STT Yếu tố Cis Chức năng Các giống
1 TATA-box
Đây là vị trí bám của các nhân tố phiên mã, nằm ở - 30 điểm khởi đầu phiên mã
Cườm 1, Chiêm rong, Chăm, Chành Trụi, Pokkali, Tép lai,
Tẻ tép, IR29, Chiêm đen
2 CAAT-box Yếu tố Cis phổ biến trong vùng promoter và enhancer
Mặn 2, Mặn 1, Cườm 1, Chiêm rong, Chăm, Chành
Trụi, Pokkali, Tép lai, Tẻ tép, IR29, Chiêm đen
3 Circadian Yếu tố Cis liên quan đến điều khiển nhịp sinh học
Cườm 1, Chiêm rong, Chăm, Chành Trụi, Pokkali, Tép lai,
Tẻ tép, IR29, Chiêm đen
4 GT1-motif Yếu tố Cis đáp ứng ánh sáng
Mặn 2, Mặn 1, Cườm 1, Chiêm rong, Chăm, Chành
Trụi, Pokkali, Tép lai, Tẻ tép, IR29, Chiêm đen
Trong đó TATA-box và CAAT-box là các yếu tố có khả năng ảnh hưởng đến phiên mã, ảnh hưởng đến mức độ biểu hiện của gen, được cho là có khả năng ảnh hưởng đến tính chống chịu mặn của giống lúa. Kết quả phân tích cũng cho thấy những sai khác ở vị trí -1253, -1201, -969 ảnh hưởng đến yếu tố Cis CAAT- box ở các giống lúa nhóm 2, 3, 4, 5; sai khác ở vị trí -275 ảnh hưởng đến yếu tố Cis TATA-box ở các giống lúa nhóm 3, 4, 5.
Những phân tích cũng cho thấy trình tự giống chuẩn nhiễm Nipponbare (giống lúa chịu mặn kém thuộc nhóm 1) và giống chuẩn kháng Pokkali (giống lúa chịu mặn tốt thuộc nhóm 4) cũng chứa những sai khác đặc trưng ảnh hưởng đến yếu tố Cis CAAT-box và TATA-box.
3.1.4. Phân tích đa hình vùng mã hóa của gen OsHKT1;5
Tiến hành so sánh trình tự nucleotide của CDS gen OsHKT1;5 giữa các
giống lúa nghiên cứu cho thấy: