Cục Thuế tỉnh Tuyên Quang cùng với Cục Thuế các tỉnh, thành phố trong cả nước được thành lập ngày 21/8/1990 trên cơ sở sát nhập ba tổ chức: Thu quốc doanh, Thuế công thương nghiệp, Thuế nông nghiệp. Từ ngày 01/10/1990, Cục Thuế chính thức hoạt động theo hệ thống ngành Thuế thống nhất từ Trung ương đến địa phương; lúc đầu thành lập có 8 phòng và 6 Chi cục Thuế với 247 cán bộ, công chức; (Trong đó: 11,74% trình độ đại học; 29,55% trình độ trung học, số còn lại chưa qua đào tạo). Đến nay, tổ chức bộ máy của Cục Thuế gồm 11 phòng và 48 đội thuế thuộc 7 Chi cục Thuế; 397 cán bộ, công chức, lao động; (Trong đó: 0,25% trình độ thạc sĩ; 71,25 % trình độ đại học và cao đẳng; 21,45% trình độ trung cấp; còn lại là lái xe, nhân viên kỹ thuật, phục vụ). Tại cơ quan Cục Thuế tỉnh Tuyên Quang, có 104 cán bộ công chức, viên chức (trong đó: 10 người có trình độ thạc sĩ;
12 người đang theo học đào tạo trình độ thạc sĩ; 76 người có trình độ đại học; 05 người có trình độ trung cấp; còn lại là lái xe và nhân viên phục vụ).
Từ ngày thành lập, lãnh đạo, cán bộ và công chức của Cục Thuế tỉnh Tuyên Quang đã luôn nỗ lực phấn đấu hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ được Nhà nước giao, với số thu năm sau cao hơn năm trước. Cục Thuế đã có nhiều đề xuất, sáng kiến, cải tiến được áp dụng có hiệu quả trong công tác quản lý thuế góp phần vào thực hiện tốt nhiệm vụ thu NSNN giao và được Tổng cục Thuế công nhận: Sáng kiến xây dựng phần mềm quản lý tiền thuê đất; sáng kiến Xây dựng trang Thông tin Cục Thuế tỉnh Tuyên Quang với việc triển khai Luật Quản lý thuế; sáng kiến Xây dựng dữ liệu hoá đơn bất hợp pháp phục vụ công tác thanh tra, kiểm tra thuế...
Những thành tích trên được Nhà nước, Chính phủ, Tỉnh uỷ, UBND tỉnh, Bộ Tài chính và Tổng cục Thuế ghi nhận. Năm 1996 Cục Thuế được Tổng cục Thuế tặng cờ Đơn vị dẫn đầu về Công tác quản lý thu thuế ngoài quốc doanh, được các Cục Thuế tỉnh bạn đến nghiên cứu, học tập; Năm 2004 Cục Thuế được Nhà nước trao tặng Huân chương lao động hạng Ba. Năm 2008 được UBND tỉnh tặng cờ Đơn vị thi đua xuất sắc khối Tài chính - Thương mại.
Năm 2009 được Bộ Tài chính tặng cờ Đơn vị dẫn đầu phong trào thi đua ngành Tài chính và được Nhà nước trao tặng Huân chương lao động hạng Nhì do đã có thành tích xuất sắc trong công tác từ năm 2004 đến năm 2009, góp phần vào sự nghiệp xây dựng Chủ nghĩa xã hội và bảo vệ tổ quốc.
Suốt quá trình thực hiện nhiệm vụ chính trị từ năm 2009-2013 năm nào Cục