Trong giai đoạn từ năm 2001 đến năm 2004, thực hiện Quyết định số 207/1999/QĐ-TTg ngày 25/10/1999 của Thủ tướng Chính phủ và Nghị định số 12/2001/NĐ-CP ngày 27/3/2001 của Chính phủ, các cơ quan chuyên môn thuộc Ủy ban nhân dân cấp huyện thành phố Hà Nội và Hà Tây đều sắp xếp lại từ 14 phòng còn 10 phòng chuyên môn, giảm 04 phòng so với trước. Tồn
tại ở giai đoạn này là việc nhập phòng Tư pháp vào Văn phòng Hội đồng nhân dân và Ủy ban nhân dân ở thành phố Hà Nội (trước khi hợp nhất) không hợp lý theo xu hướng phát triển và công tác quản lý nhà nước, bên cạnh đó, Văn phòng Hội đồng nhân dân và Ủy ban nhân dân ở một số quận huyện nhiều đầu mối, phức tạp, hiệu quả thấp. Việc nhập phòng Địa chính- Nhà đất với phòng Quản lý Đô thị là chưa hợp lý với Thủ đô Hà Nội
Trong giai đoạn từ năm 2004 đến năm 2008, các cơ quan chuyên môn cấp huyện thuộc tỉnh Hà Tây (cũ) và huyện Mê Linh được sắp xếp theo đúng quy định của Nghị định số 172/2004/NĐ-CP và các cơ quan chuyên môn thuộc Ủy ban nhân dân cấp huyện tại thành phố Hà Nội được sắp xếp lại thành 13 phòng.
Giai đoạn từ năm 2008 đến năm 2010, trước ngày hợp nhất, thành phố Hà Nội đã tổ chức tốt việc triển khai thực hiện các Nghị định số 13/2008/NĐ-CP, 14/2008/NĐ-CP của Chính phủ và Nghị quyết số 15/2008/NQ-QH12 của Quốc hội, trước khi hợp nhất, các cơ quan chuyên môn của 14 Ủy ban nhân dân quận, huyện thuộc thành phố Hà Nội (cũ) gồm 12 phòng, ban, giảm 01 cơ quan là Ủy ban Dân số, Gia đình và trẻ em, thành lập phòng Kinh tế, do tính chất đô thị hóa nhanh nên Hà Nội không thành lập phòng Công thương thuộc Ủy ban nhân dân huyện. Sau khi sắp xếp lại, chức năng, nhiệm vụ của các cơ quan chuyên môn từng bước đã được xác định lại rõ ràng hơn, giảm được sự chồng chéo, hiệu lực, hiệu quả hoạt động chỉ đạo, quản lý của bộ máy chính quyền từ thành phố đến các quận huyện được nâng cao.
Sau khi hợp nhất, các cơ quan chuyên môn thuộc Ủy ban nhân dân cấp huyện gồm 12 phòng (theo Quyết định số 341/QĐ-UBND ngày 20/01/2010 của Ủy ban nhân dân thành phố về tổ chức các cơ quan chuyên môn thuộc Ủy ban nhân dân quận, huyện, thị xã thuộc thành phố Hà Nội). Cụ thể các phòng, ban chuyên môn thuộc Ủy ban nhân dân cấp huyện thuộc Thành phố Hà Nội là:
- Phòng Nội vụ: tham mưu, giúp Ủy ban nhân dân quận, huyện, thị xã thực hiện chức năng quản lý nhà nước các lĩnh vực: tổ chức; biên chế các cơ quan hành chính, sự nghiệp nhà nước; cải cách hành chính; chính quyền địa phương; địa giới hành chính; cán bộ, công chức, viên chức nhà nước; cán bộ, công chức xã, phường, thị trấn; hội, tổ chức phi chính phủ; văn thư, lưu trữ nhà nước; tôn giáo; thi đua - khen thưởng.
- Phòng Tư pháp: tham mưu, giúp Ủy ban nhân dân quận, huyện, thị xã thực hiện chức năng quản lý nhà nước về: công tác xây dựng văn bản quy phạm pháp luật; kiểm tra, xử lý văn bản quy phạm pháp luật; phổ biến, giáo dục pháp luật; thi hành án dân sự; chứng thực, hộ tịch; trợ giúp pháp lý; hòa giải ở cơ sở và các công tác tư pháp khác.
