Tại khu vực đất phèn sâu, hầu hết sự biến đổi chất lượng đất đều phụ thuộc vào các quá trình xảy ra trong tầng mặt, do đó chỉ có 2 yếu tố chính ảnh hưởng đến chất lượng đất (giải thích khoảng 83,47%). Mặt khác, PC3 và PC4 có thể được xem là yếu tố phụ ảnh hưởng đến chất lượng đất và đã giải thích khoảng 12,06% sự thay đổi chất lượng đất. PC3 và PC4 có hệ số tương quan trung bình lần lượt với tỷ trọng (-0,68) và TN (0,59), ẩm độ (0,62) và TP (0,65). Ngoại trừ tỷ trọng, PC1 có mối tương quan với hầu hết các thông số, yếu tố này liên quan đến sự phát triển của các hệ thực vật (hấp thu các cation bazo và thải ra H⁺ từ hệ rễ), q trình nitrate hóa, sự rửa trơi trong thời gian
dài và các hoạt động của các vi sinh vật đã ảnh hưởng đến chất lượng đất. Trong khi đó, PC2 được giải thích bởi tỷ trọng (0,67), TN (0,44) và TP (0,53) cho thấy yếu tố này bắt nguồn từ yếu tố địa hình và khả năng sự giữ nước của đất. Nhìn chung, chất lượng đất chủ yếu bị ảnh hưởng bởi các q trình lý hóa xảy ra trong tự nhiên, đặc tính đất và thủy văn của khu vực nghiên cứu.
Nhìn chung, khác với các mơ hình khu vực phèn nơng, chất lượng mơi trường đất ở các mơ hình sản xuất ở khu vực phèn sâu ổn định hơn với sự tương quan khá đồng đều giữa các yếu tố lý, hóa và dinh dưỡng trong đất, điều này có thể tạo ra mơi trường nước ổn định theo thời gian nhất định cho phát triển nguồn cá tự nhiên, ngoài ra tất cả các chỉ tiêu đất hay nước còn bị tác động theo mùa.