Fragment Length Polymorphism)
Kỹ thuật RFLP là một kỹ thuật phổ biến đƣợc sử dụng trong sinh học phân tử. Sản phẩm PCR sau khi đƣợc nhân lên sẽ đƣợc tiến hành cắt bằng enzym giới hạn phù hợp thành các đoạn ngắn hơn, dựa vào số lƣợng và kích thƣớc của các đoạn ADN thu đƣợc mà có thể phát hiện ra những sai khác di truyền xuất hiện trong đoạn gen đó.
Mỗi một enzym giới hạn có một trình tự nhận biết các bazơ khác nhau, thƣờng là nhận biết 4 hoặc 6 bazơ. Nếu đột biến xảy ra trong đoạn ADN cần nghiên cứu tại vị trí cắt của enzym giới hạn, có thể làm tăng thêm hoặc giảm đi các vị trí cắt, do đó làm thay đổi số lƣợng cũng nhƣ kích thƣớc của các đoạn ADN thu đƣợc.
Ƣu điểm của phƣơng pháp này là đơn giản, dễ tiến hành, độ chính xác cao, thƣờng đƣợc sử dụng trong nghiên cứu sự khác biệt trong cấu trúc bộ gen của các cá thể, các loài sinh vật, nhằm so sánh sự khác nhau giữa các mẫu nghiên cứu, xác định nguồn gốc hoặc kiểm tra mức độ tiến hóa của các lồi sinh vật [4].
Nhƣợc điểm lớn nhất của phƣơng pháp là việc tìm kiếm các enzym giới hạn tƣơng ứng với đoạn ADN cần nghiên cứu. Khơng phải đoạn ADN nào cũng có các vị trí nhận biết của enzym giới hạn. Hoặc nếu có vị trí nhận biết đó, thì chƣa chắc các đột biến cần phát hiện đã nằm trong vị trí cắt của enzym. Vì vậy, dù tiến hành
cắt bằng enzym thì cũng khơng dễ phát hiện đƣợc các đột biến có trong đoạn ADN đó. Để làm đƣợc việc này phải tiến hành cắt với nhiều enzym khác nhau.