dịch vụ Tài nguyên và Môi trường + Trung tâm hợp tác đào tạo và Hướng nghiệp sinh viên + Trung tâm Thư viện và Công nghệ thông tin
+ Trung tâm Đào tạo nghiệp vụ và Bồi dưỡng Cán bộ công chức + Trung tâm dịch vụ trường học
- Trường Đại học Tài ngun và Mơi trường Hà Nội có hệ thống các tổ chức chính trị, đồn thể theo quy định trong Luật Giáo dục đại học và trong Điều lệ trường đại học.