Cùng với việc thành lập, sáp nhập, chia tách các cơ quan, đơn vị, tỉnh Thanh Hóa cũng đã điều chỉnh, bổ sung chức năng, nhiệm vụ của các ngành, đơn vị; tách các hoạt động mang tính dịch vụ công ra khỏi cơ quan hành chính để thành lập đơn vị sự nghiệp như: hoạt động công chức, chứng thực của Sở Tư pháp; hoạt động đăng ký quyền sử dụng đất của Sở Tài nguyên và Môi trường; hoạt động thẩm định chất lượng trong xây dựng của Sở Xây dựng; hoạt động thẩm định giá đất của Sở Tài chính;... "Trong 4 năm (từ năm 2007 đến năm 2010, các ngành, địa phương đã thực hiện thành lập mới 112 tổ chức, kiện toàn và quy định chức năng, nhiệm vụ 264 tổ chức, góp phần đưa các hoạt động của các tổ chức, đơn vị đi vào ổn định và phát triển" [54].
Thực hiện Nghị quyết số 08/2004/NQCP, ngày 30/6/2004 của Chính phủ về tiếp tục đẩy mạnh phân cấp quản lý nhà nước giữa Chính phủ và chính quyền tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương, ngày 02/3/2007, Ủy ban nhân dân tỉnh Thanh Hóa đã ban hành Quyết định số 685/2007/QĐ-UBND quy định về phân công, phân cấp công tác quản lý nhà nước về tổ chức, bộ máy và cán bộ, công chức. Sau hơn 4 năm thực hiện đã phát huy được tính năng động, sáng tạo, quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm của các sở, ngành, các huyện, thị xã, thành phố trên cơ sở phân định rõ, cụ thể nhiệm vụ, quyền hạn, trách nhiệm của mỗi cấp trong bộ máy chính quyền nhà nước từ tỉnh đến cơ sở; công tác quản lý tổ chức bộ máy, cán bộ, công chức được giải quyết nhanh hơn, giảm đầu mối trung gian, tiết kiệm chi phí lao động xã hội.
Kỷ luật, kỷ cương hành chính nói chung, giải quyết công việc của người dân và doanh nghiệp nói riêng đã được các sở, ngành, các địa phương, đơn vị trong tỉnh triển khai thực hiện khá quyết liệt. Đã ban hành, tổ chức thực hiện quy chế làm việc; thanh tra, kiểm tra, giám sát triển khai thực hiện các văn bản hành chính; phê bình, nhắc nhở những cơ quan, cá nhân thực hiện chậm hoặc không đảm bảo chất lượng công việc. Các cấp, các ngành ban
hành cơ chế kiểm tra, giám sát nội bộ; thiết lập "đường dây nóng", thùng thư góp ý, hộp thư điện tử, hộp thư thoại; công khai quy trình, thủ tục hồ sơ, thời hạn, phí, lệ phí…trên Website, Báo, Đài, Thư viện tỉnh, niêm yết tại công sở; đeo thẻ công chức, viên chức;...
Đến nay, có 100% cơ quan hành chính nhà nước cấp tỉnh, cấp huyện thực hiện chế độ tự chủ, tự chịu trách nhiệm về sử dụng biên chế và kinh phí quản lý hành chính. Bước đầu, phân cấp quản lý tài chính và ngân sách đã phát huy tác dụng tích cực; cơ chế "xin-cho" đã được xóa bỏ.
Việc áp dụng Hệ thống quản lý chất lượng theo tiêu chuẩn TCVN ISO vào hoạt động của các cơ quan hành chính nhà nước được quan tâm. Từ năm 2005, Ủy ban nhân dân tỉnh tỉnh đã khuyến khích, hỗ trợ các cơ quan hành chính triển khai áp dụng Hệ thống quản lý chất lượng. Năm 2007, Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh đã phê duyệt Kế hoạch đào tạo chuyên gia tư vấn và thí điểm áp dụng Hệ thống quản lý chất lượng theo ISO 9001:2000 tại một số cơ quan hành chính nhà nước. Đến nay, đã đào tạo được 15 chuyên gia tư vấn; có 6 đơn vị (Sở Nội vụ, Xây dựng, Tài nguyên và Môi trường, Cục Hải quan Thanh Hóa, Trường Đại học Hồng Đức, Ủy ban nhân dân huyện Hậu Lộc) được cấp Giấy chứng nhận hệ thống phù hợp tiêu chuẩn ISO 9001:2000 (nay đã chuyển đổi sang phiên bản ISO 9001:2008) và thực hiện khá tốt việc duy trì, đánh giá sau cấp Giấy chứng nhận. Các Sở Khoa học và Công nghệ, Lao động-Thương binh và Xã hội; Ủy ban nhân dân thành phố Thanh Hóa, thị xã Sầm Sơn, huyện Thọ Xuân; Cục Thuế Thanh Hóa đang xây dựng, áp dụng Hệ thống quản lý chất lượng theo ISO 9001:2008.
