Khí hậu: Phú Yên chịu ảnh hưởng của khí hậu nhiệt đới gió mùa nóng ẩm với đặc điểm cơ bản là: có 2 mùa gió Đơng Bắc và Tây Nam, nền
nhiệt độ cao, nắng nhiều, khơng có mùa đơng lạnh, chỉ có 2 mùa: mùa nắng và mùa mưa.
Tài nguyên nước: về lượng nước mặt, Phú n có trên 50 con sơng lớn nhỏ. Đáng chú ý là có 3 con sơng chính: sơng Ba, sơng Kỳ Lộ, sơng Bàn Thạch với tổng lượng tài nguyên nước là 8.562 triệu m3. Nước các sơng nhìn chung chất lượng tốt, chưa bị ơ nhiễm nên có thể sử dụng cho nhiều mục đích. Lượng nước ngầm, đều đáp ứng mọi yêu cầu cấp nước cho ăn uống, sinh hoạt, công nghiệp và tưới cây.
Tài nguyên đất: tổng diện tích là 504.531 ha, trong đó: đất dùng vào nơng nghiệp 124.814,6 ha; đất dùng vào lâm nghiệp 165.915,9 ha; đất chuyên dùng 17.363,2 ha; đất dân cư 4.203,4 ha; đất chưa sử dụng 192.133,9 ha [5, tr.97].
Nguồn lợi thủy sản: Phú Yên có cả ba vùng nước ngọt, lợ, mặn chứa đựng một nguồn tài nguyên thủy sản đa dạng, phong phú. Tổng diện tích vùng sinh thái nước lợ là 21000 ha, đây là nguồn tài nguyên lớn để phát triển nghề ni trồng thủy sản thành ngành sản xuất chính trong cơ cấu kinh tế thủy sản. Vùng nước lợ nếu khai thác và sử dụng hợp lý có thể đạt sản lượng 7500 tấn thủy sản đặc sản làm nguyên liệu cho xuất khẩu và vùng biển khai thác có hiệu quả của Phú Yên rộng khoảng 6900 km2 [5, tr.81]. Đây chính là điều kiện tự nhiên thuận lợi cho các doanh nghiệp tư nhân Phú Yên mở ra khả năng khai thác và phát triển kinh tế.