- Phòng Tài chính - Kế hoạch: tham mưu, giúp Ủy ban nhân dân quận, huyện, thị xã thực hiện chức năng quản lý nhà nước về các lĩnh vực: tài chính, tài sản; kế hoạch và đầu tư; đăng ký kinh doanh; tổng hợp, thống nhất quản lý về kinh tế hợp tác xã, kinh tế tập thể, kinh tế tư nhân.
- Phòng Tài nguyên và Môi trường: tham mưu, giúp Ủy ban nhân dân quận, huyện, thị xã thực hiện chức năng quản lý nhà nước về: tài nguyên đất; tài nguyên nước; tài nguyên khoáng sản; môi trường; khí tượng, thủy văn; đo đạc, bản đồ.
- Phòng Lao động - Thương binh và Xã hội: tham mưu, giúp Ủy ban nhân dân quận, huyện, thị xã thực hiện chức năng quản lý nhà nước về các lĩnh vực: lao động; việc làm; dạy nghề; tiền lương; tiền công; bảo hiểm xã hội, bảo hiểm thất nghiệp; an toàn lao động; người có công; bảo trợ xã hội; bảo vệ và chăm sóc trẻ em; phòng, chống tệ nạn xã hội; bình đẳng giới.
- Phòng Văn hóa và Thông tin: tham mưu, giúp Ủy ban nhân dân quận, huyện, thị xã thực hiện chức năng quản lý nhà nước về: văn hóa; gia đình; thể dục, thể thao; du lịch; bưu chính, viễn thông và Inertnet; công nghệ thông tin, hạ tầng thông tin; phát thanh; báo chí; xuất bản.
- Phòng Giáo dục và Đào tạo: tham mưu, giúp Ủy ban nhân dân quận, huyện, thị xã thực hiện chức năng quản lý nhà nước về các lĩnh vực giáo dục và đào tạo, bao gồm: mục tiêu, chương trình và nội dung giáo dục và đào tạo; tiêu chuẩn nhà giáo và tiêu chuẩn cán bộ quản lý giáo dục; tiêu chuẩn cơ sở vật chất, thiết bị trường học và đồ chơi trẻ em; quy chế thi cử và cấp văn bằng, chứng chỉ; bảo đảm chất lượng giáo dục và đào tạo.
- Phòng Y tế: tham mưu, giúp Ủy ban nhân dân quận, huyện, thị xã thực hiện chức năng quản lý nhà nước về chăm sóc và bảo vệ sức khỏe nhân dân, gồm: y tế cơ sở; y tế dự phòng; khám, chữa bệnh, phục hồi chức năng; y dược cổ truyền; thuốc phòng bệnh, chữa bệnh cho người; mỹ phẩm; vệ sinh an toàn thực phẩm; bảo hiểm y tế; trang thiết bị y tế; dân số.
- Thanh tra: tham mưu, giúp Ủy ban nhân dân quận, huyện, thị xã thực hiện chức năng quản lý nhà nước về công tác thanh tra, giải quyết khiếu nại, tố cáo trong phạm vi quản lý nhà nước của Ủy ban nhân dân quận, huyện, thị xã; thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn thanh tra giải quyết khiếu nại, tố cáo và phòng, chống tham nhũng theo quy định của pháp luật.
- Văn phòng Hội đồng nhân dân và Ủy ban nhân dân: tham mưu tổng hợp cho Ủy ban nhân dân về hoạt động của Ủy ban nhân dân; tham mưu, giúp Ủy ban nhân dân quận, huyện, thị xã về công tác dân tộc; tham mưu cho Chủ tịch Ủy ban nhân dân về chỉ đạo, điều hành của Chủ tịch Ủy ban nhân dân; cung cấp thông tin phục vụ quản lý và hoạt động của Hội đồng nhân dân, Ủy ban nhân dân và các cơ quan nhà nước ở địa phương; đảm bảo cơ sở vật chất, kỹ thuật cho hoạt động của Hội đồng nhân dân và Ủy ban nhân dân.
