Tên ngành Tên Việt
Nam Số Họ Số Chi Số Loài Số lƣợng Số % Số lƣợng Số % Số lƣợng Số % Lycopodiophyta Ngành Thông đất 2 1,92 2 0,73 3 0,70 Polypodiophyta Ngành Dương xỉ 12 11,54 18 6,59 23 5,34 Pinophyta Ngành Thông 1 0,96 1 0,37 1 0,23 Magnoliophyta Ngành Ngọc lan 89 85,58 252 92,31 404 93,74 Tổng cộng 104 100% 273 100% 431 100%
Nếu so sánh với hệ thực vật còn được bảo tồn tương đối tốt ở Cúc Phương, nơi có điều kiện tự nhiên và địa lý hoàn toàn đồng nhất với Thung Chng thì có thể khẳng định hệ thực vật Thung Chuông đã bị suy giảm đa dạng sinh học trầm trọng, số loài thực vật mất đi 2/3 tức là số loài thực vật hiện tại của Thung Chng chỉ bằng 30% tổng số lồi thực vật bâc cao có mạch đã biết ở Cúc Phương, số họ giảm đi 40% và số chi giảm gần 50%. trong số đó có nhiều họ có những lồi đóng vai trị quan trọng cho hệ thực vật cũng như đời sống con người
Xét về cấu trúc, hệ thực vật Thung Chuông vắng mặt hai ngành khuyết lá thông Psilotophyta và ngành cỏ bút tháp Equisetophyta, tuy nhiên, tỷ lệ phân bố các loài trong các ngành về cơ bản vẫn phù hợp với quy luật phân bố của hệ thực vật nhiệt đới ở Việt Nam. Ngành Ngọc lan – Magnoliophyta vẫn chiếm vị trí quan trọng nhất hệ thực vật với 93,74% tổng số lồi đã biết của hệ thực vật, các ngành cịn lại chiến tỉ trọng khá thấp. Trong ngành Ngọc lan tỉ trọng phân bố của hai lớp Ngọc lan – Magnoliopsida và lớp Hành – Liliopsida với tỉ lệ xấp xỉ 4:1, tỷ trọng này phản ánh rõ bản chất sinh thái của hệ thực vật Thung Chuông là hệ thực vật cụ thể thuộc vùng nhiệt đới gió mùa điển hình trên đá Vơi.
Về các họ giầu lồi của hệ thực vật, cũng như hệ thực vật Việt Nam các họ giầu loài của hệ thực vật Vân Long chiếm 22,05% tổng số chi 25,96% tổng số loài thực vật, nhưng về bản chất các họ giầu lồi có sự sai khác đáng kể. Trong hệ thực vật Thung Chng, có 10 họ giầu lồi nhưng bước đầu thống kê chỉ có 6 họ giầu lồi (có số lồi từ 12 lồi trở lên) trùng với các họ giầu loài của hệ thực vật Việt Nam tuy thứ tự có thay đổi, 7 họ đó là Euphorbiaceae, Asteraceae, Moraceae, Poaceae, Acanthaceae, Cyperaceae.. Điều đó cho thấy hệ thực vật Thung Chuông đã thay đổi khá sâu sắc và ít cịn đặc trưng cho bản chất sinh thái của hệ thực vật khởi đầu phát triển tại đây
2. Bản chất sinh thái hệ thực vật và biến động dạng sống hệ thực vật.
Bản chất sinh thái của hệ thực vật được đặc trưng bởi phổ dạng sống tức là tỷ lệ phần trăm các nhóm dạng sống cơ bản cấu thành hệ thực vật. Phổ dạng sống của hệ thực vật được nghiên cứu càng sai khác với phổ dạng sống của hệ thực vật