Hiện nay, chất thải bệnh viện đang trở thành vấn đề môi trƣờng và xã hội cấp bách của nƣớc ta.Hiện trạng quản lý và xử lý chất thải rắn bệnh viện kém hiệu quả đang gây dƣ luận trong cộng đồng và đặt ra nhiều thách thức đối với nhiều cấp, ngành, đặt biệt là ngành y tế. Những khó khăn chủ yếu:
- Nguồn kinh phí đầu tƣ cho chất thải y tế lớn. Tổng kinh phí đầu tƣ cho tồn bộ chƣơng trình đầu tƣ xây dựng hệ thống xử lý chất thải rắn, lỏng và khí là rất lớn, chƣa kể chi phí cho sử dụng đất, phƣơng tiện thu gom, vận chuyển, kinh phí vận hành và bảo trì. Vốn đầu tƣ cần đƣợc huy động từ các nguồn ngân sách nhà nƣớc, hỗ trợ của các tổ chức quốc tế, nguồn giúp đỡ của các chính phủ và tổ chức phi chính phủ.
- Bệnh viện có lị đốt nhƣng kinh phí để chi trả cho năng lƣợng để vận hành, xử lý tro, để trả lƣơng cho nhân cơng cịn chƣa đƣợc quy định sẽ lấy từ đâu. Các bệnh viện không thể tự tiện nâng giá khám bệnh để bù vào chi phí xử lý chất thải của mình.Vì vậy có bệnh viện tuy đã trang bị lò đốt rác y tế nhƣng vẫn khơng vận hành vì khơng có đủ kinh phí.
- Nhận thức về thực hành xử lý chất thải rắn y tế trong cán bộ y tế, nhân viên trực tiếp làm cơng tác xử lý chất thải bệnh viện vẫn cịn chƣa cao, làm ảnh hƣởng không nhỏ đến chất lƣợng và hiệu quả phân loại, thu gom và vận chuyển, tiêu huỷ chất thải. Một số lãnh đạo bệnh viện chƣa thực sự quan tâm đến việc xử lý chất thải. Việc tuyên truyền giáo dục ý thức cộng đồng vẫn chƣa sâu rộng, đôi khi dƣ luận qua báo chí cịn làm dân hoang mang, gây tâm lý quá lo sợ đối với chất thải bệnh viện từ đó gây sức ép khơng đáng có đối với các cơ quan quản lý chuyên ngành
- Môi trƣờng thực hiện pháp chế chƣa thuận lợi mặc dù đã có luật bảo vệ mơi trƣờng, qui chế quản lý chất thải nguy hại do thủ tƣớng chính phủ ban hành và qui chế quản lý chất thải y tế do bộ trƣởng bộ y tế ban hành nhƣng các văn bản pháp quy này chƣa thực sự thấm sâu vào đời sống. Việc thực hiện đúng quy chế quản lý chất thải y tế mới chỉ có ở một số ít bệnh viện.
- Các giải pháp về xử lý chất thải chƣa đồng bộ, sự phối hợp liên ngành cịn kém hiệu quả trong mọi cơng đoạn xử lý chất thải.