- Phòng Kinh tế: Phòng Kinh tế thuộc Ủy ban nhân dân quận: tham mưu, giúp Ủy ban nhân dân quận thực hiện chức năng quản lý nhà nước về tiểu thủ công nghiệp; khoa học và công nghệ; công nghiệp; thương mại
Đối với các quận còn có sản xuất nông nghiệp, Phòng Kinh tế thực hiện thêm nhiệm vụ: tham mưu, giúp Ủy ban nhân dân quận thực hiện chức
năng quản lý nhà nước về nông nghiệp; lâm nghiệp; thủy lợi; thủy sản…. phù hợp với đặc điểm kinh tế - xã hội của của địa phương.
Phòng Kinh tế thuộc Ủy ban nhân dân huyện, thị xã: tham mưu, giúp Ủy ban nhân dân quận, huyện, thị xã thực hiện chức năng quản lý nhà nước về tiểu thủ công nghiệp; khoa học và công nghệ; công nghiệp; thương mại; nông nghiệp; lâm nghiệp; thủy lợi; thủy sản; phát triển nông thôn; phát triển kinh tế hộ, kinh tế trang trại nông thôn, kinh tế hợp tác xã nông, lâm, ngư nghiệp gắn với ngành nghề, làng nghề nông thôn trên địa bàn.
- Phòng Quản lý đô thị: Phòng Quản lý đô thị thuộc Ủy ban nhân dân quận: tham mưu, giúp Ủy ban nhân dân quận thực hiện chức năng quản lý nhà nước về kiến trúc; quy hoạch xây dựng; phát triển đô thị; nhà ở và công sở; vật liệu xây dựng; giao thông; hạ tầng kỹ thuật đô thị (gồm: cấp, thoát nước; vệ sinh môi trường đô thị; công viên, cây xanh; chiếu sáng; rác thải; bến, bãi đỗ xe đô thị).
Phòng Quản lý đô thị thuộc Ủy ban nhân dân huyện, thị xã: tham mưu, giúp Ủy ban nhân dân huyện, thị xã thực hiện chức năng quản lý nhà nước về kiến trúc; quy hoạch xây dựng; phát triển đô thị; nhà ở và công sở; vật liệu xây dựng; giao thông; hạ tầng kỹ thuật đô thị và nông thôn (gồm: cấp, thoát nước; vệ sinh môi trường đô thị và nông thôn; công viên, cây xanh; chiếu sáng; rác thải; bến, bãi đỗ xe đô thị).
Và cũng theo Quyết định số 341 thì tại Ủy ban nhân dân các huyện Ba Vì, Phúc Thọ, Thạch Thất, Quốc Oai, Đan Phượng, Hoài Đức, Chương Mỹ, Thanh Oai, Ứng Hòa, Mỹ Đức, Thường Tín, Phú Xuyên sẽ tiến hành giải thể và điều chuyển chức năng, nhiệm vụ, bộ máy của Phòng Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Phòng Công thương thuộc Ủy ban nhân dân về Phòng Kinh tế và Phòng Quản lý đô thị.
Như vậy có thể thấy rằng, trong thời gian từ năm 2001 đến năm 2008, đã có bốn lần sắp xếp lại các cơ quan chuyên môn thuộc Ủy ban nhân dân cấp
huyện, chính sự thay đổi nhiều như vậy đã làm mất tính ổn định, phát triển của tổ chức, gây mất mát, thất lại tài liệu, gây thất thoát ngân sách cũng như tài sản công, làm tăng chi phí hành chính không cần thiết, biên chế không giảm mà lại tăng. Việc sắp xếp lại theo quy định mới dẫn đến một số cơ quan, phòng, ban không tinh gọn mà lại phức tạp thêm, một số cơ quan còn chưa xác định rõ ranh giới của chức năng quản lý nhà nước và chức năng sự nghiệp. Ví dụ như Trung tâm Y tế của cấp huyện đồng thời thực hiện hai chức năng: chức năng quản lý nhà nước về y tế và chức năng khám chữa bệnh.
Ngoài các phòng, ban chuyên môn thuộc Ủy ban nhân dân cấp huyện nói trên, hiện nay, tại cấp huyện của thành phố Hà Nội để triển khai một số mô hình thí điểm một số đơn vị trực thuộc Ủy ban nhân dân cấp huyện như: Trung tâm Dịch vụ Hành chính công tại Ủy ban nhân dân quận Tây Hồ. Một số quận, huyện khác thí điểm và thành lập Thanh tra Xây dựng, Trung tâm phát triển quỹ đất, Ban Bồi thường giải phóng mặt bằng.