Mẫu mô và mẫu máu đƣợc thu thập từ các bệnh nhân ung thƣ đại trực tràng, dạ dày đến khám và điều trị tại Bệnh viện K và Bệnh viện Đại học Y Hà Nội. Mẫu đối chứng đƣợc lấy từ ngƣời không mắc bệnh đƣợc cung cấp bởi Bệnh viện Đại học Y Hà Nội. Mẫu máu đƣợc chống đông bằng EDTA. Các mẫu đƣợc bảo quản trong điều kiện lạnh -200C. Đề tài đƣợc tiến hành tại Phịng thí nghiệm Phân tích di truyền (Trung tâm khoa học Sự sống, Khoa Sinh học, trƣờng Đại học Khoa học tự nhiên, Đại học Quốc gia Hà Nội) và phòng Sinh học thụ thể và phát triển thuốc (phịng Thí nghiệm trọng điểm Cơng nghệ Enzym và Protein).
2.1.2. Hóa chất
Các hóa chất chính đƣợc sử dụng trong nghiên cứu gồm:
Nhóm hóa chất dùng cho tách ADN tổng số : PBS, proteinase K, phenol, chloroform, isoamyl alcohol, đệm Lysis tách máu, đệm Lysis tách mô; dung dịch NaCH3COO 3M pH 5,2 và pH 4; đệm TE; ethanol 100%, ethanol 70%; RNase.
Nhóm hóa chất dùng cho PCR: Taq ADN polymerase, Taq buffer, dNTP, mồi đặc hiệu.
Nhóm enzym giới hạn dùng cho phản ứng cắt: MspI, CviQI.
Nhóm hóa chất dùng cho điện di gel agarose: agarose, đệm TAE, dye, ethydium bromide.
Nhóm hóa chất SSCP: Acrylamide, Bis-Acrylamide, formaldehyde, TEMED, APS.
Nhóm hóa chất nhuộm và một số hóa chất khác: AgNO3, ADN loading dye 6X, Na2CO3, CH3COOH , EDTA, NaOH, Ethanol ...
Các hóa chất đảm bảo độ tinh sạch sử dụng trong sinh học phân tử và đƣợc cung cấp bởi các hãng có uy tín trên thế giới: Fermentas (Lithuania); Promega (Mỹ), Sigma (Mỹ)...
2.1.3. Thiết bị
Các loại máy móc thiết bị, dụng cụ chính đƣợc sử dụng: ống eppendorf, các loại đầu côn, pipet. Máy li tâm thƣờng, máy li tâm lạnh, máy vortex, máy Spin down, bể ổn nhiệt, cân phân tích, tủ lạnh -200C, tủ hút, máy làm đá, máy PCR AmpGen 9700 (Perkin – Elmet), bộ điện di nhỏ, bộ điện di đứng, máy soi gel, máy chụp ảnh.