Trong những năm qua, kinh tế Phú Yên luôn tăng trưởng cao, ổn định và có nhiều mặt phát triển. Tính đến hết năm 2009 là năm thứ 8 liên tiếp giá trị tổng sản phẩm trên địa bàn tăng trên 10% (năm 2009, tốc độ tăng GDP12,3%). Cơ cấu kinh tế dịch chuyển theo hướng tiến bộ, tỷ trọng GDP công nghiệp và dịch vụ tăng lên, tỷ trọng nông nghiệp giảm [42, tr.26].
cây trồng vật ni có sự chuyển dịch theo hướng sản xuất hàng hóa. Giá trị sản xuất nơng - lâm - ngư nghiệp tăng bình quân hàng năm 3,9% giai đoạn 1998 - 2009, chất lượng tăng trưởng khá; việc áp dụng các tiến bộ kỹ thuật vào sản xuất ngày càng nhiều và có hiệu quả.
Sản xuất cơng nghiệp đạt mức tăng trưởng cao, giá trị sản xuất cơng nghiệp tăng bình qn 16,5%/năm. Trong đó cơng nghiệp chế biến giữ được nhịp độ tăng trưởng cao 19,9%/năm và chiếm tỷ trọng lớn trong cơ cấu nội bộ ngành 89,2% hình thành 3 khu cơng nghiệp tập trung và một số cụm, điểm công nghiệp, tiểu thủ công nghiệp ở các địa phương [5], [42].
Các ngành dịch vụ có mức tăng trưởng khá, giá trị các ngành thương mại và dịch vụ tăng bình quân hàng năm 11,3% giai đoạn 1998 - 2009. Cơ cấu ngành dịch vụ có bước chuyển biến tích cực theo hướng đáp ứng ngày càng tốt hơn các nhu cầu đa dạng của sản xuất, kinh doanh và tiêu dùng của nhân dân.
Công tác huy động vốn cho đầu tư phát triển có nhiều tiến bộ. Tỉnh đã kịp thời phân bổ 669,6 tỷ đồng vốn đầu tư phát triển kế hoạch 2009 ngay từ cuối năm 2008, thực hiện chuyển nguồn sang 2009 là 217,5 tỷ đồng, trong đó vốn huy động trong dân và các thành phần kinh tế chiếm 39,1%, vốn thu hút từ bên ngoài chiếm 38,5%/ tổng vốn [5], [41], [42].
Tuy đạt nhiều thành tựu tương đối toàn diện trên tất cả các mặt nhưng hiện tại Phú n vẫn cịn là một tỉnh nơng nghiệp với cơ cấu kinh tế (năm 2009 cơ cấu GDP của tỉnh: công nghiệp - xây dựng 33,1%, nông - lâm - ngư nghiệp 29,1%, dịch vụ 37,8%; trong cơ cấu lao động thì lao động nơng nghiệp chiếm tỷ lệ rất cao khoảng 73,3%, công nghiệp - xây dựng chiếm 9,1%, dịch vụ chiếm 17,6%). Nền kinh tế có tốc độ tăng trưởng cao, nhưng chưa bền vững, hiệu quả chưa cao, khả năng cạnh tranh cịn thấp, quy mơ GDP còn quá nhỏ (so với cả nước, Phú Yên chiếm tỷ lệ 0,7% so với các tỉnh
trong vùng: chiếm tỷ lệ 8%. Nếu so với một số tỉnh trong khu vực như sau: bằng khoảng 41% của Đà Nẵng; bằng 46% của Bình Định; bằng 35% của Khánh Hòa; 61% của Quảng Ngãi và bằng 59% của Quảng Nam) [37], [38], [39], [40], [41], [42].