Thực hiện Quyết định số 192/2001/QĐ-TTg ngày 17 tháng 12 năm 2001 của Thủ tướng Chính phủ và Nghị định số 130/2005/NĐ-CP của Chính phủ, từ năm 2002, thành phố Hà Nội đã quyết định thí điểm đối với khoán chi biên chế và kinh phí quản lý hành chính, theo đó thì đối với cấp huyện là 24 triệu/người/năm. Đối với Ủy ban nhân dân cấp huyện, thành phố Hà Nội (trước khi hợp nhất) tính khoán chi theo đầu mối là Ủy ban nhân dân cấp huyện, và Ủy ban
nhân dân cấp huyện có trách nhiệm triển khai từng đơn vị, phòng, ban đặc thù, điều kiện riêng của từng quận, huyện. Tỉnh Hà Tây (cũ) tính khoán chi đến các cơ quan quan chuyên môn và tương đương trực thuộc Ủy ban nhân dân quận, huyện, thị xã.
Thực hiện cơ chế tự chủ, tự chịu trách nhiệm về sử dụng biên chế các cơ quan hành chính đã sắp xếp tổ chức và biên chế hợp lý, bộ máy quản lý tương đối gọn nhẹ, bước đầu đáp ứng được công việc. Các quận, huyện đã xây dựng quy chế chi tiêu nội bộ, chủ động đề ra các biện pháp sử dụng tiết kiệm kinh phí trong khi vẫn đáp ứng được nhiệm vụ ngày càng cao. (Như tiết kiệm trong sử dụng điện thoại, báo chí, văn phòng phẩm, phương tiện vận tải, xăng dầu, sửa chữa ô tô, điện nước, tổ chức hội nghị, quản lý thiết bị và một số chi phí khác). Việc tiết kiệm kinh phí của các quận, huyện chủ yếu do đã thực hiện tốt các biện pháp tiết kiệm kinh phí.
Thực hiện quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm về thực hiện nhiệm vụ, tổ chức bộ máy, biên chế và tài chính đối với đơn vị sự nghiệp công lập theo Nghị định số 43/2006/NĐ-CP ngày 25 tháng 6 năm 2006 của Chính phủ, đến nay, tại tất cả các quận, huyện trên địa bàn thành phố đã bàn giao quyền tự chủ cho các đơn vị sự nghiệp. Đa số các đơn vị sự nghiệp của các quận, huyện được giao quyền tự chủ tài chính đã phát huy được quyền tự chủ, chủ động khai thác các nguồn thu sự nghiệp, mở rộng và đa dạng hóa các loại hình cung ứng dịch vụ, chủ động sử dụng các nguồn kinh phí theo yêu cầu hoạt động của đơn vị, đảm bảo được chi tiêu có hiệu quả và tiết kiệm trên cơ sở quy chế chi tiêu nội bộ.
Tuy nhiên, việc triển khai thực hiện cơ chế tự chủ tại một số đơn vị sự nghiệp tại các quận, huyện còn mang tính hình thức. Một số thủ trưởng cơ quan đơn vị sự nghiệp tại cấp huyện còn chưa thực sự được quyền tự chủ, tự quyết trong công tác tuyển dụng viên chức. Quy chế chi tiêu nội bộ còn chưa quy định cụ thể, rõ tàng các nội dung chi, mức chi, thiếu các biện pháp quản lý, tăng thu, tiết kiệm chi làm hạn chế tính chủ động và hiệu quả của quy chế chi tiêu nội bộ.
Tại một số quận huyện chưa quan tâm và chỉ tạo trong việc triển khai thực hiện cơ chế tự chủ. Bộ máy tổ chức quản lý và trình độ đội ngũ cán bộ tài chính kế toán tại một số đơn vị sự nghiệp của cấp huyện trình độ còn yếu, chưa đáp ứng được yêu cầu công việc. Bên cạnh đó, công tác chỉ đạo, hướng dẫn kiểm tra, đánh giá tình hình thực hiện chưa được tiến hành đồng bộ, thường xuyên. Mặt bằng giao kinh phí tự chủ cho một số đơn vị còn thấp, đặc biệt là đối với các đơn vị tự đảm bảo một phần kinh phí hoạt động, đơn vị ngân sách đảm bảo toàn bộ kinh phí hoạt động trên địa bàn các quận huyện mới được hợp nhất. Ngoài ra, một số quy định về thu và sử dụng các loại phí của Trung ương ban hành đã quá lâu, múc thu thấp không đảm bảo chi phí, lại chậm sửa đổi gây khó khăn trong quá trình thực hiện trong điều kiện chi phí nghiệp vụ chuyên môn ngày càng cao.