Như vậy, việc trùng tu Văn Miếu giai đoạn 1904 –1909 được tiến hành trong điều kiện thuận lợi hơn hai đợt trước (trại lính Quảng Yên và trường lính khèn Bắc kỳ đã rút khỏi Văn Miếu, Ngôi miếu đã được trả lại hoàn toàn cho việc tế lễ). Kinh phí tu bổ được lấy từ nguồn ngân sách của chính phủ bảo hộ, thành phố Hà Nội và một phần từ nguồn thu hoa lợi trên các lô đất không phải đóng thuế tại Văn Miếu. Kỹ thuật tu sửa áp dụng phương pháp truyền thống với sự tham gia của nhiều tốp thợ nề, thợ mộc, thợ sơn, thợ làm đồ thờ... đến từ các làng nghề truyền thống xung quanh Hà Nội.
Tuy vẫn còn hạn chế dẫn đến việc để xuất hiện một số cánh cổng bằng sắt “không hợp gì với kiến trúc phương Đông” như tác gia Pháp Aurousseau đã nhận xét164nhưng đợt trùng tu đã được tiến hành trên qui mô lớn và đạt nhiều kết quả đáng được ghi nhận.
Hàng loạt hạng mục công trình trên toàn Văn Miếu từ khu vực Tứ trụ, cổng chính, Khuê Văn Các, vườn bia tiến sĩ, điện thờ Khổng Tử đến điện Khải Thánh đều được tu sửa. Mặt bằng Văn Miếu được san lấp, phát cỏ, cốt nền các công trình được nâng cao lên 10 cm. Toàn bộ các cánh cửa, khuôn cửa, dui mè, hoành phi, câu đối, bài vị, ngai thờ được sơn thếp lại. Nhiều chủng loại đồ thờ, vật dụng phục vụ tế lễ được sửa chữa, làm mới thêm…vv.
Các số liệu tu sửa giúp chúng ta khẳng định và phát hiện nhiều thông tin mới về Văn Miếu như:
- Khẳng định lại số lượng các danh nhân được thờ tại điện Đại Thành từ xưa đến nay. Trong số 17 bài vị cần sơn son thếp vàng tại miếu Văn Thánh (điện Đại Thành) có:
Bài vị thờ Khổng Tử: 01 cái Bài vị thờ Tứ Phối: 04 cái Bài vị thờ Thập triết: 10 cái