Theo cách làm việc hiện nay, việc xây dựng PCI và xếp hạng PCI được tiến hành theo ba bước (xem cụ thể tại Phụ lục), đó là: (1) Thu thập dữ liệu; (2) Xử lý dữ liệu để xây dựng các chỉ số thành phần; (3) Xây dựng chỉ số NLCT cấp tỉnh (PCI). Phương pháp xây dựng chỉ số NLCT cấp tỉnh được thực hiện theo những nội dung sau: + Chuẩn hoá điểm số từ thực tiễn điều hành kinh tế tốt, đã có tại Việt Nam mà không dựa trên các tiêu chuẩn điều hành kinh tế theo lý thuyết nhưng khó có khả năng đạt được. Các tiêu chí hướng tới khuyến khích chính quyền các tỉnh cải thiện chất lượng công tác điều hành. Do đó, đối với từng chỉ tiêu đều có thể xác định được tỉnh
đứng đầu và bất kể tỉnh nào cũng có thể đạt được số điểm tuyệt đối bằng cách ganh đua thực hiện và phát huy những thực tiễn tốt này
+ Để so sánh các tỉnh trên cơ sở bình đẳng, PCI tập trung vào chất lượng điều hành kinh tế và loại bỏ những yếu tố điều kiện truyền thống. Nghĩa là, bằng cách loại trừ tăng trưởng kinh tế do các lợi thế sẵn có mang lại, đó là nhân tố truyền thống đóng góp vào tăng trưởng kinh tế trong một tỉnh và không thể hoặc ít có khả năng tác động cải thiện trong ngắn hạn như vị trí địa lý, cơ sở hạ tầng, qui mô thị trường và nguồn nhân lực… PCI giúp xác định và hướng các địa phương vào các thực tiễn điều hành kinh tế tốt có thể đạt được ở cấp tỉnh
+Bằng cách so sánh đối chiếu thực tiễn giữa các thực tế điều hành tốt với kết quả phát triển kinh tế, PCI lượng hoá tầm quan trọng của các thực tiễn này đối với thu hút đầu tư và tăng trưởng. Chỉ ra được mối liên hệ chặt chẽ giữa: (1) các thực tiễn điều hành kinh tế thân thiện với các DN; (2) hoạt động của DN hưởng ứng các thực tiễn chính sách, sáng kiến này; (3) những cải thiện trong hoạt động kinh tế như sản lượng, đầu tư, lợi nhuận và thu nhập. Trong đó, mối liện hệ thứ ba đặc biệt quan trọng vì nó cho thấy các chính sách và sáng kiến thân thiện với DN, khuyến khích họ hoạt động theo hướng đem lại lợi ích cho cả chủ DN, người lao động và cộng đồng thông qua tạo việc làm, tăng thu nhập cho nền kinh tế[15-20]
Một tỉnh được đánh giá là thực hiện tốt tất cả 09 chỉ số thành phần trong PCI cần có: Chi phí gia nhập thị trường thấp; DN dễ dàng tiếp cận đất đai và có mặt bằng kinh doanh ổn định; Môi trường kinh doanh công khai, minh bạch, doanh nghiệp dễ dàng và thuận lợi tiếp cận các thông tin phục vụ hoạt động sản xuất kinh doanh; Chi phí không chính thức thấp ở mức tối thiểu; Thời gian DN bỏ ra để thực hiện các thủ tục hành chính và thanh tra, kiểm tra của nhà nước thấp nhất; Lãnh đạo tỉnh năng động và tiên phong trong giải quyết các vấn đề của DN; Các dịch vụ hỗ trợ DN phát triển và có chất lượng; Chính sách đào tạo lao động của tỉnh tốt; Hệ thống toà án và cơ quan giải quyết khiếu nại hành chính của tỉnh giúp DN giải quyết tranh chấp công bằng, hiệu quả.
Để nâng cao chỉ số NLCT cấp tỉnh hay PCI của tỉnh dần đạt điểm tối đa 100, cần tập trung thực hịên tốt các chỉ số thành phần theo hướng trên với trọng tâm cải thiện điểm tuyệt đối của các chỉ số thành phần thông qua cải thiện hệ thống các chỉ tiêu cấu thành chỉ số thành phần đó.