Bảo hiểm Y tế Việt Nam chính thức ra đời vào cuối năm 1992 với NĐ 299/1992 đƣợc ban hành vào ngày 15/08/1992. Ban đầu chỉ có BHYT bắt buộc đối với ngƣời lao động ở khu vực hành chính sự nghiệp và khu vực sản xuất kinh doanh. Mức đóng là 3% mức lƣơng- trong đó cơ quan, doanh nghiệp đóng 2%, ngƣời lao động đóng 1% và đƣợc chi trả 100% chi phí khám chữa bệnh. Đến cuối năm 1994, có thêm loại hìnhBHYT học sinh sinh viên,tạo kinh phí ngày càng lớn cho công tác khám chữa bệnh. Tuy nhiên với chính sách chi trả không giới hạn (100% chi phí khám chữa bệnh) đã làm nảy sinh vấn đề lạm dụng quỹ BHYT, dẫn đến tình trạng bội chi quỹ.
Để kịp thời ngăn chặn tình trạng bội chi quỹ khám chữa bệnh BHYT, ngày 13/ 8/1998, Chính phủ ban hành NĐ 58/1998 kèm theo điều lệ BHYT mới thay thế Nghị định 299 và điều lệ BHYT năm 1992. Theo đó, từ ngày 01/01/1999 cơ chế cùng chi trả 20% chi phí khám chữa bệnh BHYT đƣợc áp dụng, mức đóng phí vẫn là 3% mức tiền lƣơng, tiền công đối với BHYT bắt buộc; bổ sung thêm một số đối tƣợng bắt buộc mua BHYT nhằm mở rộng số lƣợng ngƣời tham gia BHYT; mức đóng BHYT tự nguyện tùy theo từng đối tƣợng và từng địa phƣơng, quy định trần trong thanh toán nội trú, quy định cụ thể việc thanh toán trực tiếp và việc thanh toán một số dịch vụ y tế kỹ thuật cao.
Với chính sách mới, đối tƣợng tham gia BHYT bắt buộc từng bƣớc đƣợc mở rộng cùng với việc chú trọng tăng cƣờng phát triển BHYT học sinh sinh viên và BHYT tự nguyện, tình hình bội chi quỹ BHYT ở một số tỉnh đã đƣợc hạn chế. Từ năm 1999 đến năm 2005, với việc tăng lƣơng tối thiểu vào các năm 2000, 2002,
2003 dẫn đến mức thu BHYT gia tăng và chính sách cùng chi trả 20% đã góp phần hạn chế tình trạng lạm dụng quỹ trong khám chữa bệnh, làm cho hoạt động BHYT dần đi vào ổn định và phát triển, quỹ BHYT bắt đầu kết dƣ trong thời kỳ này.Với chính sách thắt chặt quỹ BHYT, Nghị định 58 đƣợc cho là hạn chế quyền lợi của ngƣời tham gia BHYT, cùng với việc kết dƣ 2.000 tỷ đồng trong thời kỳ thực hiện Nghị định 58 và với mục tiêu mở rộng, tiến đến BHYT toàn dân đã dẫn đến việc tiến hành thay đổi Nghị định.
Ngày 16/05/2005, Chính phủ ban hành Nghị định 63/2005 thay cho Nghị định 58 có hiệu lực thi hành từ 1/7/2005 với những nội dung quan trọng nhƣ: bãi bỏ chính sách cùng chi trả, chi trả tồn bộ chi phí khám chữa bệnh, bỏ trần thanh tốn nội trú nhằm mở rộng đối tƣợng tham gia BHYT, BHYT tự nguyện.Với chính sách chi trả tồn bộ này, từ 2005 đến năm 2009, chi phí khám chữa bệnh đã gia tăng nhanh chóng, quỹ BHYT liên tục bội chi. Đến cuối năm 2009, âm lũy kế hơn 3.000 tỷ đồng.
Tháng 11/2008, Luật BHYT ra đời, có hiệu lực từ 1/7/2009 cùng với NĐ 62/2009 quy định chi tiết và hƣớng dẫn thi hành một số điều của Luật BHYT áp dụng từ 01/10/2009 thay thế cho Nghị định 63. Với Nghị định 62/2009, BHYT tăng mức đóng lên 4,5% mức tiền lƣơng, tiền cơng hàng tháng đối với BHYT bắt buộc và 4,5% mức lƣơng tối thiểu đối với BHYT tự nguyện; thực hiện cơ chế cùng chi trả áp dụng tỷ lệ khác nhau theo từng đối tƣợng tham gia, theo loại dịch vụ y tế và theo hạng bệnh viện. Đặc biệt, đƣa ra hạn mức thanh toán BHYT khi mức chi KCB vƣợt quá 40 tháng lƣơng tối thiểu thì ngƣời bệnh chi trả tồn bộ viện phí. Ngồi ra, Luật cịn quy định các đối tƣợng có thời gian đóng BHYT khơng liên tục hoặc tham gia lần đầu thì thời gian chờ hƣởng chế độ đối với các quyền lợi về dịch vụ y tế kỹ thuật cao là sau 180 ngày kể từ ngày tham gia. Mục đích của quy định này nhằm tránh tình trạng lựa chọn ngƣợc (bị bệnh mới tham gia BHYT), góp phần cân đối quỹ BHYT.
Với việc tăng mức đóng BHYT lên 4,5% cùng với tăng mức lƣơng tối thiểu chung (từ 650.000 đồng vào năm 2009; sau đó tiếp tục tăng lên 730.000 đồng năm 2010; 830.000 đồng năm 2011; 1.050.000 đồng năm 2012)5 và việc giá viện phí ổn định trong suốt thời gian này6đã dẫn đến mức kết dƣ lớn sau 03 năm thực hiện NĐ 62/2009. Cuối năm 2012, quỹ BHYT kết dƣ gần 13.000 tỷ đồng.
Tuy nhiên, sau thời gian dài không tăng giá viện phí, tháng 02/2012 Bộ Y tế đã ban hành thông tƣ 04/2012 về việc điều chỉnh tăng giá dịch vụ y tế và tháng 10/2012, Chính phủ ban hành NĐ85/2012 bao gồm quy định về giá dịch vụ khám chữa bệnh và nêu rõ lộ trình tăng giá các dịch vụ y tế, theo đó giá các dịch vụ y tế sẽ tiếp tục đƣợc điều chỉnh tăng dần qua các năm kể từ năm 2013. Với mức giá các dịch vụ y tế ngày càng gia tăng dẫn việc chi trả ngày càng lớn, chính phủ sẽ phải đối mặt nhiều khó khăn trong việc tính tốn cân đối quỹ BHYT.
Ngày 13/6/2014, Quốc hội đã ban hành Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật BHYT 2008 và có hiệu lực thi hành kể từ 1/1/2015 với việc mở rộng đối tƣợng tham gia, bổ sung đối tƣợng đƣợc cấp BHYT miễn phí, chế độ BHYT tự nguyện hộ gia đình và thay đổi mức hƣởng chi phí KCB cho một số đối tƣợng nhằm gia tăng tỷ lệ tham gia BHYT, hạn chế lựa chọn ngƣợc và rủi ro đạo đức, bảo đảm an toàn quỹ.