Phần 3 Vật liệu và phương pháp
3.2. Vật liệu nghiên cứu
3.2.1. Nguồn vật liệu
Cơ sở dữ liệu trình tự genome của 17 giống lúa kháng đạo ôn bản địa của Việt Nam được cung cấp bởi Trung tâm Tài nguyên Thực vật đã được giải trình tự thuộc đề tài "Nghiên cứu giải mã genome một số giống lúa địa phương của Việt Nam" của Viện Di truyền Nông nghiệp.
Bảng 3.1. Bảng vật liệu nghiên cứu
3.2.2. Hóa chất và dụng cụ thí nghiệm
3.2.2.1. Dụng cụ thí nghiệm
Máy chủ sever, Máy li tâm eppendorf, máy đo pH HANNA, máy nhân bản gen (PCR), bộ máy điện di đứng CBS, bộ máy điện di ngang CBS, bộ chụp ảnh gel, tủ sấy memmert, cân phân tích, nồi hấp, tủ bảo quản mẫu 4°C, pipetman, ống eppendorf,…
TT Tên giống TT Tên giống
1 Khấu điển lư 10 Lúa gốc đỏ
2 Thơm Lài 11 Tám xoan Hải Hậu
3 OM6377 12 Hom râu
4 Nếp mặn 13 Khẩu Liến
5 Tốc lùn 14 Tám xoan Bắc Ninh
6 Ble te lo 15 Chiêm nhỡ Bắc Ninh 2
7 Khấu mặc buộc 16 Nếp lùn
8 Nếp mèo nương 17 Nàng quớt biển
3.2.2.2. Hóa chất
a. Hố chất tách chiết ADN
Hoá chất tách chiết ADN bao gồm các loại như: Tris HCl, EDTA, SDS, NaCl, CTAB, Chloroform, isopropanol, isoamyl alcohol, Ethanol của các hãng Sigma, Merck, Prolabo, ICN và Labscan.
-Đệm tách chiết ADN tổng số (đệm CTAB): CTAB 1%
Tris-HCl 0,1M EDTA 0,5M, pH 8,0 NaCl 5M
β-mercapthoethanol 14M
-TBE 5x (Tris-borat buffer): Tris base Boric acid EDTA 0,5M, pH 8,0 TE buffer pH = 8,0 Tris 1M, pH = 8,0 NaCl 5M EDTA 0,5M, pH 8,0 b. Hoá chất dùng để chạy phản ứng PCR -Đệm PCR 1x (10 mM Tris-HCl pH8, 1,5 mM MgCl2, 5 mM KCl) hoặc đệm PCR 1x của Quiagen, Invitrogen.
- MgCl2 của Fermentas, Invitrogen.
-dNTPs (dATP, dGTP, dCT, dTTP) của Fermentas, Invitrogen.
-Mồi, Marker 1 kb, Marker GeneRulerTMADN Ladder Ultra Low của hãng Fermentas, Invitrogen.
-Taq polymerase của Fermentas, Invitrogen
c. Hoá chất chạy điện di
Điện di gel polyacrylamide gồm các hóa chất: acrylamide, APS, Temed, chất nhuộm Bromophenol blue, Ethidium bromide.