Tin học hóa quản lý hành chính nhà nước được các cấp, các ngành đặc biệt quan tâm. 100% sở, ban, ngành, Ủy ban nhân dân cấp huyện đã xây dựng mạng LAN, kết nối Internet; số lượng máy tính bình quân trên một cán bộ, công chức ở các sở, ban, ngành và ủy ban nhân dân cấp huyện tương đối cao (nhiều sở, ngành đảm bảo mỗi cán bộ, công chức 01 máy). Ủy ban nhân dân
xã, phường, thị trấn đã có máy tính để làm việc, trong đó số lượng máy tính đã kết nối mạng Internet khá nhiều. Tại Văn phòng Ủy ban nhân dân tỉnh đã xây dựng Cổng thông tin điện tử của Ủy ban nhân dân tỉnh, đã liên kết Website toàn quốc để quản lý Cơ sở dữ liệu quốc gia về thủ tục hành chính. Nhiều sở, ngành và ủy ban nhân dân cấp huyện đã xây dựng, đưa vào sử dụng Website; Kho bạc Nhà nước, Cục Thuế tỉnh liên kết Website nội bộ toàn ngành; Sở Tài chính, Kho bạc tỉnh, Cục thuế,... kết nối mạng thông tin quản lý tài chính, ngân sách; Sở Kế hoạch và Đầu tư kết nối mạng thông tin quản lý đăng ký doanh nghiệp, …Hầu hết cơ quan hành chính nhà nước cấp tỉnh, cấp huyện đã cài đặt phần mềm quản lý hồ sơ công việc, văn bản; phần mềm kế toán, quản lý hồ sơ cán bộ, công chức;…; Cục Thuế áp dụng 20 chương trình ứng dụng vào các khâu quản lý thuế; Ủy ban nhân dân thành phố Thanh Hóa áp dụng các phần mềm trong giải quyết thủ tục hành chính theo cơ chế một cửa hiện đại;....
Về cơ bản, hầu hết công sở các sở, ban, ngành và Ủy ban nhân dân cấp huyện đã được đầu tư đầu tư cải tạo, xây dựng mới, có đầy đủ trang bị thiết bị làm việc thiết yếu; đã xây dựng, đưa vào sử dụng điểm cầu giao ban trực tuyến điện tử tại Văn phòng Ủy ban nhân dân tỉnh, Ban quản lý Khu kinh tế Nghi Sơn, Ủy ban nhân dân huyện Ngọc Lặc. Hội đồng nhân dân tỉnh ban hành Nghị quyết về chính sách hỗ trợ đầu tư xây dựng công sở cơ quan hành chính nhà nước cấp xã, Ủy ban nhân dân tỉnh đã phê duyệt Đề án đầu tư xây dựng trụ sở xã, phường, thị trấn giai đoạn 2009-2012 và đến 2015, theo đó, đến năm 2015, cơ bản đảm bảo Ủy ban nhân dân các xã có trụ sở làm việc theo tiêu chuẩn quy định.
Tuy nhiên, bên cạnh đó, quy chế tổ chức và hoạt động của một số cơ quan, đơn vị trực thuộc chưa được chú trọng ban hành hoặc chưa cụ thể, rõ ràng nên khi thực hiện nhiệm vụ còn lúng túng, thiếu nhịp nhàng; tính chủ động trong việc thực hiện cơ chế tự chủ, tự chịu trách nhiệm về chức năng,
nhiệm vụ, tổ chức bộ máy, biên chế theo Nghị định 130/NĐ-CP và Nghị định 43/NĐ-CP của Chính phủ còn nhiều hạn chế.